《喉鳞状细胞癌特征性microrna表达谱的研究》由会员分享，可在线阅读，更多相关《喉鳞状细胞癌特征性microrna表达谱的研究（78页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、硕士学位论文 学校代码： 学号： 喉鳞状细胞癌特征性m ic r o R N A 表达谱的研究 S t u d yo nD N Am i c r o a r r a y b a s e dm i c r o R N Ae x p r e s s i o n p r o f i l eo fs q u a m o u sc e l lc a r c i n o m ao fl a r y n x 所院 ：北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所 姓名 ：李琳 指导教师：高燕宁教授 导师小组：程书钧张开泰林东昕 学科专业：肿瘤学( 基础) 研究方向：癌发生演进的分子机理和分子标志 完成日期： 2 0 10
2、 年5 月 l 0 0 2 3 s 2 0 0 7 1 2 4 _ 北京协和医学院中国医学科学院硕士学位论文 目录 目录i 图表索引i v 英文缩略词v i 中文摘要v i i 英文摘要i x 导论( 含文献综述) l lm i c r o R N A ( m i R N A ) 概述2 2 m i R N A 的分析研究技术3 3m i R N A 表达谱作为分子标志物的优势4 4 m i R N A 表达谱的研究现状7 5课题研究目的和基本策略l0 材料与方法1 3 一、实验材料l3 l 喉鳞癌福尔马林固定石蜡包埋( F F P E ) 组织标本及新鲜冻存( F F ) 组 织标本采集及储
3、存l3 2主要试剂l5 2 1 基因芯片1 5 2 2组织切片及染色试剂15 2 3 组织保存、总R N A 提取及质控试剂( 盒) 1 5 2 4m i R N A 芯片杂交试剂l6 3主要仪器l6 4 主要分析软件l7 二、实验方法17 l 喉鳞癌F F P E 和F F 组织标本的处理及质量鉴定17 2 喉鳞癌F F P E 和F F 组织总R N A 制备及质量控制l7 2 1 喉鳞癌F F P E 组织总R N A 的提取1 8 j 北京协和医学院中国医学科学院硕士学位论文目录 2 2喉鳞癌F F 组织总R N A 的提取l8 2 3R N A 样品的质量控制1 9 3m i R N
4、 A 表达谱芯片杂交、清洗、扫描、数据提取1 9 3 1准备标记反应19 3 2 准备10 阻滞剂2 1 3 3 准备杂交样品2l 3 4 准备杂交盒2l 3 5 芯片清洗2 1 3 6 芯片扫描和数据提取2 3 4m i R N A 表达谱芯片的数据分析2 4 结果。2 5 l 喉鳞癌F F P E 和F F 组织的m i R N A 芯片杂交分析2 5 1 1 被测组织样品肿瘤细胞含量的控制2 5 1 2 从被测组织样品中获得高质量总R N A 2 6 1 3杂交后芯片的扫描2 9 1 4 杂交后芯片数据的提取2 9 2喉鳞癌F F P E 和F F 组织的m i R N A 表达谱实验数
5、据的分析3 0 2 1 杂交芯片的质量控制3 0 2 2 喉鳞癌F F P E 和F F 组织m i R N A 表达谱的芯片数据分析3 l 2 2 1 芯片原始数据标准化3 l 2 2 2F F P E 和F F 组织中m i R N A 表达谱分析3 3 2 2 3 差异m i R N A 表达分析3 6 2 2 4 差异表达m i I A 靶基因预测及分析。4 7 讨论4 9 l 将福尔马林固定石蜡包埋( F F P E ) 组织用于m i R N A 芯片研究4 9 2喉鳞癌F F P E 组织m i R N A 表达谱与现有相关研究资料的比对分析5 0 3 喉鳞癌新鲜冻存组织m i
6、R N A 表达谱与现有相关研究资料的比对分析5 2 4 喉鳞癌福尔马林固定石蜡包埋组织与新鲜冻存组织m i R N A 表达谱数 据的比对分析5 3 北京协和医学院中国医学科学院硕士学位论文 目录 5喉鳞癌相关m i R N A 的靶基因预测和G O 分析及其意义5 5 6 审视与展望5 6 d 、结5 7 参考文献5 8 3 4 5 6 6 6 金 基 助 资 题谢明课致声 北京协和医学院中国医学科学院硕士学位论文图表索弓 图表索3 l 图1 1本项研究的技术路线12 图3 1喉鳞癌F F P E 组织H E 染色切片代表图2 5 图3 2 应用A g i l e n t2 1 0 0 生
7、物分析系统鉴定福尔马林固定石蜡包埋( F F P E ) 组织R N A 样品质量的代表图像2 6 图3 3应用A g i l e n t2l0 0 生物分析系统鉴定新鲜喉鳞癌组织R N A 样品质量的 代表图像2 7 图3 4 喉鳞癌F F P E 组织m i R N A 芯片杂交代表图像2 9 图3 5喉鳞癌F F P E 组织样品数据提取后F e a t u r eE x t r a c t i o n 质控报告代表图3 0 图3 62 4 例F F P E 组织Q u a l i t yC o n t r o lM e t r i c s p l o t 图3l 图3 7 16 例F
8、F 组织Q u a l i t yC o n t r o IM e t r i c s p I o t 图3l 图3 82 4 例F F P E 组织样品芯片原始数据标准化B o x W h i s k e r 图3 2 图3 91 6 例F F 组织样品芯片原始数据标准化B o x W h i s k e r 图3 2 图3 1 0F F P E 和F F 组织中至少在一例样品中有表达的m i R N A 3 3 图3 1lF F P E 和F F 组织中在所有样品中均有表达的m i R N A 3 4 图3 1 2 癌和癌旁F F 组织中至少在一例样品中有表达的m i R N A 3 4
9、图3 1 3 癌和癌旁F F 组织中在所有样品中均有表达的m i R N A 3 4 图3 1 42 4 例喉鳞癌福尔马林固定石蜡包埋组织的m i R N A 芯片实验信号探针 计数在样本中的分布3 5 图3 158 对喉鳞癌新鲜冷冻组织的m i R N A 芯片实验信号探针计数在样本中 的分布3 5 图3 1 6 与喉鳞癌淋巴转移相关的5 个m i R N A 的靶基因的分子功能G O 富集 分析4 8 表2 12 4 例F F P E 组织标本患者的临床资料1 4 表2 28 例F F 组织标本患者的临床资料14 表3 1被测喉鳞癌F F P E 组织R N A 样品质量测评2 7 表3
10、2 被测喉鳞癌新鲜冻存组织I 喇A 样品质量测评2 8 表3 3F F P E 组织与喉鳞癌发生部位相关的差异表达m i R N A 3 6 北京协和医学院中国医学科学院硕士学位论文 图表索弓 表3 4F F P E 组织与病理分级相关的差异表达m i R N A 3 7 表3 5F F P E 组织与T 分期相关的差异表达m i R N A 3 7 表3 6F F P E 组织与淋巴结转移( N 分期) 相关的差异表达m i R N A 3 8 表3 7新鲜冻存的配对的喉鳞癌和癌旁组织差异表达m i R N A 4 0 表3 8喉鳞癌F F 组织与喉鳞癌的发生部位相关的差异表达m i R N
11、 A 4 4 表3 9喉鳞癌F F 组织与组织病理分级相关的差异表达m i R N A 4 4 表3 1 0 喉鳞癌F F 组织与T 分期相关的差异表达m i R N A 4 5 表3 1 1喉鳞癌F F 组织与淋巴结转移相关的差异表达m i l A 4 5 北京协和医学院中国医学科学院硕士学位论文英文缩略词 B E C N A s E M T F D R F F F F P E G O H C C m i R N A o S C C P T E N R I N R l S C S I L A C T M P l T T P 英文缩略词 B a r r e t te s o p h a g u s c i r c u l a t i n gn u c l e i ca c i d s e p i t h e l i a l - m e s e n c h y m a l t r a n s i t i o n f a I s ed i s c o V e 呵r a t e f
