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1、1（一）（一） DNA 序列比对分析序列比对分析一）两个一）两个 DNA 序列的相似性比对分析序列的相似性比对分析1进入 NCBI 主页（www.ncbi.nlm.nih.gov）2. 点击所有资源（All Resources）3点击工具栏目（Tool）4在工具栏目里找到Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 点击进入。5. 找到 Specialized BLAST，点击Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq)6. 将序列 1 复制、黏贴到 Enter Query Sequence 框中。7
2、. 将序列 2 复制、黏贴到 Enter Subject Sequence 框中。8. 在 Program Selection 下面，选择 Highly similar sequences (megablast) （高度相似序列）或其他分析程序9、点击 BLAST 按钮，进行比对分析。10、观察、记录和分析两序列比对结果。二）待查二）待查 DNA 序列与国际基因数据库中已有序列与国际基因数据库中已有 DNA 序列的相似性比对分析。序列的相似性比对分析。1、进入 NCBI 主页（www.ncbi.nlm.nih.gov）2、点击所有资源（all resources）3点击工具栏目（Tool）4在
3、工具栏目里找到Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 点击进入。5在 Basic BLAST 下，找到 nucleotide blast（Search a nucleotide database using a nucleotide query） ，点击进入。6. 将 DNA 序列复制、粘贴到 Enter Query Sequence 下面的方框中。7. 在 Choose Search Set 栏目下，选择 others 数据库8. 选择 Highly similar sequences (megablast)或其他程序。9. 按 BLAST 按钮。
4、10. 观察、记录和分析 DNA 序列与国际基因库已有序列的比对结果。2（二）（二） DNA 序列开放阅读框的分析序列开放阅读框的分析1进入 NCBI 主页（www.ncbi.nlm.nih.gov）2点击所有资源（all resources (A-Z) ）3点击工具栏目（Tool）4. 找到 Open Reading Frame Finder (ORF Finder) ，点击进入。5. 将 DNA 序列复制、粘贴到 sequence in FASTA format 下的下的方框中。6. 在遗传密码选项中，选择 1 Standard (标准)。7. 找到 OrfFind，点击进入。8. 观察、
5、记录和分析结果。（三）开放阅读框表达结果分析（三）开放阅读框表达结果分析1. 选择一个开放阅读框（ORF）：蓝色棒，点击显示其表达结果。2. 观察、记录开放阅读框的表达结果：核苷酸序列和氨基酸序列，3. 删除核苷酸序列，保留氨基酸序列。4. 观察、记录和分析氨基酸序列。（四）蛋白质序列的功能结构域分析（四）蛋白质序列的功能结构域分析1、进入 EBI 主页 (European Bioinformatics Institute).（www.ebi.ac.uk）2、在 Explore the EBI:搜索框里输入 InterProScan，点击 Search 进行搜索；3、找到 InterProSc
6、an, 点击进入；4、将实验（三）得到的氨基酸序列复制、粘贴到搜索框内；5、点击 Submit 框，耐心等待扫描分析结果；或点击 ID 号显示结果。6、观察和记录氨基酸序列扫描结果：功能结构域。7、分析氨基酸序列的功能结构域（五）（五） DNA 序列提交国际基因数据库（不做，参考供）序列提交国际基因数据库（不做，参考供）1、进入 NCBI 主页（www.ncbi.nlm.nih.gov）2、点击所有资源（all resources (A-Z) ）3、在 G 字母下找到 GenBank，并点击进入。4、选择、并点击 Bankit。35、在 BankIt: GenBank Submissions
7、by WWW 下的小方框内输入 DNA 序列的核苷酸数目（如 631） 。6、点击 New 按钮进入，并得到提交号（如 bankit 1214256） 。 7、填写联系资料（Contact Information）：姓名、单位与部门、街道、城市、省、邮政编码、国家、电话号码、传真号码，填写并确认电子邮箱地址8、选择序列信息释放时间，如 2012 年 5 月 1 日9、回答是否是原始序列资料，选择“YES”。10、填写参考资料（1）填写序列的作者（2）发表状态（Publication Status）：选择未发表。（3）填写引用题目（Citation Title）11、选择或输入序列来源的生物名称
8、，如：输入 Gastrodia elata Blume12、遗传翻译密码：选择标准（Standard）13、在输入 DNA 序列（Input DNA Sequence）项目下，进行如下操作：（1）填写序列信息概要（2）分子类型：选择“Genomic DNA”（基因组 DNA） 。（3）在 Topology（拓扑学）栏目中，选择“Linear”（线性） ”（4）将 DNA 序列复制、粘贴到 Enter DNA sequence 下的方框中。（5）在补充说明栏目下的方框中填写生物种类说明（如 This is a medicinal plant） 。（6）按 Validate and Continue (验证与继续) 按钮检查填写资料正确与完整。（7）根据提示，修改错误（8）再按 Validate and Continue 按钮，如果出现 Youre not finished yet!提示，而没有错误提示，则表示检验合格，可以观察、记录和分析试投递结果了。（9）如果是正式投递 DNA 序列，最后还要点击 Submit to GenBank 按钮，才能将 DNA序列最终投递到基因数据库。由于这是实验教学，切记不要点击 Submit to GenBank 按钮，以免将已投递过的 DNA 序列再次投递到国际基因数据库！
