HIV-1基因型耐药检测及质量保证指南 (2013年版)Guideline for HIV-1genotyping drug resistance testing and quality assurance中国疾病预防控制中心2013年3月20日前 言随着我国艾滋病抗病毒治疗工作的日益深化，HIV-1基因型耐药检测显示出越来越重要的作用，开展耐药检测的实验室也日益增多截至2012年底，共有30余家实验室从事HIV-1基因型耐药检测，未来还将有更多的实验室参与其中HIV-1基因型耐药检测是对操作人员、实验室环境和设备有很高要求的分子生物学技术，为了对开展该项检测工作的实验室进行系统的技术和质量控制指导，保证检测结果的准确性和可靠性，特制定《HIV-1基因型耐药检测及质量保证指南》（以下简称《指南》）本指南自2011年12月开始编写，参与编写的人员为我国实验室检测、抗病毒治疗领域的专家和有富有实践经验的检测人员，同时聘请WHO和美国疾病预防控制中心的专家作为技术顾问，并参考了大量国内外相关学术文献及技术指导手册经过编写组多次修订、补充和审定，于2013年3月完成《指南》终稿《指南》分为八章，包括：HIV-1基因型耐药检测的人员要求、实验室环境与设置、样品管理、检测技术、质量控制和生物安全。
本《指南》起草单位：中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心本《指南》参加编写单位：中国医科大学，中国人民解放军军事医学科学院微生物流行病研究所，上海市疾病预防控制中心，复旦大学公共卫生中心，云南省疾病预防控制中心，云南省传染病医院艾滋病关爱中心，北京出入境检验检疫局本《指南》编写主持人：蒋岩本《指南》编写组人员：姚均、邢辉、尚红、李敬云、钟平、徐建青、马艳玲、杨绍敏、韩晓旭、张旻、潘品良、蒋岩、汪宁、康来仪、朱红、邢文革、肖瑶、邱茂锋、吴亚松本《指南》技术顾问：美国疾病预防控制中心杨春富、GAP北京办公室Chin-Yih Ou，齐明山WHO北京办事处Nicole Seguy，张岚本《指南》编写工作联系人：姚均本《指南》自发布之日起实施，解释权归属中国疾病预防控制中心 HIV-1基因型耐药检测及质量保证指南编写组 2013年3月20日目 录第一章 总则第二章 人员要求第三章 实验室环境与实施第四章 样品采集、处理、运输和保存第五章 常用HIV-1基因型耐药检测方法第六章 室内质量控制第七章 HIV-1基因型耐药检测能力验证（PT）第八章 常见问题分析及解决方案第九章 实验室生物安全附表1 HIV-1基因型耐药检测样品送检及接收单附表2 混合碱基转换码表附表3 HIV-1基因型耐药突变位点分析表附表4 HIV-1基因型耐药检测结果附表5 国内In-house方法常用扩增及测序引物（B和07BC亚型）附表6 美国CDC推荐引物附表7 HIV-1基因型耐药检测能力验证样品接收专用单附表8 HIV-1基因型耐药检测能力验证样品检测结果回报表附件1 ChromasPro,BioEdit,MEGA4 软件应用程序附件2 国际机构组织的HIV-1基因型检测能力验证（PT）介绍参考文献缩略语第一章 总 则1.1意义我国自2002年开展免费抗艾滋病病毒治疗以来，累计有十多万艾滋病病毒感染者和病人接受抗逆转录病毒治疗。
由于艾滋病病毒本身高速复制及复制过程中缺乏自我校对功能等原因，易发生基因突变产生耐药同时，在长期抗病毒治疗药物选择性压力作用下，艾滋病病毒耐药突变几率大大增加耐药突变的产生和发展会影响抗病毒治疗的疗效因此，及时进行耐药检测，在艾滋病预防与治疗中具有重要作用：首先，它广泛用于HIV-1感染人群的耐药监测，以了解HIV-1耐药毒株流行的状况、发展趋势以及影响因素，指导和完善大规模公共卫生模式抗病毒治疗的程序其次，对个体在抗病毒治疗前进行耐药检测，可指导临床医生制定抗病毒治疗方案，保证抗病毒治疗的效果；此外，还可对抗病毒治疗失败病人进行耐药检测，指导临床医生分析治疗失败原因，并制定补救治疗方案然而，与艾滋病实验室的常规血清学检测技术相比，耐药检测操作过程更为复杂，对人员、环境、设备有更高的要求，因此，制定《HIV-1基因型耐药检测及质量保证指南》，对指导艾滋病检测实验室更好地开展耐药检测具有重要意义1.2目的 规范HIV-1基因型耐药检测的方法与程序，保证检测质量，提高检测结果的准确性1.3适用范围适用于在我国开展HIV-1基因型耐药检测的所有实验室第二章 人员要求HIV-1基因型耐药检测人员分为检验人、复核人、签发人。
2.1检验人所有相关检验人员至少有一年以上的分子生物学实验工作经验，接受国家级以上耐药基因型技术培训4周以上，能独立熟练地操作，会使用相关序列分析软件并经理论和实践操作通过考核2.2复核人、签发人复核人应具备对检测过程进行分析、发现问题与解决问题的能力签发人为实验室负责人或认证认可体系文件中确定的人员第三章实验室环境与实施依据《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法（卫医发【2010】194号）》、《临床基因扩增检验实验室工作规范（卫医发【2003】8号）》和《全国艾滋病检测技术规范（2009年版）》的相关要求设置实验室HIV-1基因型耐药检测应在标准化的基因扩增实验室中进行，实验室应设置核酸扩增前区和核酸扩增后区两个独立的工作区域核酸扩增前区包括设在不同房间或区域的试剂准备区和样品制备区；核酸扩增后区包括设在不同的房间或区域的扩增区和扩增产物分析区（图1）各工作区必须有明确的标记，应采取单向工作流向，即试剂准备区→样品处理区→扩增区→产物分析区，不得逆向流动不同工作区域内的设备、物品不得混用不同工作区域使用不同的工作服（例如不同颜色），工作人员离开各工作区域时，不得将工作服带出实验室1（试剂准备区）试剂储存主反应混合液制备实验室3（扩增区）第一轮PCR扩增和第二轮PCR反应模板添加实验室2（样品处理区）样品接受、储存、RNA提取和第一轮PCR反应液配制实验室4（产物分析区）第二轮PCR扩增、电泳分析和测序反应样品血浆、全血、滤纸片干血斑图1 HIV-1基因型耐药检测实验室具体分区与流程示例图（来自WHO）各区的功能及所需的基本仪器及材料如下： 3.1试剂准备区：用于扩增试剂的储备、配制和分装。
3.1.1 2～8℃和-20℃冰箱3.1.2 混匀器3.1.3 加样器1套（20μL 、200μL、1000μL）3.1.4 微量离心机3.1.5 1.5mL离心管（无DNA和RNA酶）和1.5mL 试管架3.1.6 75%乙醇和移动紫外消毒灯3.1.6 专用工作服3.1.7 消耗品:有滤芯的一次性吸头（无DNA、RNA酶）、无粉手套、一次性吸水纸3.1.8 专用办公用品：记录纸及记号笔等3.3样品制备区：用于核酸提取和第一轮PCR反应液配制3.3.1 二级生物安全柜 3.3.2 2～8℃、-20℃或-80℃冰箱3.3.3台式高速冷冻离心机及微量离心机3.3.4 水浴箱或加热模块3.3.5 混匀器3.3.6 计时器加样器1套（20μL 、200μL、1000μL）3.3.7 75%乙醇和移动紫外消毒灯3.3.8专用工作服3.3.9 消耗品:有滤芯的一次性吸头（无DNA、RNA酶）、无粉手套、鞋套、一次性吸水纸3.3.10 专用办公用品：记录纸及记号笔等3.3.11 如有条件可配置全自动核酸提取仪和制冰机3.3扩增区：第一轮PCR扩增和第二轮PCR反应模板添加3.3.1 二级生物安全柜3.3.2 -20℃冰箱。
3.3.3 核酸扩增仪3.3.4 微量离心机3.3.5加样器1套（20μL 、200μL、1000μL）3.3.6 75%乙醇和移动紫外消毒灯3.3.7 专用工作服3.3.8 消耗品:带滤芯的一次性吸头（无DNA、RNA酶）、无粉手套、一次性吸水纸3.3.9 专用办公用品：记录纸及记号笔等3.4 扩增产物分析区：对扩增产物鉴定和进行数据分析3.4.1 2～8℃和-20℃冰箱3.4.2加样器1套（20μL 、200μL、1000μL）3.4.3 电泳槽、电泳仪3.4.4 天平3.4.5 凝胶成像仪3.4.6 75%乙醇和移动紫外消毒灯3.4.7 专用工作服3.4.8 消耗品:带滤芯无DNA、RNA酶的一次性吸头、无粉手套、鞋套、一次性吸水纸3.4.9 专用办公用品：记录纸及记号笔等3.4.10 使用商品化试剂盒和序列测定的仪器放置于该区域3.4.11 建议在该区所得到的实验结果数据和照片通过网络传输至办公区第四章 样品采集、处理、运输和保存用于HIV-1基因型耐药检测的样品类型可为血浆和滤纸片干血斑在缺乏上述两种样品类型时，在保证血清样品质量的条件下，也可用于耐药性检测，其检测结果作为参考。
4.1 血浆样品4.1.1 血浆样品的采集和处理4.1.1.1采样器材：一次性抗凝真空采血管、持针器、蝶形针等4.1.1.2 抗凝剂：采用EDTA（乙二胺四乙酸）或ACD（枸橼酸钠），不要使用肝素，肝素是Taq酶的强抑制剂，且在核酸提取过程中很难除去4.1.1.3 样品标识：在采血管上标明唯一的样品编号4.1.1.4 样品采集量：通常考虑该样品进行多项检测（如CD4细胞与病毒载量）所需的样品总量，一般应采集全血8～10ml，采集的样品量应尽可能与定量采血管的刻度一致，采集量过多或不足，会造成血液凝固或被稀释4.1.1.5 样品的混匀：采集血液后，立即轻轻上下颠倒抗凝管（约10次），使血液与抗凝剂充分混匀4.1.1.6 要求在6小时内将采集的抗凝全血1500-3000r/min离心15分钟，上层即为血浆，吸出并分装到无菌、聚丙烯螺口、已贴上样品编号的冻存管中（无RNA酶），注明分装时间4.1.1.7 血浆样品不能灭活4.1.1.8 获取信息：按要求填写HIV-1基因型耐药检测样品送检及接收单，包括采集对象的基本信息和流行病学资料，抗病毒药物使用情况，病毒载量检测结果（附表1）4.1.2 血浆样品的转运及接收4.1.2.1 根据《可感染人类的高致病性病原微生物菌（毒）种或样品运输管理规定》的要求运输，并严格控制运输的冷冻状态，防止样品融化。
4.1.2.2 发送样品时附带HIV-1基因型耐药检测样品送检及接收单（附表1）4.1.2.3 血浆运输时间在24小时内，应加入冰袋如运输时间超过24小时，应使用干冰以保持血浆处于冷冻状态4.1.2.4 接收样品时，按HIV-1基因型耐药检测样品送检及接收单内容（附表1）核对样品数量，检查样品状况4.1.2.5 样品管破损造成样品溢出及明显溶血、凝血的样品，应重新采样送检；如果样品已经融化，4℃保存并尽快检测，记录冻融一次4.1.3 血浆样品的保存4.1.3.1 样品保存应有专人负责，每天监。