AUTODOCK 4.0 使用中文版 国立东华大学 生物技术研究所 宣戴维教授实验室制作版面作者:林世浤 如有问题请回信指教 e-mail: jolin31912811@.twAutoDock 是一套做docking的软件，主要是做小分子与大分子(receptor)键结的预测，使用autodock4 .0图形接口，需安装四项程序：PS.找机会 会把安装程序放上去*AUTODOCK4.0 的接口，所有设定都会在此接口执行一)、1. File -> Read Molecule (选择分子)2. Select -> Select From String(要标定水分子) -> Add3. Edit -> Delete -> Delete AtomSet -> Continue(将水分子消除)4. Edit -> Hydrogen -> Add -> OK5.File -> Save -> Wrtie PDB6. Display -> Show/Hide Molecule (先隐藏起来，接下来要设定ligand)(二)、/* Ligand */1.Ligand -> input -> open -> (檔名.pdb)2.Ligand -> Output -> Save as pdbqt(三) autodock4.0 新增的东西 (Flexible Residues)A：文献上没有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳过File -> Save -> Write PDBQTB：文献上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接寻找1.Flexible Residues -> Input -> Choose Macromolecule2.Edit -> Hydrogens -> Merge Non-Polar -> CONTINUE3.Select -> Select From String /* Residue打上ARG8 -> Add */4.Flexible Residues -> Choose Torsions in Currently Select Resdues…5.Flexible Residues -> Oput -> Save Rigid pdbqt(四) /* Grid */1.Grid -> macromolecule -> (檔名.pdbqt) (protein)2.Grid -> Set Map Type -> (檔名.pdbqt) (ligand)3. Grid -> Grid Box (把所有参数调整好) -> 4. File(Grid Options窗口) -> Close saving current5. Grid -> Output -> Save GPF (檔名.gpf)6. /* Edit GPF (是在看档案.gpf，的文件) */(五) /* Run */1.Run -> Run AutoGrid2.Launch (autodcok3要改成autodcok4才能执行) PS.执行结束后，有几个档案出来，之后要执行分子间的力场。
六) /* Docking */1.Docking -> Mocromolecule -> (檔名.pdbqt) (protein)2.Docking -> Ligand -> (檔名.pdbqt) (ligand)3. Docking -> Output -> (看你要选择哪一个算法，存取它)4. /* Edit DPF (是在看档案.dpf，的文件) */(七) /* Run */1.Run -> Run AutoDock2.Launch (autodcok3要改成autodcok4才能执行)(八) /* Analyze */A：1.Analyze -> Docking -> (檔名.dlg) 2.Analyze -> Conformations -> Play (可让ligand变更位置，ps.已对结好的位置)3.Macromolecule -> (檔名.pdbqt) (protein)(八) /* Analyze */B：1. Analyze -> Grids -> Open Other [选择步骤(五)中的九个由autogrid 产生的文 件，每一个文件都代表不同的力场]2.Analyze -> Conformations -> Play (ligand可配合任一力场，做autodock所产生 出的九个docking位置，并判断它们的关系)(八) /* Analyze */C：1. Analyze -> Conformations -> Extract Histogram… (计算分子对接，ligand与 protein bind site的分数高低并由高到低)版面作者:林世浤 如有问题请回信指教 e-mail:jolin31912811@.tw 。