4BPW0MEGA软件的使用MEGA 软件的使用Mega 是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手1、数据的录入及编辑Mega 软件能够接受多种数据格式，如FASTA 格式、 Phylip格式、 PAUP 数据格式等等而且 Mega 软件专门提供了把其他格式的数据转换位 Mega 数据格式的程序 HQiB1首先，打开 Mega 程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的 “File按”钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有 “Open Data（”打开数据）、“Reopen Data（”打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据） 、“Close Data（关”闭数据）、“ Export Data（导”出数据）、“ Conver To MEGA Format（”将数据转化为 MEGA 格式）、 “Text Editor（数”据文本编辑）、 “Printer Setup（启”动打印）、“Exit（”退出MEGA 程序）单击 “ Open Data选”项，会弹出如下菜单：fYK2FMEGA软件的使用浏览文件，选择要分析的数据打开， 单击 “打开 ”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择： Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。
根据输入数据的类型，选择一种，点击 “OK”即可如果选择 “PairwiseDistance ，”则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择 “Lower Left Matrix 即”可；如果是上三角矩阵，选择 “UpperRight Matrix ”即可点击 “OK”按钮，即可导入数据如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框： Ff9oI MEGA软件的使用如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择 “Yes按”钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击 “No”按钮之后，会弹出如下操作窗口： LvkGN此作界面的名称是 “Sequence Data Explorer，在”其最上方是工具栏 “Data、”“ Display、”“ Highlight等，”然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称 显示序列占了操作界面的绝大部分， 与第一个序列相同的核苷酸用 “.表”示，发生变异的序列则直接显示 0L3eW2、遗传距离的计算点击 Mega 操作主界面的 “Distances按”钮，会弹出一个下拉菜单如下图所示：从上图易知，此菜单包括如下选项： “Choose Model（”选择模型，即选择计算遗传距离的模型）、“Compute Pairwise（计”算遗传配对差异）、“Compute OverallMEGA软件的使用Mean”（计算包括所有样本在内的平均遗传距离） 、“ Compute With Group Means ” （计算组内平均遗传距离） 、“Compute Between Groups Means（”计算组间平均遗传距离）、“ComputeNet Between Groups Means”（计算组间平均净遗传距离） 、“ Compute Sequence Diversity（计算”序列分歧度） 。
Oof5p Compute Sequence Diversity选项包”括四个子菜单： “ Mean Diversity WithinSubpopulations （”亚群体内部平均序列多态性） 、 “ MeanDiversity for EntirePopulation （”整个人群平均序列多态性） 、“ MeanInterpopulaional Diversity （”群体内部平均序列多态性） 、“Coefficient of Differentiation （遗传变”异系数）zwfsV点击 “Choose Model选”项，会弹出如下操作界面：从上述操作界面可以看出，通过此对话框可以选择计算遗传距离的模型等 Data Type显”示数据的类型： Nucleotide（Coding）（编码蛋白质的 DNA 序列）、Nucleotide（不编码蛋白质的 DNA 序列）、Amino Acid（氨基酸序列）nOB4u通过 “Model选”项可以选择， 计算遗传距离的距离模型 点击 “Model”一行末端的按钮会弹出一选择栏 bTYxZ如上图所示，对于非编码的核苷酸序列 Mega 程序提供了八种距离模型：“ Numberof Difference （”核苷 酸差异数 ）、 “P-distance （”P 距 离模 型）、“ Jukes-Cantor （”Jukes和 Cantor 距离模型）、“ Kimura -2Parameter（”Kimura 双参数模型）、“Tajima-Nei”（Tajima 和 Nei 距离模型）、“Tamura-3parameter（”Tamura三参数模型）、“Tamura-Nei（”Tamura 和 Nei 距离模型）、“LogDet（ Tamura kumar）”4cl1D 。
MEGA软件的使用（对数行列式距离模型） rBz1X对于编码的核苷酸序列，其遗传距离模型如下图所示：如上图所示，对于编码蛋白质的 DNA 序列， Mega 程序提供了一下几种模型： “Nei-Gojobori Method”， “Modified Nei-Gojobori Methoed”、 “Li-Wu-Luo Method”、“ Pamilo-Bianchi- Li Method”、“ KumarMethod”其中 Nei-Gojobori 方法和修正的 Nei-Gojobori 方法都包含三种距离模型： “Numberof Differences 、”“P-distance 、”“ Jukes-Cantor ”对于氨基酸序列， Mega 所提供的遗传距离模型如下图所示：如上图所示，对于氨基酸序列， Mega 程序提供了一下六种遗传距离模型：“ Number of Differences（氨基”酸差异数）、 “P-distance （”P 距离模型）、“ Poisson Correction （”泊松校正距离模型） 、 “ EqualInput （”等量输入距离模型） 、“ PAMMatrix（Dayhoff）”（PAM 距离矩阵模型）、“ JTT Matrix（Jones-Taylor-Thornton）”（ JTT 距离矩阵模型）。
p8axl 在“Analysis Preference操作”界面中， “Pattern Among Lineages仅提”供了一个选项： “Same（Homogenous）”“，也就是说样本之间是有一定同源性的 “Rates among sites 提”供了两个选项： “ Uniform Rates和“”Different（Gamma Distributed）” “ Uniform Rates意味”着所有序列的所有位点的进化速率是相同的 选择 “ Different （ Gamma Distributed） ”，意味着序列位点之间的进化速率是不相同的，可以利用 Gamma 参数来校正，系统提供了四个数值可供选择： 2.0、1.0、0.5、0.25；软件使用者也可以自行决定 Gamma 参数的大小设置完毕后，在此界面中点击 “ OK”按钮，即可返回 Mega 操作主界面 pQR6mpwi4r MEGA软件的使用选择主操作界面 “Distance中”的 “Compute Pairwise选”项，可以计算样本之间的遗传距离的大小，其操作界面如下图所示： qwGPu Data Type显”示数据的类型，图中为 “ Nucleotide。
Analysis显”示计算分分析的类型， 图中为 “ Pairwise Distance Calculation（配 ” 对差异距离计算）Ph20U Compute显”示所要运行的对象， 又两个选项： “ Distance only（仅”计算遗传距离）和 “Distance&Std.Err（计”算遗传距离和其标准误） WT6X5 Include Sites显示”利用哪些位点来计算， 如果数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列，则全部参与计算， 如果是编码蛋白质的核苷酸序列， 则可以选择哪些位点（如密码子的第 2 位等）来参与运算 cehIq Substitution Model是替代”的模型 ，在下边 “ Model中”可以进行选择 Substitutionsto Inclued 选”择哪些替代类型（如下图所示）被用于运算， d 选项将转换和颠换全部包括在内， s 选项仅包括转换， v 选项仅包括颠换， R 为转换和颠换的比值， L 为所有有效的普通位点的个数 Pattern among Lineages和“”Rates among sites上文”已有介绍，不再详述P0KaG点击 “Compute按”钮，即可开始计算。
其显示运算结果的界面如下图所示：5UTM6MEGA软件的使用上图是计算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵 在最下端的状态栏， 显示的是所利用的遗传距离模型， 如图中所示： Nucleotide：Kimu。