城都篇熟悉又贴切的大木博士再度出现在我们的面前经过开场的介绍，以及人物的选择我们重新回到城都联盟！下楼与妈妈对话完毕后就可以查看自己的背包、训练卡、以及保存和设置了走出家门，呼吸着若叶镇新鲜的空气，一只可爱的玛丽露迎面跑向主角呀，原来是副主角的宝贝哦~看着它幸福地跟着主人离开……回归正题，来到博士研究所，与我们的空木博士调侃一番后，该选择我们旅行的神奇宝贝搭档了离开时博士的助手赠送主角5个伤药回家向妈妈道别，并且获得口袋手表然后我们就应该朝西边的29号道路出发吧！临行前空木博士将自己的号码告诉主角29号道路可获得伤药通过29号道路到达吉野市，在一位老爷爷的引导下，大致了解了这座城市随后从老爷爷那里获得跑鞋，按B键可以奔跑在朝30号道路行进时，老爷爷过来将地图功能加入到主角的手表30号道路可获得伤药，路途的房屋里的男子对话可获得ぼんぐりケース柑果盒，此后即可在柑果树上采摘柑果了由于左边道路有两个小孩子在对战，先向右边的小道前行，进入房屋遇见大木博士，随后他身边的男子给予主角ふしぎなタマゴ不可思议的蛋，并从博士那获得神奇宝贝图鉴后离开出门接到空木博士，要求速速返回在返回的途中遭遇红发少年，并向主角发起了挑战！ 回到研究所得知神奇宝贝被盗，POLICE录完笔录后，给犯罪的红发少年起名字。
并将之前获得的不可思议的蛋交给博士 在29号道路路口，与带着玛丽露的副主角相遇，他会细心的教你捕捉神奇宝贝，并且给予5个宝贝球此时原先挡在30号道路的两个男孩已经散开从现在开始每遇到一个训练员，在对战结束后对方都会有一定几率要求登记号码，登记的话今后他则可能拨找主角再次挑战31号道路可获得伤药、宝贝球接下来就是桔梗市，玄关处又遇见副主角，然后获得对战记录器桔梗市左下方的民房内的男子，可用喇叭芽与他交换大岩蛇接下来走过架设在河岸的拱桥来到喇叭芽塔喇叭芽塔内训练师的神奇宝贝主要都是喇叭芽，可获得的道具为麻痹药、命中胶囊、伤药、穿洞绳来到顶层，遇见红发少年，看起来似乎被打败了？QUOTE:喇叭芽塔主持神奇宝贝：Lv7 喇叭芽、Lv7 喇叭芽、Lv10 咕咕胜利奖励：TM70 - 闪光恢复一下体力准备挑战桔梗道馆，该道馆使用的为飞行系神奇宝贝QUOTE:馆主 - 阿速〇神奇宝贝： LV9 波波：撞击+扔沙 LV13 比比鸟：羽休+撞击+起风〇胜利奖励： 飞翼徽章、TM51 - 羽栖离开道馆时接到博士的，要求到旁边的商店找他的助手，与他对话可获得一个神奇宝贝蛋出门与一名舞姬对话后，向左边的36号道路前行，与胖子对话获得HM06 - 碎岩。
由于左边道路被胡说树阻挡，所以先通过未知图腾遗迹来到32号道路路上一位大叔会送给主角奇迹种子，道路上还可获得驱虫剂、TM09、超级球32号道路神奇宝贝中心内的垂钓者那可获得破旧的钓竿进入山洞隧道，1F可获得物攻胶囊、超级球、清醒药，2F可获得TM39、防御胶囊穿过山洞和33号道路，即将到达桧皮镇时，在呆呆兽井处遇见一名大叔与火箭队成员在争执先前往桧皮镇左上方的房屋，与制作宝贝球的达人—钢铁先生对话，说完钢铁先生就冲出了房外去找火箭队的人了此时来到之前被挡住的呆呆兽井，消灭里面的火箭队成员后钢铁先生也赶到了，为了感谢主角拯救了呆呆兽井，钢铁先生答应以后可以为主角用圆柑果制作宝贝球接下来准备挑战桧皮道馆，该道馆使用的为昆虫系神奇宝贝从这个道馆开始就会有相关机关的设置先走左边的蜘蛛机关；然后再从中间直接坐着蜘蛛机关到左边蓝色遥杆处，按下蓝色遥杆再返回最后将红色遥杆按下即可到达馆主那里QUOTE:馆主 - 阿笔〇神奇宝贝： Lv 17 飞天螳螂 蜻蜓返+蓄气+电光石火+瞪眼 Lv 15 铁甲蛹 撞击 Lv 15 铁壳昆 毒针〇胜利奖励： 昆虫徽章、TM89 - 蜻蜓返告别桧皮镇，朝着桐树林进发！不过在那之前还要收拾掉红毛小子。
使用神奇宝贝为：Lv 14 鬼斯、Lv 16 超音蝠、Lv 18 初始精灵进入桐树林遇到一名男孩，他请求主角帮忙找回他的大葱鸭需要捕捉两只大葱鸭，而且必须要绕到它的身后才能抓住！另外要特别说明的是，踩到树林地上的枯枝时会被它觉察，可以利用这个要素引开它的注意具体方法是：前一个葱鸭让它在左下角头朝下，后一个葱鸭让它在右上角头朝右即可找回两只大葱鸭后，有一名男子会给主角HM01 - 砍树砍掉阻挡道路的树继续前行，与一个胖子对话，可以通过他神奇宝贝学会头突的技能，可以用于撞树随后遇见之前的舞姬，对话后离开树林内可获得复活药片、物攻胶囊、PP值回复在走出树林的玄关处，可从带着巴大蝴的少年那获得TM12在34号道路遇见副主角，他热心地为主角介绍养育屋的功能，并把自己的告诉主角出门后养育屋的老爷爷也会将登记给主角经过34号道路，总算到达了在整个城都地区现代气息最为浓厚、最为繁华的满金市了！这也是一座设施最全面的城市，一进入城市左边是神奇宝贝中心，右边则是百货大楼，购物的好去处其次广播台、自行车店、游戏中心、GTS等，都只有此处有哦那么就让我们先逛逛吧我们先来到广播台，右边柜台的女士那可以回答题目，馆主小茜也在。
顺序依次为是(はい)、是(はい)、不是(いいえ)、是(はい)、不是(いいえ)，回答通过后可以让手表获得使用广播的功能随后小茜离开返回道馆接着是自行车店，与店主对话结束即可获得自行车骑上自己心爱的爱车吧！神奇宝贝中心左边可进入地下街，副主角会将装饰盒送给主角地下街里可以获得游戏中心使用的代金盒地下街内柜台的金发美容师可以增加神奇宝贝的好感度这里还有一家新办的照相馆，可以带着自己的神奇宝贝拍一张全家福哦此外，地下街另一端出口旁边的帐篷内的老爷爷，可以为神奇宝贝改名好了，这么大的城市逛得也差不多了，你要是有兴趣也可以去趟游戏中心，里面可以拣TM78接下来该去挑战该城市的道馆了，满金道馆为专用普通系神奇宝贝的道馆这个道馆没什么机关，只要你会绕，就能直接挑战馆主要注意小茜的奶牛罐，着迷+饮奶，处理不好会很麻烦的挑战结束后小茜没给徽章？在馆员的提示下，与小茜再次对话即可QUOTE:馆主 - 小茜〇神奇宝贝： Lv 17 皮皮 摇手指+连环巴掌+鼓掌+模仿 Lv 19 奶牛罐 着迷+滚动+饮奶+践踏〇胜利奖励： 标准徽章、TM45 - 着迷道馆右边的花店，与店主对话可获得杰尼龟喷壶，用于对付胡说树用。
接着离开满金市，向北边的35号道路出发！道路上有许多训练员可以挑战，然后还会有一个大叔邀请主角拍照；35号道路的尽头是自然公园，每当周二、周四、周六，这里就会举办捉虫大会自然公园内可获得安详铃铛、TM28通过自然公园后来到36号道路，现在就可以用喷壶解决那只碍事的胡说树了，对它浇点水就会不舒服哦打败或者捕捉到它之后，旁边的女孩子为感谢主角，将便携式树果培育盒和一些果实交给了主角继续向37号道路走就可以抵达新的目的地，圆朱市在神奇宝贝中心遇见正辉，对话后离开与神奇宝贝中心左边房子里的男子对话，可获得隐藏道具探测器进入神奇宝贝中心上方的舞场，发现一名火箭队正在骚扰先前见过两次的舞姬赶紧上前赶走火箭队的人，此时一位老者将HM03冲浪交给主角之后我们到圆朱市左上方的烧焦塔，在此遇见米那君和馆主小松，他们似乎在此讨论如何解除三圣兽的封印另外这里获得解毒药、HP努力增加药正准备到塔底下看看时，发现红发少年正等待在那里Lv 20 鬼斯、Lv 18 小磁怪、Lv 22 初始精灵、Lv 20 超音蝠 解决红发少年后就可以到塔底了，主角一接近三圣兽便都逃跑，此时雷公和炎帝就可以在城都地区随机遭遇了随后米那君和小松离开。
接下来目标直指圆朱道馆，使用幽灵系的小松圆朱道馆内部漆黑，只有训练师们身边才有蜡烛微弱的光亮，而且地形是没有边缘的，所以行走时一定要小心掉落黑色的迷雾中，一旦掉下去就得重新开始QUOTE:馆主 - 小松〇神奇宝贝： Lv 21 鬼斯 黑眼神+诅咒+舔+怀恨 Lv 21 鬼斯通 催眠术+食梦+噩梦+诅咒 Lv 25 耿鬼 影子球+偷袭+催眠术+黑眼神 Lv 23 鬼斯通 偷袭+夜影+黑眼神+诅咒〇胜利奖励： 鬼魅徽章、TM30 - 影子球差不多该告别圆朱市了，朝着左边的38、39号道路前进吧！路途中可捡特效伤药，路过奶牛罐农场最后到达海岸城市浅葱市刚路过浅葱道馆，就见到红发少年从道馆中走出来，得知馆主去灯塔给神奇宝贝疗伤了另外，神奇宝贝中心上方的房子内可获得中级鱼竿接下来我们去灯塔看看吧电梯虽然可以直接到达顶层，但由于有电子门阻碍所以只能通过灯塔的楼梯进入，里面的训练员使用的神奇宝贝一般水系偏多灯塔可获得TM87、升级糖果、PP值回复、银色驱虫剂、高级伤药到达顶层见到馆主蜜柑，她正陪着电龙对话得知，治疗用的药只能在湛蓝市能获得，而她又抽不开身所以这个任务也自然要我们的主角代劳了。
于是，我们就得通过40、41号水路向湛蓝市进发了到达湛蓝市，这里似乎有新的设施在修建此时水君正在不远处，靠近它后逃跑这时一直追逐着水君的米那君出现，怪主角放跑了水君，随即对战开始使用神奇宝贝：Lv 25 素利普、Lv 27 顽皮蛋、Lv 25 鬼斯通然后来到神奇宝贝中心左边的房屋内，此处可获得治疗电龙的特效药药到手，接下来就是挑战湛蓝道馆的事，格斗为主的道馆一进道馆就见到馆主—阿四正在人工瀑布底下修行，于是需要先到高处将瀑布关闭才能正式挑战QUOTE:馆主 - 阿四〇神奇宝贝： Lv 29 火爆猴：影分身+瞪眼+岩崩+气合拳 Lv 31 快游蛙：催眠术+冲浪+泰山压顶+气合拳〇胜利奖励： 打击徽章、TM01 - 气合拳离开道馆时，门口的大妈会将HM02飞天给主角飞回浅葱市，到灯塔将之前拿到的药给电龙服下电龙恢复健康后，蜜柑便返回道馆好了，我们也该去宝贝中心恢复下体力，准备挑战浅葱道馆了大概是因为主角帮助了电龙吧，该道馆没有设置机关，也没其他训练员对战QUOTE:馆主 - 蜜柑〇神奇宝贝： Lv 30 小磁怪：电磁波+超音波+音速波+十万伏特 Lv 30 小磁怪：电磁波+超音波+音速波+十万伏特 Lv 35 大钢蛇：沙尘暴+钢铁尾巴+落石+噪音〇胜利奖励： 钢铁徽章、TM23 - 钢之尾现在返回圆朱市，朝圆朱右边的42号道路前进，路途上可获得TM65、高级伤药；路。