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碳材料3D模型的简单画法

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碳材料3D模型的简单画法_第1页
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碳材料3D模型的简单画法-利用NanotubeModeler和chembio3Dby 小木虫 wulishi8之前 fluleaf 发帖( ),讲述石 墨烯的简单画法,我当时跟帖表示也做个小的教程之类的 但是那时候实在是很忙, 没有时间期间又有一些虫友发短消息给我询问,我也无暇满足今天终于抽出两个小时时间,做了个十分简易的教程由于时间有限,本帖只是抛砖引 玉,还请大家指正其中用到 Nan otubeModeler 软件这个软件,请大家从这里下载http://emuch. net/bbs/viewthread.php?tid=5420070& fpage=1Chembio 3D也可以从论坛里面下载得到,但是我一时找不到谁找到请告知我,我贴 过来具体内容见附件的pdf文件,动态图见附件的 gif文件1利用NanotubeModeler构建各种碳材料的坐标,如单壁(多壁)碳纳米管,石 墨烯,富勒烯« Select Typehai^-Tube tc-c ▼Num- TubeGraphene Stieethano - ConeCon - SheerBueky = BrIL翘Fulerene LibraryXYZ- Imparlwwn i2 0选择碳材料的类型,如下图中的碳管,输入手性,长度,层数等,就可以得到 3D碳管模型了。

'1呼・豹“皿.|i jWdHf—亠Ha 匂IdM.+ * 0■ o■ ■寿1 Shl亍删丄211^疋lanai畫、■■ ■«■鼻aiB*b■口*sfelHqfTME9RT-n«汇菩芒r穿壮二兰器即黑耸二*二二n1Es=£. ■|!罚己・«・1|啊®TIU酱■" ■*•!■■»•■PS 底曰壬画 BNfs bnnb^>4i4i代A-se-ectlypmAA工 an 口 —TllrmCh 1-3-?(n- m) Tubernglh£ BQna.ffngws MWHTl>H.rMAIb,MO 陀 層14 V^RV .tfxrtc za_T5g hi Mouse Butte ft D rag fbr * Zoom ui s£3 左Ax 33-16 - "USAd34> I Iz.iUrLRrl3Ulis27mX*s."■o8L*孔L«l■uQ-3=^- T3H t 1 :?囂 l.ral ->~I 'Juh 0^8 M•雯 g 1岸慣 3吐曽 Ms.層 总廉Ar'Jfil ■shlaso V.WVS 4M7 茱 WE7 皿忖甕 兰卷 -SS M三D3-•2 E&W 負«P15B“ JS 匚班冀績 3.5725 归巴尺 黑虽 k p2H:.i -A34L£^.i- meMtr>f f«& i 柱 AB-m 憩-.d.五vlMubtpiniw KH・■ m ■sMHWulm W

如我选择了个很大的 C180.h 匸30-3©A C33占CML C3S▲ C40占C42訂C44i尿C4BM C5O1£仙3Q.eii4心畑2-0.?^』18113-1423-1 35374沖购CM諏-2 3 & 3155.3174□ rsc-1 7SQ16IMFSJS14H 2SS3T43.«1*4W24 Bi羁? J5Tfi5 53B»-4)92401B1.9W15.7B75D2CB113JE23-0.17925Cfi22124.4SS3I0.J84B4 172413仆討1.4514J VUJ-J1t14ST&2加卜韶舁1&2.fi 1431J>2«5* MM1®2.4»2-5.W220關173.63T3-4SZII1i3.Q113-4 1S422 2433律-4 41^2\ 12M201.9M4-5.24C2ami211 2M5-0 3335-4 STBI222.5539^3.25744 514123Z.TZOB-4.2216-3 $■241,5^29-4.3S6C-3 363325c.tcio-4L3613药1.SM#3.2dfeL♦ Mtn2.输出模型的坐标如我选择输出(6,5)碳管的坐标,mol格式> MrGwW ZhHrr 叩怕M DM = *=>TC| 补—-.-*<»«| Toe^B LipArt I5*wrC®p^F |j«*fl*Upr XW1>W«lilW -『《*■XVfcliriin IB*w I•J_ jj丄IsmivQ$&oe231SM1I2MI33如"痊«^K3U1 1>3CSZ 4- 1241TC»34Ut■ ^313T冷two4»lGE,郴>了诒g抽IQ3M74冷髯IFW3Ji y®1221 IM2irrs111F1H1 ww141HQJiS13«IS21111I 张占I T* XM9M Y HA 也w1t1?1s1«忖•1!|11悄13|4141«门&rrAm ftaOm 5» 1t3 A&M決■fcU会询问单键还是双键,选择单键。

再保存一个富勒烯的模型,如C60以及一个窄的石墨烯带3.用chembio 3D打开刚刚保存的碳管文件,发现碳原子上面连有氢键,这是因 为我们保存坐标的时候,碳之间的键保存成了单键,需要氢键使模型稳定这个 没关系,只需要选择不显示氢键先选择所有的氢原子,然后隐藏或者直接选择空白的地方鼠标右键, 选择隐藏 氢原子诟■呼in讯丐dr|n Hl Hi5«畑玄 A1(w- 5zt皿“ =;Hl^.hr'1 L dU 'Cd- C4 StirCI■亦y Kliifi n ^IZhr'1 0; jetet-tiiShow Atom DotsSrow Hydrogen itorn^►NydrtXJtr 3ondi卜Show Lon# 巧卜5how Dipole Morrwnt►效果如下:4.导入石墨烯和C60,同样隐藏氢原子讪叩険 f-Rqrfwn tomSdrrt Bwd 5•逢Appfit审叶i DEMt*3.■也可以选择某些原子,改一下颜色也可以选择某个原子,调节其位置如下图石墨烯中的蓝色 C原子首先利用像箭头的那个工具选中这个原子, 然后用第三个工具扭转图像,最后利 用第五个工具改变目标原子的位置。

这在画石墨烯缺陷,掺杂或者被氧化等示 意图的时候很有用,你也可以改变原子为 0或者增加原子,等等[丄巴爲忘丨如\ ;九丄0还可以选中原子后,右键,选择模型的显示方式,如球棍模型或者其他几种选中之后右键,可以改变原子的大小CutrFIcopyCwlYP* tieClrl*V(Uplaw wi曲 Text TmI卜Xrl刖卜Vifs tnlrty►Co torDi&plfly Mode卜Aloni serial huFlwr►aicm Symbol卜Atom Doe卜A(K>|y At^m 5izr►R*Mt io o«r*jit■/ [nHrMkrw< leiSlirks阳JI M 5^ck Cydmdrii;fli Sends 5<»rp rihrtgCutctrl-jQcwcju-i-cPlfttGrl-VRppjjKUi>ith TbmtI Si■Select» 1Visibtfityp 1Col^ff1 1htom ^urwMriAAjOffl E押nk >uA10W Ml■flillad: Mom siatAppy 抑如 si»Wl«ct Oqj«« 冃 Ed S mApp 叩 尸■■已 flew! s pp如,我选了 wire frame之后的碳管:Spacefill ng 之后的 C60。

也可以在碳管中填充你要的分子,或者Graphene nanoribbons等等只需要改变 他们的位置关系如下图,我再复制一个C60,然后放入(10,10)碳管中在另一个角度改变C60的位置换个颜色假。

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