OLEX2 系列教程1-基础操作 lich666 ：348511586 E-mail：wangff666@ 0 介绍和设置 OLEX2 0.1 OLEX2的由来 Olex2是由英国杜伦大学化学系Dolomanov 教授开发的一款具有解析、精修、画图等 多功能的单晶解析软件 软件基于Python语言 现已经更新至1.2.7版本 软件官网：http://www.olexsys.org/ Dolomanov, O.V., Bourhis, L.J., Gildea, R.J, Howard, J.A.K. & Puschmann, H. (2009), J. Appl. Cryst. 42, 339-341 0.2 OLEX2的优点 同传统的ShelxTL相比， olex2具有如下优点： 图形界面美观 数据回滚方便 自带多种工具 较强的扩展性 0.3 OLEX2的界面 图形用户界面面板图形用户界面面板 由由workwork选项卡（精选项卡（精 修相关），修相关），viewview选选 项卡（结构显示），项卡（结构显示）， toolstools选项卡（工具选项卡（工具 相关），相关），infoinfo选项选项 卡（展示信息）卡（展示信息）组组 成成。
命令行命令行 图形展示窗口图形展示窗口 菜单栏菜单栏 0.4 OLEX2的配置 推荐按照如下步骤进行olex2的配置： （1）先将olex2压缩包解压至一个没有中文字符的文件夹中不推荐使用下载器 下载，速度实在太慢了） （2）将shelx2014里面的shelxl.exe、shelxs.exe、shelxt.exe复制到olex2.exe所在的文件 夹中不推荐使用xl97了，速度慢，且多数杂志推荐使用2014了） （3）将shelxTL中的xprep.exe复制到olex2.exe所在文件夹中 （4）去platon网站下载platon.zip和pwt.zip，将platon.zip中的platon.exe 和check.def 复 制到olex2.exe 文件夹中，再将pwt安装后的salflibc.dll复制到olex2.exe所在的文件夹中 全部配置完见右图 （5）（可选）在菜单栏option中将olex2的自动更新关闭自动更新速度慢，且容 易出错）将所有文件压缩成一个压缩包备份防止软件出错 1 OLEX2解简单结构 解粗结构指认原子 确定原子 类型 各向异性加氢结构整理 添加信息Checkcif 画图和出 报告 1.1 打开结构 1 2 1.选择菜单栏中FileOpen，弹出 左图对话框。
2.选择例子Sucrose，相应文件位 于c:\olex2\sample_data\sucrose 中（假设olex2 路径为 c:\olex2\），选择sucrose.ins 3.点击打开按钮，打开相应文件 3 1.2 解粗结构 1 2 3 4 1.选择Work选项卡 2.点击Solve选项卡旁的小三 角，弹出Solve工具 3.解析程序里选择ShelXS 4.点击Solve选项卡解出粗结 构 5.出现多个褐色圆球，这些 均为Q峰结果如图可以 按住鼠标左键后任意旋转查 看 5 1.3 指认原子 1.将鼠标移至Q峰上，观察峰 重，下滚滚轮删除较轻的Q峰 （较轻峰Q峰颜色浅，较重峰 颜色深） 2.点击QtoC，较重峰全变成碳 3.点击点击Refine选项卡旁的小 三角，弹出Refine工具 4.精修程序里选择ShelXL 5.点击Refine按钮精修 6.从1开始重复直到没有1以上 的峰重至此所有原子被找到 结果如图 2 35 4 6 1 1.3 指认原子-小技巧 1.点击Info选项卡 2.点击Electron Density Peaks工具。
3.从工具中可以看出Q峰有一个明 显的“台阶”，台阶以上均是原子， 台阶下均不是原子在图形窗口中 也可以明显看出 1 2 3 1.4 确定原子类型 1 1 1 1 1.圆圈中温度因子较小且周围 有Q峰的为相对碳较重的原子， 在本例中为氧 2.单击选中步骤1中相应原子并 点击O按钮将之判定为氧 3.点击Refine按钮精修 4.从1开始重复直到所有原子温 度因子相近至此所有原子类 型被确定 5.精修至收敛，即shift为0.000 2 3 5 1.4 确定原子类型-小技巧 温度因子： 热椭球较大的是较碳轻 的原子或者不存在原子 热椭球较小的是较碳重 的原子 键长： 1.5是碳碳单键 1.4是碳氧单键 1.2是碳氧双键 其他以此类推 Q峰： 数据好时旁边的Q 峰往往是氢的位置， 可通过氢的个数判 断该原子是否为氮 或者氧 R1值： 当原子类型指认正 确时，精修后R1值 一般会下降 1.5 各向异性 1 3 1.把①处钩去掉 2.点击②处椭球按钮，将原子 全部变为各向异性 3.点击Refine按钮精修至收敛 2 1.5 加氢 1.点击Add H可以给所有需要加 氢的原子加氢 2.单击可选中加氢不正确的氢， 然后按Del可以删除。
3.点击Refine按钮精修至收敛 4.重复步骤1直到所有氢被加上 1 2 3 1.6 精修权重 1.在权重处打钩表明开始精修 权重 2.单击Refine按钮进行精修 3.精修直到权重值变绿且收敛 1 2 3 1.7 结构整理-原子重命名 1.使用Naming对原子改名 其中Start表示开始编号， Suffix表示后缀，Type表示 原子类型点击Name按钮 出现Mode模式的提示，点 击原子进行命名，命名完成 后按Esc退出Mode模式 2.单击Refine按钮进行精修 更新原子名称 1 2 1.7 结构整理-原子排序 1.使用Sorting对原子改名 分别可选择原子质量、编号、 标签等作为排序依据 2.单击Sort按钮进行排序 点击后ins文件自动更新 1 2 1.8 CIF中添加必要信息 1.点击Report选项卡的小三角， 开始添加必要信息 2.Crytal处要填写晶体的Colour和 Size & ShapeDiffraction处要填 写Diffractometer（一般是CCD Area Detector）和Diffraction T、 Cell Measurement T 。
Absorption Correcttion里均要填写Absolute structure determination一般都是ad 3.还可以选择是否加入hkl和res文 件（发文章的话建议加入） 4.点击铅笔按钮打开ins，加入 acta等命令点击Refine按钮进行 精修生成cif 2 1 2 2 3 4 1.9 CHECKCIF 1.生成cif后可以直接点击 Report中的Checkcif Report 按钮进行的验证也可 以去checkcif网站验证 2.也可以点击Pton按钮调用 PLATON，使用其中的 Validation选项进行离线的验 证 1 2 1.10 画图和出报告 1.点击Draw选项卡的小三角进 行画图设置 2.Label选项处选择non-H可将 所有非氢原子加上编号 3.Type中选择jpd类型， Resolution处选择合适的解析度， Trim处的钩去掉 4.点击Go！即可保存相应图 图在hkl文件的目录下 1 2 3 4 5 1.11 其他小技巧 除了SHELXS以外，可以使用SHELXT进行结构解析，XT可以自动指认原子 类型，十分方便。
解析的快捷键为Ctrl+S，精修的快捷键为Ctrl+R 下方命令行里可以输入fata命令检查原子类型是否有错，结果仅供参考 Olex2会自动向cif文件中的_refine_special_details部分填入精修的信息，十分方 便直观 Draw-Postscript里可以保存矢量图 后续内容更加精彩！ 敬请期待！ 。