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1、第一编 环境微生物学基础 第二章 环境中的微生物 第七节 微生物的分类、鉴定和保藏 Classification 、Identification And Conservation of Microorganisms,The Introduced Contents,Yeast (for the production of bread, beer and vinegar, etc) Enzyme preparations produced by microbiology Composting based on microbiology Metallurgy and production by mi
2、crobiology Information storage (into the Bacterium),Japan Information storage (into the Bacterium) ig. Bacillus Subtilis (Bacillus natto, 纳豆菌),Human and Fungus,曲霉病(aspergillosis),天花症状,埃波拉病毒,How to recognize the microorganisms?,How to apply the microorganisms to the above sides? How to diagnose the d
3、iseases caused by the microorganisms?,Definition：According to the affinity,Classification 、Identification And Conservation of Microorganisms,深层地表中的产甲烷菌,tasks：Classification、Identification 、Nomenclature,第一节 通用分类单元 Section General Taxon,种以上的系统分类单元（seven grade） 界 Kingdom 门 Phylum（或Division）亚门 纲 Class 亚
4、纲 超目 目 Order 亚目 科 Family 亚科 族 亚族 属 Genus 种 Species,Nomenclature 属名（Genus name）：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。 种名（species name）：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。,国际命名法则：林奈的双名法,亚种：subsp.（subspecies） 变种：var.(variety),学 名 = 属 名 + 种名 + 命名人姓氏,枯草芽孢杆菌： Bacillus subtilis Cohn,荧
5、光假单胞菌纤维素亚种：Pseudomonas fluorescens subsp. cellulosae,Ig.大肠埃希氏杆菌 Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919 Ig.金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884,当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或ssp.（分别代表species 缩写的单数和复数形式） Ig. Saccharomyces sp.（表示酵母菌属中的一个种。）,菌株名称在种名后面自行加上数字、地名或符号等， Ig. Bac
6、illus subtilis AS1.389 AS=Academia Sinica Bacillus subtilis BF7658 BF=北纺 Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌 ATCC American Type Culture Collection美国模式菌种保藏中心 当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成13个字母。 Ig. Escherichia coli 可缩写成 E. coli Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus 三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后
7、再附上亚种名称（斜排体）。 如： Bacillus thuringiensis subsp. galleria 苏云金芽孢杆菌腊螟亚种,微生物的名字有俗名和学名两种。 Ig. 红色面包霉-粗糙脉孢霉 绿脓杆菌-铜绿假单胞菌 学名是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。,Classification Unit from subspecies,自学内容（self-study content）： 亚种（subspecies）、变种（ variety）、菌株（strain）、种（species）、模式种（
8、type species）、新种（species nova， sp. nov或nov sp.）。, species and new species,种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。 新种： sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。,subspecies variety strain,Classification Unit from subspecies,Species type species
9、 Ig.E.coli, Bacillus halodurans species nova， sp. Nov or nov sp. The International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM),Domain,三原界系统,Three Domains Theory,Bacteria Eukarya Archaea,General System of Classification,Bacteria：Bergeys Manual of Systematic Bacteriology （vol.7）、The Ge
10、nus Bacillus （vol.1） Actinomycete：Key to the Families and Genus of Actinomycete (By Microorganism institute of China) Fungus：Smith、 Alexopoulos 、 Ainsworth system,Classification And Identification,. Classic Indicator of Inditification,Morphological Characteristics,八叠球菌,四联球菌,葡萄球菌,梭状芽孢杆菌,短杆菌,长杆菌,螺旋菌,弧
11、菌,螺旋体,Special Morphological Characteristics,Abnomal Morphological Characteristics,结核杆菌的异常形态,结核杆菌的正常形态,Simple Staining,Gram Staining,Colony Characteristics,lawn,Culture Charateristics,反映微生物与氧气的关系,. Identification Technology （mini、simple、fast and automatic）,API System,菌种,基本培养基 （液体）,菌悬液,检测、编码、查表、鉴定,适用于
12、API鉴定细菌有700多种,API（API system）（法国生产，可以同时测定20多种生化指标；有20多个塑料小管）,“Enterotube” System,Biolog System (automatic and fast),每个孔中含有不同的底物,菌悬液或无菌水,Physiological and Biochemical Characteristics ,ig,. The Modern Identification Method,Three Levels,Nucleotide Acid Analysis,、Nucleotide Acid Analysis,GC ratio (guani
13、ne plus cytosine base mole percent) G+Cmol%=（G+C）/（A+T+G+C）*100%,Every organsism has its own value of GC ratio. Ig. GC%=25-75%(Bacteria),GC ratio,the Difference of GC Ratio 2%, without significance； =2.5-4.0%, the same species； 5%, different species； 10%, different genus,、Nucleotide Acid Analysis,（2
14、）DNA-DNA Hybridization Homology 60%, the same species 70%, the same subspecies =20-60%, the same genus,Effect on DNA by Different Temperatures,Effect on DNA by Different Temperatures,DNA-DNA Homologous Hybidization,（3）16/18S rRNA,Advantages of 16/18S rRNA Sequece Analysis,a.Common for the Eucaryotes
15、 and the procaryotes b.Constent for Physiological function c.High for the content of cell cell d. Stable for the rRNA gene e. Conservative for some rRNA gene f.Moderate for Molecular Weight,(3)16S/18S rRNA sequence Analysis,Principle Method,PCR仪,Evolutionary three,、Nucleotide Acid Analysis,（4）Genome
16、 sequece Ig.Bacillus halodurans C-125，E.coli，,、Analysis of the Cell Chemical Components,（1）Cell wall （2）Sugar Type of the Cell Hydrolysate （3）Phosphoric Acid Lipid （4）Mycolic Acid （5）Quinone （6）Fatty Acid and Alcohols (by Gas blaketing Chromatographic Technique),1 Chemical Components of Cell wall,。,2 Sugar Type of the Cell Hydrolysate,5醌类的分析,在细菌和放线菌中所含有甲基萘醌（VK）和泛醌（辅酶Q）。在放线菌分类鉴定上有重要价值。,、numerical ta
