《交通大学应用数学aracomputing system操作手册》由会员分享，可在线阅读，更多相关《交通大学应用数学aracomputing system操作手册（41页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、交通大學應用數學 ARAComputing System 操作手冊,簡嘉宏 0982838185,Part I: 使用者須知與操作說明,Architecture,Compute Node,Service Node NIS/NFS,WAN/LAN,NIS NFS:/data,Network=,RHEL 5.3,dl320,clw01,Switch,140.113.22.0/255.255.255.0 140.113.25.0/255.255.255.0,250GB,專案範圍,Intel 5430,Intel 5570,Intel 5570,Intel 5570,clw02,clw03,clw0
2、4,Compiler: Intel11.1-059 Plot: Tecplot360,Matlab2008a,Matlab2009a（五人同時使用授權）,帳號管理,帳號管理: 註一：/data/V下還細分課程名稱，例如FEM課程，則為/data/V/FEM 註二：/data 為NFS的分享目錄,資源限制,政策 硬碟空間限制設定方式 顯示空間限制 可在任何一台計算主機上執行，以個人身份，查詢自己的空間限制 $ quota,帳號整理,原舊帳號保留，密碼未設，無法登入,帳號整理(續),原舊帳號移至T群組的UID/GID分配、目錄與預設密碼 廠商管理群組 廠商管理帳號,如何登入系統 - 在 Windo
3、ws 環境的客戶端下連結本系統(1),系統遷入 使用putty這隻freeware程式 把google大神請出來，搜尋putty，找到網站，然後下載 您可以選擇下載至您的桌面，以便以後使用。 請點兩下開啟 在Host Name下，輸入您要登入的主機IP，例如： 要登入clw04，請輸入 140.113.22.105 接著按Open，開啟terminal 輸入您的帳號，按Enter 接著輸入您的密碼，按Enter,如何登入系統 - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(2),檔案傳遞 使用winscp這隻程式，也是免費的 一樣，把google大神請出來，找到下載點下載 安裝完畢後，桌面出
4、現WinSCP的圖案 點兩下，出現WinSCP登入畫面，請點新增 出現新增畫面，接著，輸入 您要登入的主機名稱，例如： 140.113.22.105 用戶名稱： 密碼： ,如何登入系統 - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(3),Xming Server 遠端X桌面設定 Xming，這隻程式也是免費的，可以到http:/ 下載完裝完成後，桌面出現X-lanch的圖案，點兩下，選擇Multiple windows，接者一路點下去，設定完畢後，最後會在佇列處出現Xming Server的圖案 下次再啟動X時，直接去點選Xming即可。,如何登入系統 - 在 Windows 環境的客戶端
5、下連結本系統(4),設定PUTTY連線時，將X11 Forward過來 接著，在使用putty遷入系統時，別急著按Open，先到Category中， Connection - SSH - X11 將Enable X11 forwarding選項打開 接著再按Open，打開terminal 輸入帳號密碼，登入系統,如何登入系統 - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(5),Xming Server遠端X桌面使用 輸入xterm， $ xterm 看是否能出現如右畫面， 出現表示成功。 X-ming的好處是可以將系統上好用的一些GUI工具如gnuplot，或者單位所採購的tecplot所
6、顯示出的圖形給打到你的桌面上。 如果要啟用tecplot，請在putty登入clw04之後，輸入 $ tec360 之後按Enter，tecplot的圖形介面就會顯示到您的桌面上了。,如何登入系統 - 在 Linux 環境下的客戶端連結本系統,我們使用aracity這個帳號來展示，請在使用時，依實際情況，換成您的帳號名稱。 系統遷入 如果您是在xwindow下，請先開啟 terminal 使用ssh連入：$ ssh aracity140.113.22.105 檔案傳遞 如果您是在 xwindow下，請先開啟terminal 第一招 - 使用sftp $ sftp aracity140.113.
7、22.105 sftp put 將檔案放上去 sftp get 將檔案傳回來 第二招 使用scp 將檔案file.dat傳上去到家目錄目錄下 $ scp file.dat aracity140.113.22.105:/home/aracity 將在Cluster上的檔案/home/aracity/file.dat給傳回來 $ scp aracity140.113.22.105:/home/aracity/file.dat ./ 將目錄myjob整個傳上去到家目錄下 $ scp r myjob aracity140.113.22.105:/ X11桌面：不需設定，在使用ssh連入時加上-X就可以
8、了 $ ssh X 140.113.22.105,系統登入與環境設定,系統登入 本系統預設使用者能夠登入clw01,clw02,clw03,clw04這四部計算伺服器 在從您個人電腦登入時，請以實體IP的方式或是Domain Name方式登入 在您登入到任何一台計算伺服器後，若要再登入到其他計算伺服器，請直接使用該計算伺服器的主機名稱 全域共享目錄 透過網路檔案系統(NFS)將檔案伺服器上的目錄輸出給每個計算伺服器，使得所有的計算節點都可以共享該目錄。 使用者家目錄： /data ex : /data/T/smchang 每一位使用者都會有自己的家目錄,系統登入與環境設定,使用者的預設環境 本
9、系統的預設環境為bash 原則上，使用者可以透過ypchsh來更改自己登入的SHELL，但是，本系統的設定以bash及csh為主。使用者自行更改SHELL可能會造成無法預期的環境變數未設置的狀況發生。 bash 環境檔 一般設定檔（不能更改，由管理者訂定） /etc/bashrc /etc/profile 個人設定檔（可以更改，自訂環境） /.bashrc /.bash_profile csh/tcsh環境檔 一般設定檔（不能更改，由管理者訂定） /etc/csh.cshrc /etc/csh.login 個人設定檔（可以更改，自訂環境） /.cshrc /.login,一般使用者如何更改密碼
10、？,範例： 使用aracity帳號，請登入clw01clw04任何一台電腦 請勿登入dl320上去更改密碼，會無法更改成功 $ yppasswd Changing NIS account information for aracity on dl320. Please enter old password: - 鍵入舊密碼 Please enter new password: - 鍵入新密碼 Please retype new password: - 再鍵入一次新密碼 The NIS password has been changed on dl320. - 出現這行，表示成功更改密碼囉！,I
11、ntel編譯器的使用,請登入至clw04(140.113.22.105, clw04.math.nctu.edu.tw)裡 序列程式，沒有多執行緒的單線緒程式 一般最佳化 icc(ifort) O2 xS myprogram.c(myprogram.f90) o myprogram.exe 完全最佳化 icc(ifort) -fast myprogram.c o myprogram.exe 註：但在clw04以完全最佳化編譯好的程式無法到clw01跑，因為CPU架構不 Compiler flags for optimized compiling Optimized job compiled G
12、eneral Optimized IPO : if you dont link other library icc(ifort) O3 ipo -static xT General : if you want to link other library icc(ifort) O2 xT General SSE vectorized optimized with Pentium4 icc(ifort) O2 axW (with SSE2 extensions) icc(ifort) O2 axT (with SSE3 extensions) icc(ifort) O2 axS (with SSE
13、4.1 extensions),Because libraries are often compiled by using “ O2” flag without “-ipo” optimization,Intel編譯器的使用,Precision Improve Maintain the floating point precision Sometimes compiler do the optimization overly, it will cause the precision problem icc(ifort) mp icc(ifort) mp1 ( speed impact is l
14、ess than mp ) General Compiling Flag include directory -I ex: ifort I /myinclude Link Libraries -L -l ex: You have a library named libfftw.a and placed in /mylib ifort L /mylib lfftw give the execution filename -o ex: ifort . o myprogram.exe,Intel編譯器的使用,Parallel Job compile OMP job c pragma or fortr
15、an directive inline: icc fast openmp myprogram.c o myprogram.exe ifort fast openmp myprogram.f90 o myprogram.exe auto-parallelized: icc fast -parallel myprogram.c o myprogram.exe,執行你的工作,Sequential Job 使用ssh登入到任一計算節點clw01clw04 更改目錄(ex /myprogram)到置放執行檔(ex:a.out)的地方 $ cd myprogram 執行 $ ./a.out OMP Par
16、allel Job 使用ssh登入到任一計算節點clw01clw04 更改目錄(ex /myprogram)到置放執行檔(ex:a.out)的地方 $ cd myprogram set OMP number of threads runtime environment variable : export OMP_NUM_THREADS= Set OMP runtime stacksize export KMP_STACKSIZE=128m 執行 $ ./a.out,Tecplot360的使用方式,請參照投影片的 如何登入系統 - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(1),(3)(5) 這三張slides 本軟體為單機永久授權，故同一時間僅能一人使用，請注意。 GUI圖形操作介面如右展示 本軟體安裝在clw04
