Chem3D介绍•提供功能提供功能制作结构：制作结构：立体旋转；立体旋转；读取读取chemDraw结构；结构；进行结构优化计算进行量进行结构优化计算进行量化结构；化结构；并和数种量子化学软件结并和数种量子化学软件结合在一起合在一起•chem3D是一个三维分子结构演示软件1 Chem3D起始界面2 主界面主界面Chem3D起始界面3 工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏4 选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整5 显示设置6 视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项7 显示设置属性Model Type线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型8 带状模型9 结构不同显示方式结构不同显示方式结构不同显示方式结构不同显示方式View/Setting/Model Dispaly 菜单或菜单或F6键：五种键：五种Wire FrameSticksBall-Sticks Cylindrical BondsSpace Filling 10 带状模型常用于生物分子11 代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。
12 13 选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1. 利用键工具建立模型建立3D模型14 线状模型15 棒状模型16 球棍模型17 比例模型18 选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转 X、Y轴旋转指示19 选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示20 模型结构信息 光标位于原子上，自动显示原子信息21 工具栏显示原子的符号和标号22 光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息 23 模型的进一步信息 显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离24 模型的键长数据 25 模型的键长和键角数据 26 乙烯模型中的双键信息 27 键级改动 28 显示氢及孤对电子 29 不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数30 选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号31 隐隐藏藏或或显显示示其其它它原原子子居中居中移动到移动到色彩调节色彩调节显示元素符号显示元素符号显示元素编号显示元素编号显示实心球显示实心球显示点阵表面显示点阵表面调整键长调整键长破坏键破坏键调整键级调整键级就近结合就近结合添加质心添加质心颠倒颠倒调整矩阵调整矩阵隐藏所选部分隐藏所选部分隐藏非选部分隐藏非选部分显示所有原子显示所有原子显示邻近原子显示邻近原子显示背面显示背面定义基团定义基团32 利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】33 环己烷的椅式构象34 使用【文本】工具输入结构式2. 利用文本工具建立模型35 按【Enter】自动转化为模型36 括号表示支链37 38 整理结构39 简单优化观察分子变化40 4-甲基-2-戊醇模型41 建立1，2-双甲基环戊烷模型42 43 整理结构44 建立Ibuprofen(布洛芬)模型45 46 建立十肽菌素模型47 48 建立十二丙氨酸醇分子模型49 50 改变显示方式模型类型窗口：51 设为线状模型52 53 设为带状模型54 a-螺旋模型55 使用子结构建立模型3. 利用子结构建立模型56 子结构模型库57 选择所需的子结构，然后复制58 粘贴复制结果59 在子结构上进行编辑60 4. 使用模板建立模型61 62 ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5. ChemDraw和Chem3D信息转换63 Chem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中64 （1）查找原子的范德瓦尔斯半径• 【View】【Atom Types.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径计算功能演示计算功能演示65 66 67 （2）观察分子的大小•建立苯模型。
执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100 68 69 70 71 72 View/Solvent Accessible 菜单菜单甲苯结构甲苯结构 73 （3）计算分子体积•建立苯模型执行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【Selected Properties】框中单击ok， 74 75 76 77 78 79 (4) 检查结构能量80 模型旋转对位交叉81 总能量计算82 空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果83 模型的二面角数据84 数据与模型对应85 显示原子符号及序号86 按动旋转数据相应改变87 (5) 分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子88 显示轨道时必须选择89 选择分子轨道90 选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）91 乙烯分子的HOMO轨道92 选择LUMO轨道LUMO轨道显示93 乙烯分子的LUMO轨道94 95 96 97 98 99 100 101 其他计算其他计算其他计算其他计算从头算程序：从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。
需另外安装这两个程序半经验或分子力学计算半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析102 •模型的输入和输出：以NaCl晶体为例：•【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】选择以【Space filling】显示模型可保存多种格式，默认格式.c3t可存为jpg等•还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，这样可以从不同角度显示结构，更具立体感Analyze】【Spin About Y Axis】，可通过左下角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式103 104 放大、缩小播放、暂停、录制滑动块105 106 若有不当之处，请指正，谢谢！107 。