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1、原原鸡鸡基因基因 CD8a 生物信息学初步分析生物信息学初步分析姓 名卢慧院 系生命科学学院专 业生物技术班 级2011 级 1103 班学 号1154010426指导教师贾震虎内容摘要本文的实验对象是原鸡的 CD8a。本实验运用生物信息学方法，对本条核酸序列进行核酸一级结构和其表达产物的一级结构、二级结构以及三级结构进行初步分析。通过分析我们得出，该条序列长度为 648bp，有多种酶的限制性酶切位点，与其他鸡形目的 CD8a 相似性很高，本条序列共编码 216 个氨基酸。氨基酸疏水性不高，有 12 个磷酸化位点，没有信号肽，有一个跨膜区，蛋白质二级结构主要是 螺旋，占 22.69%；延伸链，
2、占 15.74%；无规卷曲，占61.57%，并且分布不连续。通过对其系统发生树的建立，三种方法构建的系统树，所表现的 CD8a 和其他物种同源序列之间的关系基本一致。【关键词】:原鸡 生物信息学 CD8a目录一、综述.4二、分析研究材料与方法.5（一）研究材料.5 （二）研究方法及工具.5 （三）分析方法和具体步骤.6三、预测结果与分析.8（一）核酸序列一级结构分析.8 1核酸序列基本分析.8 2.核酸序列的酶切图谱分析.9 3.碱基同源性初步分析.11 （二）氨基酸序列的初步分析.12 1.氨基酸序列的组成.12 2磷酸位点的预测.14 3氨基酸的疏水性和亲水性分析.14 4氨基酸的跨膜区分
3、布.15 5信号肽区域的预测.16 （三）氨基酸高能结构的分析.17 1氨基酸的二级结构分析.17 2蛋白质序列的结构功能域分析.18 3蛋白质的亚细胞定位.19 4氨基酸序列三级结构的分析.20 5系统进化树的构建及其进化分析.20四、结果讨论.21（一）核酸序列的基本分析.21 （二）氨基酸序列的基本分析.21 （三）蛋白质高级结构分析及功能预测.22 （四）结论.22五、参考文献.22原鸡基因 CD8a 生物信息学初步分析Bioinformatical Analysis of a Gallus gallus CD8a Gene学生姓名：卢慧 指导老师：贾震虎一、一、综综述述生物信息学是一
4、门新兴的前沿的科学，它随着计算机的技术的发展，逐步 应用于农林学、生物学、医学等研究中1，通过各种软、数据库、服务器对生 物分子的分析及功能预测，在科技领域显示了它越来越重要的作用。 本文就是利用生物信息学方法，对原鸡的 CD8a 进行初步分析。原鸡不仅适 应于热带、亚热带地区饲养繁衍，而且对高寒地区也具有良好的适应能力，全 年各个季节全国各地均可饲养。而且其抗病能力强，病害少，育雏成活率高， 达到 98%左右，属于中国二级保护动物。 CD8分子是 T 淋巴细胞表面的 I 型跨膜蛋白2，也是 T 淋巴细胞表面重要的 标志性分子3, 4。鸡的 CD8分子主要表达在细胞毒性 T 淋巴细胞5、抑制性
5、 T细胞和树突状细胞的表面。6CD8分子是二聚体，并有 CD8aa 同型二聚体和 CD8a 异型二聚体两种表达形式。CD8主要识别 MHC类分子递呈的内源性抗原； 鸡 CD8分子是鸡免疫系统的重要组成部分，与哺乳动物的 CD8分子在生物进化和 功能上有明显的相似性12，13。CD8a 参与胸腺分化以及 T 细胞活化的信号传导,7 而 CD8 主要协助 CD8a 发挥生物学功能。 通过对不同物种的 CD8a 核酸序列的分析，人们发现 CD8a 是一个功能类似 而且较为保守的跨膜蛋白，约由230个氨基酸组成，包含一个规范的信号肽，一 个 Ig 高变区，Ig 高变区暴露于同源的免疫球蛋白的 CDR1
6、、2、3的钩环区；紧 接着 Ig 高变区的是富含脯氨酸的铰链区，之后是由二十个氨基酸构成的跨膜区。本文首先对核酸序列进行基本分析，通过对酶切位点的分析，我们可以 对本条核酸序列酶切及体外扩增，用于分子实验。对氨基酸序列的分析，我 们可以找到其磷酸化的位置，有无信号肽，以及亚细胞定位和其二级结构等， 在此基础上，来分析预测结构和功能的关系。对CD8a 基因的生物信息学分 析，通过比较相同基因和不同基因的等位基因，有助于研究不同基因间的进化 关系，以及进一步研究 CD8a 与免疫系统防御的关系，所以在原鸡养殖和优良 育种方面具有很好的应用前景8。二、分析研究材料与方法二、分析研究材料与方法（一）研
7、究材料研究对象是原鸡的 CD8a 作为研究材料，长度为 648bp，在 GenBank 的登录 号为 NM_205235.1。（二）研究方法及工具本论文采用生物信息学方法，用计算机对草鱼的原鸡的 CD8a（648bp）的 结构、功能及进化地位进行了研究，主要用到的生物信息学数据库、分析软件 以及网络服务器如下数据库： NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国 国家生物技术信息中心）软件： Bioedit（用于核酸序列编辑与分析） Discover studio Visualizer（用于蛋白质结构的分析） MEGA（用于分子进化遗传分析）网络服务器（主要用于蛋白质结构的预测）：BLAST 程序（用于同源序列的比对） SCRATCH Protein Predictor（蛋白质结构预测） Swiss-model； CBS 服务器的 NetPhos2.0 Server Expos 服务器的 Prostate CBS 服务器的 TMHMM Server v. 2.0 CBS 服务器的 SignalP3.0 server PBIL LYON-GERLAND 信息库 SMART CBS 服务器的 CPHmodels Wolf PSORT CDART: Conserved Domain Architecture Retrieva
