蛋白质的折叠蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 Alois AlzheimerEmil Kraepelin蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质分子受到各种物理或化学因素影响后，会蛋白质分子受到各种物理或化学因素影响后，会发生一些性质上的变化，如生物活性的丧失，一发生一些性质上的变化，如生物活性的丧失，一些内埋的侧链基团的暴露，溶解度、粘度、扩散些内埋的侧链基团的暴露，溶解度、粘度、扩散系数以及其他的一些物理化学性质的改变，分子系数以及其他的一些物理化学性质的改变，分子结构松散，易于被蛋白酶水解，称为蛋白质的变结构松散，易于被蛋白酶水解，称为蛋白质的变性作用其实质就是蛋白质分子的次级键被破坏，性作用其实质就是蛋白质分子的次级键被破坏，引起天然构象的解体变性作用并不涉及共价键引起天然构象的解体变性作用并不涉及共价键的破裂，一级结构保持完好的破裂，一级结构保持完好蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 球状蛋白质折叠的步骤球状蛋白质折叠的步骤•由完整的伸展态快速、可逆地形成局部二由完整的伸展态快速、可逆地形成局部二级结构，此为成核过程；级结构，此为成核过程；•通过折叠核的协同聚集形成初始的结构域通过折叠核的协同聚集形成初始的结构域•由这些结构域装配成熔球态由这些结构域装配成熔球态•对结构域的构象进行调整对结构域的构象进行调整•形成完整三级结构的蛋白质单体或天然蛋形成完整三级结构的蛋白质单体或天然蛋白质白质蛋白质的折叠 体内蛋白质折叠有异构酶和分子伴侣的参加体内蛋白质折叠有异构酶和分子伴侣的参加•异构酶有两种：异构酶有两种：–二硫键异构酶：能快速催化二硫键的重组，导二硫键异构酶：能快速催化二硫键的重组，导致快速形成正确的二硫键；致快速形成正确的二硫键；–肽基脯氨酸异构酶：催化脯氨酸的氨基参与形肽基脯氨酸异构酶：催化脯氨酸的氨基参与形成的肽键的异构化；成的肽键的异构化；–分子伴侣：是通过抑制新生肽链的不恰当聚集分子伴侣：是通过抑制新生肽链的不恰当聚集并排除与其他蛋白质不合理的结合，协助蛋白并排除与其他蛋白质不合理的结合，协助蛋白质正确折叠的蛋白质。
质正确折叠的蛋白质蛋白质的折叠 小分子蛋白质去折叠转变的可逆性小分子蛋白质去折叠转变的可逆性 在周围环境诱导下，单结构域的小分子在周围环境诱导下，单结构域的小分子蛋白质发生去折叠在开始阶段构象变蛋白质发生去折叠在开始阶段构象变化很小，可能只是柔性的增强及局部的化很小，可能只是柔性的增强及局部的构象改变，但蛋白质的平均结构并不改构象改变，但蛋白质的平均结构并不改变随后蛋白质在一个很小的环境条件变随后蛋白质在一个很小的环境条件下，就可以发生完全的去折叠下，就可以发生完全的去折叠蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 对去折叠过程监测的方法很多，但去折对去折叠过程监测的方法很多，但去折叠所引起的最明显改观还是多肽链尺寸叠所引起的最明显改观还是多肽链尺寸的增大，可通过脲梯度电泳的方法很容的增大，可通过脲梯度电泳的方法很容易地观察去折叠现象去折叠的蛋白质易地观察去折叠现象去折叠的蛋白质因其流体体积大，所以迁移速度比紧密因其流体体积大，所以迁移速度比紧密的折叠的蛋白质要小的折叠的蛋白质要小蛋白质的折叠 蛋白质去折叠态的性质蛋白质去折叠态的性质 在强变性剂存在下或在极端的在强变性剂存在下或在极端的pH环境中，许环境中，许多去折叠的蛋白质会转变为无轨卷曲的多肽多去折叠的蛋白质会转变为无轨卷曲的多肽链，具有其流体力学、物理学及热力学特性。
链，具有其流体力学、物理学及热力学特性 具有二硫键或其它交联作用的去折叠的蛋白具有二硫键或其它交联作用的去折叠的蛋白伸展性较差任何一种交联作用均可降低去伸展性较差任何一种交联作用均可降低去折叠多肽链构象上的柔性，并可降低它的自折叠多肽链构象上的柔性，并可降低它的自由能这也是二硫键有助于增加折叠态的稳由能这也是二硫键有助于增加折叠态的稳定性的一种方法定性的一种方法蛋白质的折叠 在一定的条件下，许多蛋白质处于既不是完全地折叠状在一定的条件下，许多蛋白质处于既不是完全地折叠状态，也不是完全地去折叠状态，它们的这种状态被称为态，也不是完全地去折叠状态，它们的这种状态被称为熔球中间态熔球中间态(molten globule state), 熔球中间态的最普遍熔球中间态的最普遍特征为：特征为：（（1）多肽链的尺寸比无规卷曲小得多，略大于完全折叠态；）多肽链的尺寸比无规卷曲小得多，略大于完全折叠态；（（2）由远紫外）由远紫外CD测得的二级结构的平均组成同折叠态相似；测得的二级结构的平均组成同折叠态相似；（（3）由近紫外）由近紫外CD与与NMR可测得其侧链处于均一的环境中，可测得其侧链处于均一的环境中，与之相反的是，完全折叠态内部侧链处于不同的、非对与之相反的是，完全折叠态内部侧链处于不同的、非对称的环境中；称的环境中；（（4）许多酰胺基团与溶剂交换氢原子的速度比折叠态要快，）许多酰胺基团与溶剂交换氢原子的速度比折叠态要快，比去折叠态要慢；比去折叠态要慢；（（5）熔球中间态的焓十分接近于完全去折叠态，与折叠态）熔球中间态的焓十分接近于完全去折叠态，与折叠态差别大；差别大；（（6）熔球中间态同完全去折叠态之间的互变是迅速而非协）熔球中间态同完全去折叠态之间的互变是迅速而非协同的，它同完全折叠态之间的互变是缓慢而协同的。
同的，它同完全折叠态之间的互变是缓慢而协同的蛋白质的折叠 蛋白质表面的侧链常能象小分子和去折叠的蛋白质表面的侧链常能象小分子和去折叠的蛋白质一样的运动，而蛋白质内部紧密堆积蛋白质一样的运动，而蛋白质内部紧密堆积的原子需要相邻原子的相互协调才能运动的原子需要相邻原子的相互协调才能运动构象变化的速率仅仅是蛋白质柔性的一个方构象变化的速率仅仅是蛋白质柔性的一个方面另一方面是各种构象的能量学另一方面是各种构象的能量学 正常条件下一个已经折叠好的蛋白质的构象正常条件下一个已经折叠好的蛋白质的构象变化受到很大的限制变化受到很大的限制 与可溶性蛋白一样，整合的膜蛋白也具有不与可溶性蛋白一样，整合的膜蛋白也具有不同程度的内部柔性但与可溶性蛋白相比，同程度的内部柔性但与可溶性蛋白相比，其伸入膜内的氨基酸侧链的运动受到很大限其伸入膜内的氨基酸侧链的运动受到很大限制蛋白质的折叠 蛋白质折叠蛋白质折叠•结构决定功能，仅仅知道基因组序列并不能充结构决定功能，仅仅知道基因组序列并不能充分了解分了解蛋白质蛋白质的功能，更无法知道蛋白质是如的功能，更无法知道蛋白质是如何工作的蛋白质可凭借相互作用在细胞环境何工作的。
蛋白质可凭借相互作用在细胞环境(特定的酸碱度、温度等特定的酸碱度、温度等)下自己组装自己，这下自己组装自己，这种自我组装的过程被称为蛋白质折叠种自我组装的过程被称为蛋白质折叠蛋白质的折叠 •蛋白质折叠问题被列为蛋白质折叠问题被列为“21世纪的生物物理学世纪的生物物理学”的的重要课题，它是分子生物学中心法则尚未解决的一重要课题，它是分子生物学中心法则尚未解决的一个重大生物学问题从一级序列预测蛋白质分子的个重大生物学问题从一级序列预测蛋白质分子的三级结构并进一步预测其功能，是极富挑战性的工三级结构并进一步预测其功能，是极富挑战性的工作研究蛋白质折叠，尤其是折叠早期过程，即新作研究蛋白质折叠，尤其是折叠早期过程，即新生肽段的折叠过程是全面的最终阐明中心法则的一生肽段的折叠过程是全面的最终阐明中心法则的一个根本问题，在这一领域中，近年来的新发现对新个根本问题，在这一领域中，近年来的新发现对新生肽段能够自发进行折叠的传统概念做了根本的修生肽段能够自发进行折叠的传统概念做了根本的修正这其中，正这其中，X射线晶体衍射和各种波谱技术以及射线晶体衍射和各种波谱技术以及电子显微镜技术等发挥了极其重要的作用。
第十三电子显微镜技术等发挥了极其重要的作用第十三届国际生物物理大会上，届国际生物物理大会上，Nobel奖获得者奖获得者Ernst在报在报告中强调指出，告中强调指出，NMR用于研究蛋白质的一个主要优用于研究蛋白质的一个主要优点在于它能极为详细的研究蛋白质分子的动力学，点在于它能极为详细的研究蛋白质分子的动力学，即动态的结构或结构的运动与蛋白质分子功能的关即动态的结构或结构的运动与蛋白质分子功能的关系 蛋白质的折叠 •目前的目前的NMR技术已经能够在秒到皮秒的时间域上观察技术已经能够在秒到皮秒的时间域上观察蛋白质结构的运动过程，其中包括主链和侧链的运动，蛋白质结构的运动过程，其中包括主链和侧链的运动，以及在各种不同的温度和压力下蛋白质的折叠和去折以及在各种不同的温度和压力下蛋白质的折叠和去折叠过程蛋白质大分子的结构分析也不仅仅只是解出叠过程蛋白质大分子的结构分析也不仅仅只是解出某个具体的结构，而是更加关注结构的涨落和运动某个具体的结构，而是更加关注结构的涨落和运动例如，运输小分子的酶和蛋白质通常存在着两种构象，例如，运输小分子的酶和蛋白质通常存在着两种构象，结合配体的和未结合配体的一种构象内的结构涨落结合配体的和未结合配体的。
一种构象内的结构涨落是构象转变所必需的前奏，因此需要把光谱学，波谱是构象转变所必需的前奏，因此需要把光谱学，波谱学和学和X 射线结构分析结合起来研究结构涨落的平衡，射线结构分析结合起来研究结构涨落的平衡，构象改变和改变过程中形成的多种中间态构象改变和改变过程中形成的多种中间态.又如，为又如，为了了解蛋白质是如何折叠的，就必须知道折叠时几个了了解蛋白质是如何折叠的，就必须知道折叠时几个基本过程的时间尺度和机制，包括二级结构（螺旋和基本过程的时间尺度和机制，包括二级结构（螺旋和折叠）的形成，卷曲，长程相互作用以及未折叠肽段折叠）的形成，卷曲，长程相互作用以及未折叠肽段的全面崩溃多种技术用于研究此过程，如快速核磁的全面崩溃多种技术用于研究此过程，如快速核磁共振，快速光谱技术（荧光，远紫外和近紫外圆二色）共振，快速光谱技术（荧光，远紫外和近紫外圆二色） 蛋白质的折叠 蛋白质折叠研究的概况蛋白质折叠研究的概况 • 在生物体内，在生物体内，生物信息生物信息的流动可以分为两个的流动可以分为两个部分：第一部分是存储于部分：第一部分是存储于DNA序列中的遗传序列中的遗传信息通过转录和翻译传入蛋白质的一级序列信息通过转录和翻译传入蛋白质的一级序列中，这是一维信息之间的传递，三联子密码中，这是一维信息之间的传递，三联子密码介导了这一传递过程；第二部分是肽链经过介导了这一传递过程；第二部分是肽链经过疏水塌缩、空间盘曲、侧链聚集等折叠过程疏水塌缩、空间盘曲、侧链聚集等折叠过程形成蛋白质的天然构象，同时获得生物活性，形成蛋白质的天然构象，同时获得生物活性，从而将生命信息表达出来；而蛋白质作为生从而将生命信息表达出来；而蛋白质作为生命信息的表达载体，它折叠所形成的特定空命信息的表达载体，它折叠所形成的特定空间结构是其具有生物学功能的基础，也就是间结构是其具有生物学功能的基础，也就是说，这个一维信息向三维信息的转化过程是说，这个一维信息向三维信息的转化过程是表现生命活力所必需的。
表现生命活力所必需的蛋白质的折叠 •自从自从20世纪世纪60年代，年代，Anfinsen基于还原变基于还原变性的牛胰性的牛胰RNase在不需其他任何物质帮助下，在不需其他任何物质帮助下，仅通过去除变性剂和还原剂就使其恢复天然仅通过去除变性剂和还原剂就使其恢复天然结构的实验结果，提出了结构的实验结果，提出了“多肽链的氨基酸多肽链的氨基酸序列包含了形成其热力学上稳定的天然构象序列包含了形成其热力学上稳定的天然构象所必需的全部信息所必需的全部信息”的的“自组装学说自组装学说”以来，以来，随着对蛋白质折叠研究的广泛开展，人们对随着对蛋白质折叠研究的广泛开展，人们对蛋白质折叠理论有了进一步的补充和扩展蛋白质折叠理论有了进一步的补充和扩展Anfinsen的的“自组装热力学假说自组装热力学假说”得到了得到了许多体外实验的证明，的确有许多蛋白在体许多体外实验的证明，的确有许多蛋白在体外可进行可逆的变性和复性，尤其是一些小外可进行可逆的变性和复性，尤其是一些小分子量的蛋白，但是并非所有的蛋白都如此分子量的蛋白，但是并非所有的蛋白都如此而且由于特殊的环境因素，体内蛋白质的折而且由于特殊的环境因素，体内蛋白质的折叠远非如此。
叠远非如此蛋白质的折叠 •体内蛋白质的折叠往往需要有其他辅助因子的参体内蛋白质的折叠往往需要有其他辅助因子的参与，并伴随有与，并伴随有ATP的水解因此，的水解因此，Ellis 于于1987年年提出了蛋白质折叠的提出了蛋白质折叠的“辅助性组装学说辅助性组装学说”这表明蛋白质的折叠不仅仅是一个明蛋白质的折叠不仅仅是一个热力学热力学的过程，显的过程，显然也受到然也受到动力学动力学的控制有的学者基于有些相似的控制有的学者基于有些相似氨基酸氨基酸序列的蛋白质具有不同的折叠结构，而另序列的蛋白质具有不同的折叠结构，而另外一些不同氨基酸序列的蛋白质在结构上却相似外一些不同氨基酸序列的蛋白质在结构上却相似的现象，提出了的现象，提出了mRNA二级结构可能作为一种遗二级结构可能作为一种遗传密码从而影响蛋白质结构的假说但目前为止，传密码从而影响蛋白质结构的假说但目前为止，该假说尚没有任何实验证据，只有一些纯数学论该假说尚没有任何实验证据，只有一些纯数学论证那么，蛋白质的氨基酸序列究竟是如何确定证那么，蛋白质的氨基酸序列究竟是如何确定其空间构象的呢？围绕这一问题科研人员已进行其空间构象的呢？围绕这一问题科研人员已进行了大量出色的工作，但迄今为止我们对蛋白质的了大量出色的工作，但迄今为止我们对蛋白质的折叠机制的认识仍是不完整的，甚至有些方面还折叠机制的认识仍是不完整的，甚至有些方面还存在着错误的观点。
存在着错误的观点蛋白质的折叠 •在这方面作出重要贡献的典型研究实例是美在这方面作出重要贡献的典型研究实例是美国国Anfinsen小组关于牛胰小组关于牛胰RNase的变性和复的变性和复性的研究牛胰性的研究牛胰RNase含有含有124个氨基酸残个氨基酸残基基,由由8个巯基配对组成个巯基配对组成4对二硫键可以计算对二硫键可以计算出酶分子中出酶分子中8个巯基组成个巯基组成4对二硫键的可能方对二硫键的可能方式有式有105种种,这就提供了一个定量估算复性重这就提供了一个定量估算复性重组的指标在温和的碱性条件下组的指标在温和的碱性条件下,8摩尔的浓摩尔的浓脲和大量巯基乙醇能使脲和大量巯基乙醇能使4对二硫键完全还原，对二硫键完全还原，整个分子变为无规则卷曲状，酶分子变性整个分子变为无规则卷曲状，酶分子变性透析去除脲，在氧的存在下，二硫键重新形透析去除脲，在氧的存在下，二硫键重新形成，酶分子完全复性，二硫键中成对的巯基成，酶分子完全复性，二硫键中成对的巯基都与天然一样，复性分子可以结晶且具有与都与天然一样，复性分子可以结晶且具有与天然酶晶体相同的天然酶晶体相同的X射线衍射花样，从而证射线衍射花样，从而证实，酶分子在复性过程中实，酶分子在复性过程中,不仅能自发地重新不仅能自发地重新折叠折叠,而且只选择了而且只选择了105种二硫键可能配对方种二硫键可能配对方式中的一种。
式中的一种 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质折叠机制的理论模型 •框架模型（框架模型（Framework Model））框架模型假设蛋白质的局部构象依赖于局部的框架模型假设蛋白质的局部构象依赖于局部的氨基酸序列在多肽链折叠过程的起始阶段氨基酸序列在多肽链折叠过程的起始阶段, 先先迅速形成不稳定的二级结构单元；迅速形成不稳定的二级结构单元； 随后这些二随后这些二级结构靠近接触级结构靠近接触, 从而形成稳定的二级结构框架；从而形成稳定的二级结构框架；最后，二级结构框架相互拼接，肽链逐渐紧缩，最后，二级结构框架相互拼接，肽链逐渐紧缩，形成了蛋白质的三级结构这个模型认为即使形成了蛋白质的三级结构这个模型认为即使是一个小分子的蛋白也可以一部分一部分的进是一个小分子的蛋白也可以一部分一部分的进行折叠行折叠, 其间形成的亚结构域是折叠中间体的重其间形成的亚结构域是折叠中间体的重要结构 蛋白质的折叠 •疏水塌缩模型（疏水塌缩模型（Hydrophobic Collapse Model））在疏水塌缩模型中，疏水作用力被在疏水塌缩模型中，疏水作用力被认为是在蛋白质折叠过程中起决定认为是在蛋白质折叠过程中起决定性作用的力的因素。
在形成任何二性作用的力的因素在形成任何二级结构和三级结构之前首先发生很级结构和三级结构之前首先发生很快的非特异性的疏水塌缩快的非特异性的疏水塌缩蛋白质的折叠 •扩散扩散-碰撞碰撞-粘合机制粘合机制 （（Diffusion-Collision-Adhesion Model））该模型认为蛋白质的折叠起始于伸展肽链上该模型认为蛋白质的折叠起始于伸展肽链上的几个位点，在这些位点上生成不稳定的二的几个位点，在这些位点上生成不稳定的二级结构单元或者疏水簇，主要依靠局部序列级结构单元或者疏水簇，主要依靠局部序列的近程或中程（的近程或中程（3-4个残基）相互作用来维个残基）相互作用来维系它们以非特异性布朗运动的方式扩散、系它们以非特异性布朗运动的方式扩散、碰撞、相互黏附，导致大的结构生成并因此碰撞、相互黏附，导致大的结构生成并因此而增加了稳定性进一步的碰撞形成具有疏而增加了稳定性进一步的碰撞形成具有疏水核心和二级结构的类熔球态中间体的球状水核心和二级结构的类熔球态中间体的球状结构球形中间体调整为致密的、无活性的结构球形中间体调整为致密的、无活性的类似天然结构的高度有序熔球态结构最后类似天然结构的高度有序熔球态结构。
最后无活性的高度有序熔球态转变为完整的有活无活性的高度有序熔球态转变为完整的有活力的天然态力的天然态蛋白质的折叠 •成核成核-凝聚凝聚-生长模型（生长模型（Nuclear-Condensation-Growth Model））根据这种模型，肽链中的某一区域可以形根据这种模型，肽链中的某一区域可以形成成“折叠晶核折叠晶核”，以它们为核心，整个肽，以它们为核心，整个肽链继续折叠进而获得天然构象所谓链继续折叠进而获得天然构象所谓“晶晶核核”实际上是由一些特殊的氨基酸残基形实际上是由一些特殊的氨基酸残基形成的类似于天然态相互作用的网络结构，成的类似于天然态相互作用的网络结构，这些残基间不是以非特异的疏水作用维系这些残基间不是以非特异的疏水作用维系的，而是由特异的相互作用使这些残基形的，而是由特异的相互作用使这些残基形成了紧密堆积晶核的形成是折叠起始阶成了紧密堆积晶核的形成是折叠起始阶段限速步骤段限速步骤蛋白质的折叠 •拼版模型（拼版模型（Jig-Saw Puzzle Model））此模型的中心思想就是多肽链可以沿多条不同此模型的中心思想就是多肽链可以沿多条不同的途径进行折叠的途径进行折叠, 在沿每条途径折叠的过程中都在沿每条途径折叠的过程中都是天然结构越来越多是天然结构越来越多, 最终都能形成天然构象最终都能形成天然构象, 而且沿每条途径的折叠速度都较快而且沿每条途径的折叠速度都较快, 与单一途径与单一途径折叠方式相比折叠方式相比, 多肽链速度较快多肽链速度较快, 另一方面另一方面, 外外界生理生化环境的微小变化或突变等因素可能界生理生化环境的微小变化或突变等因素可能会给单一折叠途径造成较大的影响，而对具有会给单一折叠途径造成较大的影响，而对具有多条途径的折叠方式而言多条途径的折叠方式而言, 这些变化可能给某条这些变化可能给某条折叠途径带来影响折叠途径带来影响, 但不会影响另外的折叠途径但不会影响另外的折叠途径, 因而不会从总体上干扰多肽链的折叠因而不会从总体上干扰多肽链的折叠, 除非这些除非这些因素造成的变化太大以致于从根本上影响多肽因素造成的变化太大以致于从根本上影响多肽链的折叠。
链的折叠蛋白质的折叠 分子伴侣分子伴侣 1978 年年, Laskey 在进行组蛋白和在进行组蛋白和DNA 在体外在体外生理离子强度实验时发现生理离子强度实验时发现, 必须要有一种细胞核必须要有一种细胞核内的酸性蛋白内的酸性蛋白-核质素核质素(nucleoplasmin) 存在时存在时, 二者才能组装成核小体二者才能组装成核小体, 否则就发生沉淀据此否则就发生沉淀据此Laskey 称它为称它为“分子伴侣分子伴侣”分子伴侣是指能分子伴侣是指能够结合和稳定另外一种蛋白质的不稳定构象够结合和稳定另外一种蛋白质的不稳定构象, 并并能通过有控制的结合和释放能通过有控制的结合和释放, 促进新生多肽链的促进新生多肽链的折叠、多聚体的装配或降解及细胞器蛋白的跨膜折叠、多聚体的装配或降解及细胞器蛋白的跨膜运输的一类蛋白质分子伴侣是从功能上定义的运输的一类蛋白质分子伴侣是从功能上定义的,凡具有这种功能的蛋白质都是分子伴侣凡具有这种功能的蛋白质都是分子伴侣,它们的它们的结构可以完全不同这一概念目前已延伸到许多结构可以完全不同这一概念目前已延伸到许多蛋白质蛋白质, 现已鉴定出来的分子伴侣主要属于三类现已鉴定出来的分子伴侣主要属于三类高度保守的蛋白质家族：高度保守的蛋白质家族：stress 90 family、、stress 70 family、、stress 60 family。
其中其中stress 60 family存在于真核生物的线粒体、叶存在于真核生物的线粒体、叶绿体中蛋白质的折叠 意义和前景意义和前景 蛋白质折叠机制的阐明将揭示生命体内的第二套蛋白质折叠机制的阐明将揭示生命体内的第二套遗传密码遗传密码，这是它的理论意义蛋白质折叠的研，这是它的理论意义蛋白质折叠的研究，比较狭义的定义就是研究蛋白质特定三维空究，比较狭义的定义就是研究蛋白质特定三维空间结构形成的规律、稳定性和与其生物活性的关间结构形成的规律、稳定性和与其生物活性的关系在概念上有热力学的问题和动力学的问题；系在概念上有热力学的问题和动力学的问题；蛋白质在体外折叠和在细胞内折叠的问题；有理蛋白质在体外折叠和在细胞内折叠的问题；有理论研究和实验研究的问题这里最根本的科学问论研究和实验研究的问题这里最根本的科学问题就是多肽链的一级结构到底如何决定它的空间题就是多肽链的一级结构到底如何决定它的空间结构？既然前者决定后者，一级结构和空间结构结构？既然前者决定后者，一级结构和空间结构之间肯定存在某种确定的关系，这是否也像核苷之间肯定存在某种确定的关系，这是否也像核苷酸通过酸通过“三联密码三联密码”决定氨基酸顺序那样有一套决定氨基酸顺序那样有一套密码呢？有人把这种设想的一级结构决定空间结密码呢？有人把这种设想的一级结构决定空间结构的密码叫作构的密码叫作“第二遗传密码第二遗传密码”。
蛋白质的折叠 如果说如果说“三联密码三联密码”已被破译而实际上已成为明码，那么破已被破译而实际上已成为明码，那么破译译“第二遗传密码第二遗传密码”正是正是“蛋白质结构预测蛋白质结构预测”从理论上最直从理论上最直接地去解决蛋白质的折叠问题，这是蛋白质研究最后几个尚接地去解决蛋白质的折叠问题，这是蛋白质研究最后几个尚未揭示的奥秘之一未揭示的奥秘之一蛋白质结构预测蛋白质结构预测”属于理论方面的热属于理论方面的热力学问题就是根据测得的蛋白质的一级序列预测由力学问题就是根据测得的蛋白质的一级序列预测由Anfinsen原理决定的特定的空间结构蛋白质氨基酸序列，原理决定的特定的空间结构蛋白质氨基酸序列，特别是编码蛋白质的核苷酸序列的测定现在几乎已经成为常特别是编码蛋白质的核苷酸序列的测定现在几乎已经成为常规技术，从互补规技术，从互补DNA（（cDNA）序列可以根据）序列可以根据“三联密码三联密码”推定氨基酸序列，这些在上一世纪获得重大突破的分子生物推定氨基酸序列，这些在上一世纪获得重大突破的分子生物学技术，大大加速了蛋白质一级结构的测定目前蛋白质数学技术，大大加速了蛋白质一级结构的测定目前蛋白质数据库中已经存有大约据库中已经存有大约20万个蛋白的一级结构，但是测定了空万个蛋白的一级结构，但是测定了空间结构的蛋白大约只有间结构的蛋白大约只有1.2万个，这中间有许多是很相似的同万个，这中间有许多是很相似的同源蛋白，而真正不同的蛋白只有源蛋白，而真正不同的蛋白只有1000多个。
随着人类基因组多个随着人类基因组计划的胜利完成，解读了人类计划的胜利完成，解读了人类DNA的全序列，蛋白质一级结的全序列，蛋白质一级结构的数据增长必定会出现爆炸的态势，而空间结构测定的速构的数据增长必定会出现爆炸的态势，而空间结构测定的速度远远滞后，因此二者之间还会形成更大的距离，这就更需度远远滞后，因此二者之间还会形成更大的距离，这就更需要进行蛋白质结构的预测要进行蛋白质结构的预测蛋白质的折叠 同时，它还存在重要的潜在应用前景，例如以下几个方面：同时，它还存在重要的潜在应用前景，例如以下几个方面：•利用利用DNA重组技术重组技术可以将外源基因导入宿主细胞但重组可以将外源基因导入宿主细胞但重组基因的表达产物往往形成无活性的、不溶解的基因的表达产物往往形成无活性的、不溶解的包涵体包涵体折叠机制的阐明对包涵体的叠机制的阐明对包涵体的复复性会有重要帮助性会有重要帮助DNA重组和多肽合成技术的发展使我们能够按照自己的意重组和多肽合成技术的发展使我们能够按照自己的意愿设计较长的多肽链但由于我们无法了解这一多肽将折愿设计较长的多肽链但由于我们无法了解这一多肽将折叠为何种构象，从而无法按照自己意愿设计我们需要的、叠为何种构象，从而无法按照自己意愿设计我们需要的、具有特定功能的蛋白质。
具有特定功能的蛋白质许多疾病，如许多疾病，如阿兹海默症阿兹海默症(Alzheimer's)，，疯牛病疯牛病(Mad Cow, BSE)，可传播性海绵状脑病，可传播性海绵状脑病(CJD)，肌萎缩性脊髓，肌萎缩性脊髓侧索硬化症侧索硬化症(ALS)，还有帕金森氏症，还有帕金森氏症(Parkinson's)等正是等正是由于一些细胞内的重要蛋白发生突变，导致蛋白质聚沉或由于一些细胞内的重要蛋白发生突变，导致蛋白质聚沉或错误折叠而造成的因此，深入了解蛋白质折叠与错误折错误折叠而造成的因此，深入了解蛋白质折叠与错误折叠的关系对于这些疾病的致病机制的阐明以及治疗方法的叠的关系对于这些疾病的致病机制的阐明以及治疗方法的寻找将大有帮助寻找将大有帮助蛋白质的折叠 基因组序列的发展使我们得到了大量的蛋白质基因组序列的发展使我们得到了大量的蛋白质序列，结构信息的获得对于揭示它们的生物学序列，结构信息的获得对于揭示它们的生物学功能是十分重要的依靠现有手段（功能是十分重要的依靠现有手段（X-ray晶晶体衍射、体衍射、NMR及及电镜电镜）测定蛋白质的结构需要）测定蛋白质的结构需要较长的时间，因此结构解析的步伐已落后于发较长的时间，因此结构解析的步伐已落后于发现新蛋白的步伐。
而结构预测的方法虽然速度现新蛋白的步伐而结构预测的方法虽然速度较快，但可靠性并不高，只有当我们对于维持较快，但可靠性并不高，只有当我们对于维持蛋白质结构，驱动蛋白质折叠的理化因素更为蛋白质结构，驱动蛋白质折叠的理化因素更为了解，这一方法才可能有根本的改进另外，了解，这一方法才可能有根本的改进另外，我们对于蛋白质相互作用、配体与蛋白质的作我们对于蛋白质相互作用、配体与蛋白质的作用等结构与功能关系的研究也有赖于蛋白质折用等结构与功能关系的研究也有赖于蛋白质折叠机制的阐明叠机制的阐明 蛋白质的折叠 蛋白质折叠与“折叠病” 蛋白质的折叠 蛋白质折叠与蛋白质折叠与“折叠病折叠病” 人们对由于基因突变造成蛋白质分子中仅仅一个氨基人们对由于基因突变造成蛋白质分子中仅仅一个氨基酸残基的变化就引起疾病的情况已有所了解，即所谓酸残基的变化就引起疾病的情况已有所了解，即所谓“分子病分子病”，如地中海镰刀状红血球贫血症就是因为血红，如地中海镰刀状红血球贫血症就是因为血红蛋白分子中第六位的谷氨酸突变成了缬氨酸现在则发蛋白分子中第六位的谷氨酸突变成了缬氨酸现在则发现蛋白质分子的氨基酸序列没有改变，只是其结构或者现蛋白质分子的氨基酸序列没有改变，只是其结构或者说构象有所改变也能引起疾病，那就是所谓说构象有所改变也能引起疾病，那就是所谓“构象病构象病”，或称，或称“折叠病折叠病”。
大家都知道的疯牛病，它是由一种称为大家都知道的疯牛病，它是由一种称为Prion的蛋白质的蛋白质的感染引起的，这种蛋白质也可以感染人而引起神经系的感染引起的，这种蛋白质也可以感染人而引起神经系统疾病在正常机体中，统疾病在正常机体中，Prion是正常神经活动所需要是正常神经活动所需要的蛋白质，而致病的蛋白质，而致病Prion与正常与正常Prion的一级结构完全的一级结构完全相同，只是空间结构不同这一疾病的研究涉及到许多相同，只是空间结构不同这一疾病的研究涉及到许多生物学的基本问题一级结构完全相同的蛋白质为什么生物学的基本问题一级结构完全相同的蛋白质为什么会有不同的空间结构，这与会有不同的空间结构，这与Anfinsen原理是否矛盾？原理是否矛盾？显然这里有蛋白质的能量和稳定性问题显然这里有蛋白质的能量和稳定性问题 蛋白质的折叠 •从来认为蛋白结构的变化来自于序列的变化，从来认为蛋白结构的变化来自于序列的变化，而序列的变化来自于基因的变化，生命信息而序列的变化来自于基因的变化，生命信息从核酸传递到蛋白而致病从核酸传递到蛋白而致病Prion的信息已的信息已被诺贝尔奖获得者普鲁辛纳证明不是来自基被诺贝尔奖获得者普鲁辛纳证明不是来自基因的变化，致病蛋白因的变化，致病蛋白Prion导致正常蛋白导致正常蛋白Prion转变为致病的折叠状态是通过蛋白分转变为致病的折叠状态是通过蛋白分子间的作用而感染！这种相互作用的本质和子间的作用而感染！这种相互作用的本质和机制是什么？仅仅改变了折叠状态的分子又机制是什么？仅仅改变了折叠状态的分子又如何导致严重的疾病？这些问题都不能用传如何导致严重的疾病？这些问题都不能用传统的概念给予满意的解释，因此在科学界引统的概念给予满意的解释，因此在科学界引起激烈的争论，有关研究的强度和竞争性也起激烈的争论，有关研究的强度和竞争性也随之大大增强。
随之大大增强 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 由于蛋白质折叠异常而造成分子聚集甚至沉淀或不能由于蛋白质折叠异常而造成分子聚集甚至沉淀或不能正常转运到位所引起的疾病还有老年性痴呆症、囊性正常转运到位所引起的疾病还有老年性痴呆症、囊性纤维病变、家族性高胆固醇症、家族性淀粉样蛋白症、纤维病变、家族性高胆固醇症、家族性淀粉样蛋白症、某些肿瘤、某些肿瘤、白内障白内障等等由于分子伴侣在蛋白质折叠等等由于分子伴侣在蛋白质折叠中有着至关重要的作用，分子伴侣本身的突变显然会中有着至关重要的作用，分子伴侣本身的突变显然会引起蛋白质折叠异常而引起折叠病随着蛋白质折叠引起蛋白质折叠异常而引起折叠病随着蛋白质折叠研究的深入，人们会发现更多疾病的真正病因和更针研究的深入，人们会发现更多疾病的真正病因和更针对性的治疗方法，设计更有效的药物现在发现有些对性的治疗方法，设计更有效的药物现在发现有些小分子可以穿越细胞作为配体与突变蛋白结合，从而小分子可以穿越细胞作为配体与突变蛋白结合，从而使原已失去作战能力的突变蛋白逃逸使原已失去作战能力的突变蛋白逃逸“蛋白质质量控蛋白质质量控制系统制系统”而而“带伤作战带伤作战”。
这种小分子被称为这种小分子被称为“药物药物分子伴侣分子伴侣”，有希望成为治疗，有希望成为治疗“折叠病折叠病”的新药 新新生肽的折叠问题或蛋白质折叠问题不仅具有重大的科生肽的折叠问题或蛋白质折叠问题不仅具有重大的科学意义，除了上面提到的在医学上的应用价值外，在学意义，除了上面提到的在医学上的应用价值外，在生物工程上具有极大的应用价值基因工程和蛋白工生物工程上具有极大的应用价值基因工程和蛋白工程已经逐渐发展成为产值以数十亿美元计的大产业，程已经逐渐发展成为产值以数十亿美元计的大产业，本世纪后期还将会有更大的发展但是当前经常遇到本世纪后期还将会有更大的发展但是当前经常遇到的困难，是在简单的微生物细胞内引入异体的困难，是在简单的微生物细胞内引入异体DNA后所后所合成的多肽链往往不能正确折叠成为有生物活性的蛋合成的多肽链往往不能正确折叠成为有生物活性的蛋白质而形成不溶解的包含体或被降解这一白质而形成不溶解的包含体或被降解这一“瓶颈瓶颈”问题的彻底解决有待于对新生肽链折叠更多的认识问题的彻底解决有待于对新生肽链折叠更多的认识 蛋白质的折叠 Conformational transition:from alpha-helix rich to beta-sheet rich蛋白质的折叠 Protein and peptide depositarose from misfoldingADMD蛋白质的折叠 蛋白质折叠的机制蛋白质折叠的机制蛋白质的折叠 蛋白质折叠的机制 蛋白质在去折叠和再折叠之间有一个平衡点。
绝蛋白质在去折叠和再折叠之间有一个平衡点绝大多数的蛋白质的再折叠是一个自组装过程，在大多数的蛋白质的再折叠是一个自组装过程，在这一过程中所需的信息贮存于蛋白质的氨基酸序这一过程中所需的信息贮存于蛋白质的氨基酸序列中，而且再折叠在适宜的条件下会自发地发生列中，而且再折叠在适宜的条件下会自发地发生在体外条件下，不能再折叠的蛋白质通常是因为在体外条件下，不能再折叠的蛋白质通常是因为经历某些干扰性共价修饰过程，从而失去了某些经历某些干扰性共价修饰过程，从而失去了某些折叠态所需要的辅助因子，或者产生了沉淀然折叠态所需要的辅助因子，或者产生了沉淀然而某些蛋白质在体内的折叠确实需要生物因子，而某些蛋白质在体内的折叠确实需要生物因子，主要是防止蛋白质的聚沉主要是防止蛋白质的聚沉 蛋白质的自发折叠令人惊奇，多肽链能够采取的蛋白质的自发折叠令人惊奇，多肽链能够采取的构象是一个天文数字，如此大的数字以至于任何构象是一个天文数字，如此大的数字以至于任何蛋白质都不可能在一个可行的时间范围内尝试所蛋白质都不可能在一个可行的时间范围内尝试所有的构象有的构象蛋白质的折叠 蛋白质的折叠不是随机尝试所有可能蛋白质的折叠不是随机尝试所有可能的构象直到遇到某个自由能最低的构的构象直到遇到某个自由能最低的构象。
蛋白质在一个很短时间的范围内象蛋白质在一个很短时间的范围内折叠，一定是因为沿着某些确定的途折叠，一定是因为沿着某些确定的途径进行存在于一个稳定的折叠态蛋径进行存在于一个稳定的折叠态蛋白质的潜能不足以保证产生一个趋向白质的潜能不足以保证产生一个趋向于这一折叠态的途径于这一折叠态的途径蛋白质的折叠 •在活体细胞内，蛋白质是在核糖体上合在活体细胞内，蛋白质是在核糖体上合成的携带有基因信息的成的携带有基因信息的mRNA，在，在tRNA的帮助下，用的帮助下，用20种主要氨基酸为种主要氨基酸为原料，合成多肽链多肽链在某些分子原料，合成多肽链多肽链在某些分子伴侣的帮助下，折叠成具有特定功能的伴侣的帮助下，折叠成具有特定功能的三维结构现已知道，多肽链在生物体三维结构现已知道，多肽链在生物体内是边合成边折叠的目前认为，体内内是边合成边折叠的目前认为，体内折叠是在一个拥挤的大分子环境中完成折叠是在一个拥挤的大分子环境中完成的，存在着正确方向与错误方向之间的的，存在着正确方向与错误方向之间的竞争，而分子伴侣在蛋白折叠的过程中竞争，而分子伴侣在蛋白折叠的过程中对于确保折叠沿着正确的方向进行起到对于确保折叠沿着正确的方向进行起到了重要的保驾护航的作用。
了重要的保驾护航的作用蛋白质的折叠 •分子伴侣可以依据其大小，分成两类：小分子伴侣可以依据其大小，分成两类：小分子伴侣，分子伴侣， 如热休克蛋白如热休克蛋白40 和热休克蛋白和热休克蛋白70等，小于等，小于200 kDa，功能是以单体形式与，功能是以单体形式与在核糖体上延伸中的新生肽链上的疏水氨在核糖体上延伸中的新生肽链上的疏水氨基酸短序列相结合，防止新生肽链未完成基酸短序列相结合，防止新生肽链未完成合成之前的错误折叠，而大分子伴侣大于合成之前的错误折叠，而大分子伴侣大于800 kDa，功能是防止较长的多肽链在后续，功能是防止较长的多肽链在后续的折叠过程中发生聚集虽然核糖体和分的折叠过程中发生聚集虽然核糖体和分子伴侣等细胞内构件，对于蛋白质分子在子伴侣等细胞内构件，对于蛋白质分子在体内完成正确折叠发挥了重要的作用，但体内完成正确折叠发挥了重要的作用，但它们只是辅助因素，蛋白最终构象的决定它们只是辅助因素，蛋白最终构象的决定因素仍在于其一级序列因素仍在于其一级序列蛋白质的折叠 •多肽链合成后所可能达到的状态的示意图多肽链合成后所可能达到的状态的示意图 多肽链在细胞内的核糖体上合成之后，由最初的未折叠状态多肽链在细胞内的核糖体上合成之后，由最初的未折叠状态（（U），经过一些可能的中间状态），经过一些可能的中间状态I，最后到达具备特定功能的，最后到达具备特定功能的天然的有序状态（天然的有序状态（N）。
从）从U到到N的过程被称为折叠过程，而从的过程被称为折叠过程，而从N到到U的过程是去折叠过程在蛋白折叠与去折叠途径中的每一种的过程是去折叠过程在蛋白折叠与去折叠途径中的每一种状态，都可能自发地或被某些特定条件诱导，向其它状态歧化状态，都可能自发地或被某些特定条件诱导，向其它状态歧化例如，刚合成的处于未折叠态的多肽链可能在还没有完成折叠例如，刚合成的处于未折叠态的多肽链可能在还没有完成折叠之前就被降解掉；而一些折叠过程中的中间状态，可能会聚集之前就被降解掉；而一些折叠过程中的中间状态，可能会聚集成无规则的状态或淀粉样沉淀；折叠而成的天然状态成无规则的状态或淀粉样沉淀；折叠而成的天然状态N可以聚集可以聚集成球状蛋白，也可以聚集成丝状蛋白成球状蛋白，也可以聚集成丝状蛋白蛋白质的折叠 •蛋白质的体外折叠研究主要集中在一些小的行为良好蛋白质的体外折叠研究主要集中在一些小的行为良好的蛋白分子上的蛋白分子上Anfinsen在在1961年对年对RNase A的先的先驱性的研究工作，开创了蛋白体外折叠的研究范式驱性的研究工作，开创了蛋白体外折叠的研究范式人们关于蛋白分子折叠机理的很多认识都来自于试管人们关于蛋白分子折叠机理的很多认识都来自于试管中的折叠研究。
蛋白质体外折叠研究采用先变性后复中的折叠研究蛋白质体外折叠研究采用先变性后复性的手段蛋白质变性是在变性剂的作用下，蛋白质性的手段蛋白质变性是在变性剂的作用下，蛋白质从具有生物功能的天然构象状态，到一条伸展的多肽从具有生物功能的天然构象状态，到一条伸展的多肽链的过程在这一过程中，肽键并不断裂，从而保持链的过程在这一过程中，肽键并不断裂，从而保持了残基之间的连接顺序，即氨基酸序列常用的变性了残基之间的连接顺序，即氨基酸序列常用的变性剂有温度、尿素和胍盐等以往蛋白质折叠动力学的剂有温度、尿素和胍盐等以往蛋白质折叠动力学的研究，各实验室之间没有一个统一的标准，各自为是，研究，各实验室之间没有一个统一的标准，各自为是，为实验数据的积累和比较带来不便就在为实验数据的积累和比较带来不便就在2005年，年，世界上近二十家主要的实验室就蛋白折叠动力学研究世界上近二十家主要的实验室就蛋白折叠动力学研究的实验条件，数据处理流程以及报告的撰写等提出了的实验条件，数据处理流程以及报告的撰写等提出了标准化的倡议，结束了以往各自为是的局面例如建标准化的倡议，结束了以往各自为是的局面例如建议了如下的一些实验条件：温度议了如下的一些实验条件：温度25°C，，pH值值7，化，化学变性剂尽量用尿素，对于特殊的蛋白可以用胍盐。
学变性剂尽量用尿素，对于特殊的蛋白可以用胍盐 蛋白质的折叠 •图图 体外折叠实验常用的两种蛋白变性剂：体外折叠实验常用的两种蛋白变性剂：尿素和胍盐尿素和胍盐蛋白质的折叠 •此外，动力学观测的一个很重要的方面就此外，动力学观测的一个很重要的方面就是时间精度过去的时间观测尺度在毫秒是时间精度过去的时间观测尺度在毫秒以上的量级，现在由于纳秒激光装置的应以上的量级，现在由于纳秒激光装置的应用，动力学观测的时间精度已经远小于毫用，动力学观测的时间精度已经远小于毫秒，达到了微秒乃至纳秒的量级高精度秒，达到了微秒乃至纳秒的量级高精度实验设备的应用，为揭示蛋白质分子的折实验设备的应用，为揭示蛋白质分子的折叠规律，特别是对小蛋白的两态折叠现象叠规律，特别是对小蛋白的两态折叠现象的观测做出了重要贡献的观测做出了重要贡献蛋白质的折叠 •关于体内折叠与体外折叠，细胞生物学家比较关于体内折叠与体外折叠，细胞生物学家比较关心的一个问题是，它们的折叠方式是不是一关心的一个问题是，它们的折叠方式是不是一样的，换言之，就是我们从蛋白的体外折叠实样的，换言之，就是我们从蛋白的体外折叠实验获得的认识和规律，是否适用于体内折叠。
验获得的认识和规律，是否适用于体内折叠Fersht在在2002年年Cell的一篇综述里回答了这一的一篇综述里回答了这一问题他的答案是：对于一些小的蛋白（问题他的答案是：对于一些小的蛋白（< 10-15 kDa，约为大蛋白一个结构域的大小），体，约为大蛋白一个结构域的大小），体内折叠与体外折叠的行为方式确实是一致的内折叠与体外折叠的行为方式确实是一致的这一结论来自于对某些小型蛋白的深入研究这一结论来自于对某些小型蛋白的深入研究因为这些蛋白即使在细胞内也是脱离核糖体之因为这些蛋白即使在细胞内也是脱离核糖体之后才发生折叠的，而且在折叠过程中，与分子后才发生折叠的，而且在折叠过程中，与分子伴侣的作用非常弱，所以，其折叠行为在体内伴侣的作用非常弱，所以，其折叠行为在体内与体外基本一致而对于某些大型的蛋白分子与体外基本一致而对于某些大型的蛋白分子来说，因为它们是边合成边折叠的，且在折叠来说，因为它们是边合成边折叠的，且在折叠过程中，分子伴侣体系发挥了重要的作用，因过程中，分子伴侣体系发挥了重要的作用，因此，它们的体内折叠与体外折叠的行为有所不此，它们的体内折叠与体外折叠的行为有所不同，但折叠机理仍可能和小蛋白是一致的。
同，但折叠机理仍可能和小蛋白是一致的蛋白质的折叠 两态折叠与多态折叠两态折叠与多态折叠•有些蛋白，特别是一些较小的蛋白，可有些蛋白，特别是一些较小的蛋白，可能采用两态折叠过程，即蛋白直接由其能采用两态折叠过程，即蛋白直接由其变性状态，经过过渡态而到达其天然构变性状态，经过过渡态而到达其天然构象，中间没有可观测的中间体生成象，中间没有可观测的中间体生成蛋白质的折叠 •有些蛋白则采用多态折叠过程，即在蛋白的变有些蛋白则采用多态折叠过程，即在蛋白的变性态与其天然构象之间存在一个亚稳态的折叠性态与其天然构象之间存在一个亚稳态的折叠中间体蛋白质的折叠 •两态折叠与多态折叠的区别就在于是两态折叠与多态折叠的区别就在于是否存在稳定的折叠中间体折叠中间否存在稳定的折叠中间体折叠中间体既可能在重折叠（体既可能在重折叠（Refolding）的）的过程中被观测到，也可能在去折叠过过程中被观测到，也可能在去折叠过程中被观测到在不同实验条件下，程中被观测到在不同实验条件下，折叠与去折叠过程中自由能变化的概折叠与去折叠过程中自由能变化的概貌如图所示貌如图所示蛋白质的折叠 •图图 不同条件下蛋白折叠和去折叠过程中自由能变化的概貌。
其中，不同条件下蛋白折叠和去折叠过程中自由能变化的概貌其中，U是在是在极端去折叠条件下的非折叠态，极端去折叠条件下的非折叠态，D是一般去折叠条件下的变性态（大部分是一般去折叠条件下的变性态（大部分去折叠，仍有一小部分处于有结构的凝缩状态），去折叠，仍有一小部分处于有结构的凝缩状态），I是主要的折叠中间体是主要的折叠中间体（如熔球体等），（如熔球体等），‡是折叠过程中自由能的最高点（即过渡态是折叠过程中自由能的最高点（即过渡态TS），）， N是是天然状态天然状态A）是从去折叠态到天然态的过程，因为天然态）是从去折叠态到天然态的过程，因为天然态N的自由能显的自由能显著地低于去折叠态著地低于去折叠态U和中间态和中间态I，故可以观察到，故可以观察到D和和I两种中间体两种中间体 （（B）和（）和（C）呈现两态折叠，观察不到中间体，因为，中间体的自由能高）呈现两态折叠，观察不到中间体，因为，中间体的自由能高于或接近于天然态于或接近于天然态N （（D）是去折叠过程，部分去折叠的状态）是去折叠过程，部分去折叠的状态N*可能会被作为中间体观察到可能会被作为中间体观察到•虽然蛋白的两态折叠与多态折叠图景，都已在实验上被观察到，也被计算虽然蛋白的两态折叠与多态折叠图景，都已在实验上被观察到，也被计算机模拟所证实，但是蛋白折叠类型的决定因素尚不十分清楚。
机模拟所证实，但是蛋白折叠类型的决定因素尚不十分清楚蛋白质的折叠 图图 描述蛋白折叠的一个典型的能量漏斗描述蛋白折叠的一个典型的能量漏斗蛋白质的折叠 通过二硫键捕捉中间体通过二硫键捕捉中间体含有二硫键的一些蛋白质需要二硫键来稳定其含有二硫键的一些蛋白质需要二硫键来稳定其折叠构象在这种情况下，即使不存在变性剂，折叠构象在这种情况下，即使不存在变性剂，被还原的蛋白质也是去折叠的，而且蛋白折叠被还原的蛋白质也是去折叠的，而且蛋白折叠和二硫键形成相耦联去折叠和再折叠过程中和二硫键形成相耦联去折叠和再折叠过程中可以捕捉和分离到积聚了不同数量二硫键的蛋可以捕捉和分离到积聚了不同数量二硫键的蛋白质，并对其二硫键加以鉴定对二硫键相互白质，并对其二硫键加以鉴定对二硫键相互作用的动力学和热力学的控制能力能了解到中作用的动力学和热力学的控制能力能了解到中间体的动力学作用分子间二硫键形成速度反间体的动力学作用分子间二硫键形成速度反映了蛋白质构象变化，这仅适用于去折叠蛋白映了蛋白质构象变化，这仅适用于去折叠蛋白二硫键被破坏的情况二硫键被破坏的情况蛋白质的折叠 蛋白质的折叠 在捕捉到二硫键的同时，也可以有在捕捉到二硫键的同时，也可以有效地捕捉到指导二硫键形成的构效地捕捉到指导二硫键形成的构象信息。
蛋白质二硫键和构象的象信息蛋白质二硫键和构象的稳定性是相互联系的一个特定稳定性是相互联系的一个特定的二硫键无论对那种构象的稳定的二硫键无论对那种构象的稳定程度都是相同的，是热稳定的需程度都是相同的，是热稳定的需要如果构象不受捕捉过程影响，要如果构象不受捕捉过程影响，那么可以从捕捉中间体的构象中那么可以从捕捉中间体的构象中获得蛋白质构象折叠的基本证据获得蛋白质构象折叠的基本证据蛋白质的折叠 大蛋白质的折叠大蛋白质的折叠大蛋白质分子是由多结构域、多亚基或二者大蛋白质分子是由多结构域、多亚基或二者联合组成蛋白质经水解可以切下每一个联合组成蛋白质经水解可以切下每一个结构域，或通过蛋白工程方法获得相应的结构域，或通过蛋白工程方法获得相应的片段在许多情况下分离的结构域和完整片段在许多情况下分离的结构域和完整蛋白一样具有相同的稳定性，而且每个结蛋白一样具有相同的稳定性，而且每个结构域在完整蛋白质上是独立的结构单位构域在完整蛋白质上是独立的结构单位独立的结构域象单结构域蛋白质一样去折独立的结构域象单结构域蛋白质一样去折叠和再折叠，在不同条件下，蛋白质折叠叠和再折叠，在不同条件下，蛋白质折叠时会产生复杂的去折叠曲线。
时会产生复杂的去折叠曲线蛋白质的折叠 在多结构域和多亚基蛋白质的整个折在多结构域和多亚基蛋白质的整个折叠过程中，随着限速步骤之前结构叠过程中，随着限速步骤之前结构域和亚基的预先折叠，配体能够影域和亚基的预先折叠，配体能够影响多结构域和多亚基蛋白质的再折响多结构域和多亚基蛋白质的再折叠速度由于质量作用的原因，配叠速度由于质量作用的原因，配体特异的结合到蛋白质上总是可以体特异的结合到蛋白质上总是可以稳定其构象如果在折叠过程中配稳定其构象如果在折叠过程中配体连接到中间体的一个折叠结构域体连接到中间体的一个折叠结构域或者一个亚基时，中间体会更加稳或者一个亚基时，中间体会更加稳定，因而这种稳定可改变蛋白质再定，因而这种稳定可改变蛋白质再折叠的速度折叠的速度蛋白质的折叠 复习题1.蛋白质的去折叠及其变性作用2.蛋白质的熔球中间态及其特征3.蛋白质折叠的机制（模型）4.蛋白质折叠研究的意义和前景5.举例由蛋白质错误折叠引起的疾病6.两态折叠和多态折叠7.分子伴侣概念及其在蛋白折叠中的意义蛋白质的折叠 。