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1、质谱测试分析博苑蛋白质组技术效力中心boyuanbio蛋白质质谱鉴定流程样品酶解酶解片断一级质谱PMF肽指纹图谱串联质谱对库检索序列数据库胜利鉴定PSMs及后挑选De-novo 序列分析未知蛋白肽指纹图谱PMF鉴定vPMFPeptide Mass Fingerprinting是根据一级质谱MS所测酶解片段的准确分子质量鉴定蛋白质的一种方法。v普通采用MALDI-TOF仪器进展。由于MALDI质谱图中的离子普通只带一个电荷，比较容易计算。v其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息与实践测得的质量信息进展对比而实现鉴定。优点与缺陷优点：是用一级质谱鉴定蛋白质的经典方法，算法简单，速度快缺陷
2、：质量相近的多肽添加匹配难度无法实现混合蛋白的鉴定二级质谱鉴定v质谱仪选择一级质谱中的一个峰，让这些峰所代表的离子高速撞击质谱仪中的惰性气体，使其肽键断裂，并对库搜索鉴定蛋白质。v常用MALDI-TOFTOF仪器进展。优点与缺陷优点：鉴定准确度更高，可以得到蛋白的序列可以实现多个蛋白的鉴定缺陷：添加了一步操作算法更复杂，而且需求更多的操作阅历串联质谱结果报告串联质谱结果报告从一级质谱图里选出部分峰做二级质谱一级质谱图二级质谱图蛋白点编号蛋白称号蛋白GI号串联质谱匹配的序列实际等电点实际分子量串联质谱离子得分可信度串联质谱结果报告串联质谱结果报告蛋白的选择v普通protein score大于60分的结果或者单个肽段得分超越30的结果就比较可信。v对于一次鉴定得到多个蛋白得分均超越60分的以得分最高的最为可信。v也可用根据protein score 的C.I.%来判别，该参数是一个可信度的评价，普通以超越95%作为鉴定结果可靠的规范。蛋白信息查询v普通根据蛋白称号可以了解该蛋白的大致功能v运用该蛋白的GI号码可以到NCBI数据库进一步查的该蛋白的信息v对于未知蛋白，可以采用BLAST或者其它功能预测软件预测该蛋白的功能。
