八、农业类数据库的利用,美国农部农业图书馆的数据库是一个较全面的收集了农业信息的数据库 美国农部农业图书馆主页（http://www.nal.usda.gov/） Database网页,不同的数据库 农业文献资料,（一）农作物比较基因组学分析,物种基因组间的比较,染色体上基因的分布 相同功能基因的序列比较,利用模式植物分析大基因组的基因,禾本科植物比较基因组数据库,水稻（rice） 野生稻（wild rice） 大麦（barley） 小麦（wheat） 燕麦（oat） 黑麦（rye） 玉米（maize） 高粱（sorghum） 小米（foxtail millet） 珍珠粟（pearl millet）,Gramene 数据库（http://www.gramene.org）,以一个物种基因组作模板,,与其它物种基因组比较,分析方法：比较基因组分析,在Gramene 数据库主页点击“MAPS”,,在Gramene-MAPs网页点击“Maps”,,在Map网页选择物种然后点击“ChangeMaps”,,在新网页选择染色体的编号，点击“Draw Maps”显示这条染色体,,在 rice map网页选择map类型后点击“Show Selected Set’s Maps”,,点击“Show Comparison Menu”，显示比较染色体的选择栏目,,选择1条或两条比较的染色体，点击“Redraw Mpa”显示比较图,,可以继续比较新的染色体,（二）农作物基因组数据库中的其它内容查询,农业类基因组数据库中包含了大量内容,基因或分子标记的染色体位置 形态标记连锁图 分子标记连锁图 分子标记,RFLP标记 cDNA序列标记 基于PCR的分子标记（SSR、RAPD）,,数量性状位点（quantitative trait locus, QTL）,突变体 蛋白质 其它,1. 查看遗传连锁图,在Gramene 数据库主页点击“MAPS”,,在Gramene-Maps网页点击“Maps”,,,分析方法（1）：Gramene数据库,在Map网页选择物种、选择Map类型，然后点击“Show Selected Set’s Maps”,在染色体网页可单击每个分子标记查看相关资料以及分子标记中的其它内容。
也可以在该网页选择查看其它染色体在SoyBase 主页(http://soybase.agron.iastate.edu)点击“SoyBase”选择“Go to SoyBase”,遗传连锁图,分析方法（2）：SoyBase数据库,,在“Soybase Class Browser”网页选择“Map”作为查询内容,,在Map网页选择染色体,,分析方法（3）：GrainGenes数据库,GrainGenes (http://www.graingenes.org) 检索方法与SoyBase数据库相似,其它植物基因组数据库,见: 常用生物信息学数据库和分析工具网址,2. 在遗传连锁图上定位基因,将一条水稻cDNA（EI12I1）序列检索核苷酸数据库（Blastn）,,检索与它同源的基因组序列是否具有分子标记信息,,通过RGP的网站（http://rgp.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/statusdb/status.pl/）查询AP003076序列是否具有通用分子标记信息,,Chromosome 1的129 cM，分子标记：S10712,,根据已定位分子标记以及与它相邻的分子标记在已知遗传连锁图上的位置，在特定遗传连锁图上定位这条cDNA序列,许多性状受多基因调控（数量性质） 数量性状位点（quantitative trait locus, QTL）,各种QTL的基因？,3. 查看QTL信息,鉴定QTL基因,大通量鉴定与某一性状相关的cDNA,cDNA芯片分析 差减cDNA文库构建，cDNA克隆测序,将差异表达的cDNA克隆定位在遗传连锁图上 确定染色体位置与已知QTL相对应的cDNA 分析该cDNA的表达谱 分离克隆目标基因 基因功能互补实验,超量表达目标基因 抑制基因功能（RNAi）,Science in China 45:518-526 (2002) Mol. Gen. Genomics 269:331-339 (2003),EI10P9f,检索QTL数据（1）：关键词检索,在Gramene数据库主页的“Quick Search”栏目选择“QTL”，输入关键词 查看结果目录 查看QTL位置、相关分子标记,在Gramene数据库主页的“TRAITS”栏目点击“QTL” 在QTL数据库网页选择一种性状 某一性状QTL的目录 具体性状QTL目录和注释 QTL 的在染色体上的位置,检索QTL数据（2）：直接检索,4. 查看突变体（mutant）信息,在 Gramene 数据库的“Quick Search”栏目输入“mutant” 检索,,在Gramene Mutant Genes Database网页的“Search or Browse”内容处点击“here”,,在Mutant Search网页输入关键词或按字母顺序查询,,字母“B”开头突变体目录,,Brittle突变体,Gramene数据库检索（1）,Rice Mutant Database（RMD）数据库检索（2）,水稻T-DNA插入突变体数据库,,,,,,,,筛选文库或PCR扩增,,候选基因,,基因互补分析,,筛选单拷贝插入突变体,在RMD数据库（）主页点击“Keyword search” 在检索网页进行“Simple search”或“Advanced search” 检索结果目录 查看详细结果（文字、图片） 也可以进行BLAST检索,ArkDB (http://www.thearkdb.org) 猪（pig）、 鸡（chicken）、 马（horse） 猫（cat）、tilapia、火鸡（turkey）、鹿（deer） 羊（sheep）、鲑（salmon）、 牛（cattle）,（三）家畜、家禽基因组数据库,以猪的 genome map 数据库为例,选择猪的第1 染色体 查看第1 染色体上的分子标记资料 查看其它内容,（四）植物（Botanical Databases）数据库,药用植物 食用植物 植物化合物,。