《可视化软件atomeye的基本使用》由会员分享，可在线阅读，更多相关《可视化软件atomeye的基本使用（2页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、可视化软件atomeye 的基本使用相关搜索 : atomeye, 软件 , 可视化做 MD 模拟得到原子位置坐标文件后通常都需要可视化的软件将其显示出来，常见的软件有 VMD（ window 和 linux 下都有版本），rasmol 和 atomeye （linux 下使用）等。经一外院的师兄介绍，一直在使用atomeye，现结合自己的经验说一些简单的使用，若有什么问题大家可以一起交流。当前的 Atomeye 支持三种文件格式：PDB，标准 cfg 和扩展 cfg。扩展 cfg 的格式使用的较为方便，我都是把文件转换成这个格式来用Atomeye 读取的。（一）下载 Atomeye从往常下载
2、的 Atomeye 文件名都是 A.i686，复制到自己的电脑上时有时会失去可执行的属性，可先进行以下操mv A.i686 atomeye/ 将文件名该为 atomeye （我通常的做法）chmod 755 atomeye/ 赋予 atomeye 以可执行的属性执行 Atomeye./atomeye filename/filename是需要读取的cfg 文件名以上面得到的 0.bdl.cfg 为例， ./atomeye 0.bdl.cfg 敲回车键就可以显示原子图像了。运行后会出现两个界面， 一个是原子图像的界面， 另一个是操作符界面。 把原子图像的窗口最大化后，可以想 VMD 一样用鼠标拖拉
3、产生旋转， 看 Atomeye 似乎更适合用键盘的快捷键。 因此，除了用鼠标点击原子图像和操作符界面以切换窗口外，个人建议尽量少用鼠标来完成操作。（二）对原子图像的操作：Atomeye 的图像并不像 VMD 有坐标轴的标识，初始的图像默认的坐标系为横向 x 轴，纵向 y 轴，透视方向 z 轴：(1)透视的立体图与平面图的转换：按Tab 键(2)图像的整体旋转：按方向键即可(3)原子半径的放大与缩小：按PageUp 和 PageDown 键(4)图像的平移：同时按Ctrl 加方向键（）(5)图像在平面内的旋转：同时按Shift 加方向键(6)图像的整体放大与缩小，这个用鼠标的滑轮比较方便，也可以
4、在立体图下用Ctrl+Shift+ (或)组合键来控制注意：对于上面(2) (6)类似的操作存在着一个幅度的问题，比如每按一次方向键究竟旋转了多少度，怎么控制幅度？实际上幅值是通过键盘上的 1 9 数字来控制的，在进行旋转之前可以先按一个数字键， 比如按数字 4，再按方向键则每一次旋转都是 40。因此如果想旋转 90，从垂直于 z 的方向看垂直于 x 的方向，需先按数字键 9，再按方向键。此外，需说明的是控制幅值的数字键 19 并不仅仅是针对旋转操作的， 他们的作用是对任何操作 （包括后面要用到的调整 CNA 分析的门槛值）起一个加速和减速的目的，以上仅是举一个旋转操作的例子说明。（三） At
5、omeye 的颜色模式支持：除了设定x， y， z 三个坐标的数据用来显示原子图像，atomeye 还可以在cfg 文件中加入原子的其他信息的参数值（如能量，应力状态等），这些参数值的相对大小可以用不同的颜色来区分，即颜色模式。Atomeye 在处理的时候，会找出该信息的最大和最小值，中间的数值对最值有一个相对的大小。最大值用红色表示，最小值用蓝色表示，中间值就是中间的过渡颜色。按Alt数字键就会转到该信息的颜色模式下（四）保存图片Atomeye 可以将原子图像保存成 jpg ， png 以及 eps 格式的图片。以 jpg 文件说明，在原子图像的窗口下，按 j 键，这时在字符窗口中出现提示Save screen on (1.bdl.jpg 256):只要输入保存的图片名称再按回车就可以了，例如输入1.bdl.jpg如果是在经过Alt+ 数字键转到了颜色模式下，再输入完保存的图片名按回车后，示要求保存色带，会接着有提Save colormap on (1.bdl.jpg.cmap.eps):接着按回车就可以了，但保存的色带是eps格式，linux下有支持的插件可以直接查看，在window下可以用photoshop来看。
