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1、细菌分类与命名的最新变化卫生部北京医院 陈东科w鉴定细菌首先要了解其所属分类地位。w要对细菌进行致病因子和耐药机制的研究， 了解细菌分类学知识也是必须的。原核生物和细菌的区别w原核生物是指一类无真正细胞核的结构简单的单细胞 生物。长期以来，人们一直认为原核生物只包括细菌 一种类型，但在1977年，Woese发现了一群序列特 异的细菌古菌。古菌在细胞大小、结构和基因组 等方面与细菌相似，但在遗传物质的传递方面反而更 接近于真核生物，因此被认为是生命的第三种形式。 从广义上说，古菌仍属于细菌的范畴，即细菌可泛指 为原核生物。但按照“三域生命学说”的分类方法，地 球上生命被分划分为细菌域（Bacte
2、ria）、古菌域（ Archaea）、真核域（Eukarya）；因此，分类学意 义上的细菌特指细菌域。一、细菌分类学概述w细菌分类学（taxonomy）是指研究细菌分类 （classification）、命名（nomenclature）和 鉴定（identification）的一门科学。它的任务 是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研 究细菌的种类，探索其起源、演化以及与其他 类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发 展的分类系统，并将细菌加以分门别类。 细菌分类的演变w1683年，荷兰科学家虎克发明了显微镜，并最先观察到细菌 。根据显微镜观察的细菌形态，人们最初将细菌分为球菌、 杆菌和螺旋
3、菌三大类。1884年，丹麦细菌学家革兰（ Christian Gram）发明了一种新的染色方法，并根据细菌染 色的着色情况分为革兰阳性菌和革兰阴性菌两大类。细菌的 一些基本生化特征，如对氧气的需求、氧化酶试验、触酶实 验、糖发酵实验等，成为细菌分类的重要依据。但早期的细 菌分类非常混乱，同一种细菌可能存在多个不同的名称或叫 法。美国医生伯杰（Bergey）意识到细菌统一命名的重要意 义，在他的倡导下，美国微生物联合会于1923年出版了伯 杰细菌学鉴定手册，该手册及后来的续版为统一的细菌鉴 定、检索与分类提供了框架。w1976年，美国科学家Woese建立了核糖体RNA编目法，为 生物亲缘关系研究
4、，特别是细菌的进化和分类研究奠定了基 础。Woese的研究，还诞生了一门新的学科，即原核生物系 统学。w尽管以核糖体RNA基因编目法为主要依据的遗传学分类法能 反映菌种之间亲缘关系，但在细菌的自然演化过程，不同的 菌门、菌纲、菌目、菌科、菌属、甚至菌种之间，均不存在 一个明显的基因分类的界线，因此，细菌的遗传学分类仍然 不能抛弃传统的形态学、生理生化和化学特征。目前，细菌 的分类学研究正发展成为把传统的形态学分类、生理生化分 类、化学分类和分子生物学等各种信息综合分析，来确定菌 株的分类地位，即多相分类学。基本概念w1细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照他们的亲缘 关系分门别类，以不同等级
5、编排成系统。细菌分类 包括表型分类法、遗传学分类法和化学分类法。 w2细菌命名在分类基础上，按照细菌命名法规给予每种细菌 一个科学名称。以便在生产和临床实践及科学研究 工作中能相互交流。 w3细菌鉴定鉴定是指确定一个新的分离物是否归属于已经命 名的分类单元的过程。若与已知细菌相同即采用已 知细菌的名称，不同则按命名规则确定一个新名称 。 二、分类单元及其等级w生物分类以1969年魏泰克发表的“五界说”影响较广 ，将生物分为原核生物界、原生生物界、植物界、 动物界和真菌界。1977年沃斯等学者提出“六界说” ，将“五界说”中的原核生物界再分为真细菌界和古 细菌界。1990年沃斯等学者又提出了“三
6、域”系统， 将生物分为细菌域、古菌域和真核域，细菌域对应 真细菌界，古菌域对应古细菌界，而真核域包括原 生生物界、真菌界、植物界和动物界等。w细菌分类的等级，从高到低依次为域（Domain）、门（ Phylum 或 Division ）、纲 (Class) 、目 (Order) 、科 (Fami1y) 、属 (Genus) 、种 (Species) 。w“域”作为细菌分类单元的最高等级。种是最基本的分类单元 ，将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；性状相 近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科 ；依次类推。有时在两个主要分类单元之间，可添加次级的 分类单元，如亚门（Subp
7、hylum）、亚纲（Subclass）、亚 目（Suborder）、亚科（Subfamily）、亚属（Subgenus） 和亚种（Subspecies）等。科与属之间还可添加族（Tribe ）这一分类单位。有些分类单位用的拉丁语字尾比较固定， 如：目-ales、亚目-ineae、科-aceae、亚科-oideae、族- eae和亚族-inae。w上述国际公认的分类单元及其等级外，在细菌分类 中，还常常使用非正式的分类术语，如亚种以下常 用培养物（culture）、型（types）和菌株（strains ）；种以上常用群（group）、组（section）和系 （series）等类群名称。群泛指
8、具有某种共同特性 的一群（组）不同个体，例如用血清反应将链球菌 分为若干群，以菌体抗原特征不同将沙门菌属分为 若干群，DNA-DNA杂交试验中，把具有高度亲缘 性的菌株归为一起称为杂交群等。w亚种（Subspecies）是指某些特性与典型种比较有 明显差别的细菌。变种是亚种的同义词，因易引起 混乱，国际细菌命名法规（the international code of nomenclature of bacteria）已规定变种在命 名法中没有地位，不主张使用。w培养物是指一定时间一定空间内细菌的细胞群或生 长物。如细菌的斜面培养物、肉汤培养物等。如果 某一培养物是由单一细菌细胞繁殖产生的，则称
9、之 为该细菌的纯培养物。w型是指亚种以下的细分，当同种或同亚种不同菌株之间的性 状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。按 区分方法不同，可分为生化反应和某些生物学性状不同的生 物型（biotype）、抗原结构不同的血清型（serotype）、对 细菌素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type）、对噬菌 体敏感性不同的噬菌体型（phage-type）和毒素型（toxin- types）等。w菌株是指同种不同来源的纯培养物。从自然界分离纯化所得 到的纯培养的后代，经过鉴定属于某个种，但由于来自不同 的个体和其他生活环境，他们总会出现一些细微的差异。菌 株常以数目、字母、人
10、名或地名表示。w具有典型特性的菌株称为标准菌株（standard strain）或模 式菌株（typical strain）。三、细菌命名法规1990年修订的国际细菌命名法规是目前国际上公认的 细菌命名法规。 细菌的命名，与其他生物一样，采用“双命名法”，一个细 菌种的科学名称（学名）是由一个属名和一个种名所组成 ，具有拉丁化文字的形式和明确分类等级的两个特点。属 名在前，是名词，首字母大写；种名在后，是形容词，不 论是否为人名或地名均须小写；两者均用斜体表示。通常 以细菌的某种显著特征，以最初发现该菌的地点或以对细 菌工作有巨大贡献的细菌学家或学者的姓氏（或以疾病的 名称）作为细菌的名称。在
11、分类学文献中的细菌学名，往 往还加上最初定名人姓氏和年份（外加括号）、最后定名 人姓氏和最后定名年份，如：Staphylococcus aureus Rosenbach 1884；Escherichia coli (Migula 1895) Castellani and Chalmers 1919。但在一般使用时，这几 个部分总是省略的。w有时泛指某一属细菌而非特指其中的某个细菌，则 可在属名之后加上sp.，如Salmonella sp.，即表示 沙门菌属细菌，sp.代表菌种species，复数用spp. ，不用斜体表示。亚种的名称，则在种名后再加亚 种名（小写），如Klebsiella pn
12、eumoniae subsp. pneumoniae。w细菌学名的中文译名则种名在前，属名放在后，亚 种名缀后。例如，Staphylococcus aureus：金黄色 葡萄球菌；Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae：肺炎克雷伯菌肺炎亚种。w细菌名称的拉丁化的主要规律如下：细菌的种名与属名的词 性必须一致，即拉丁词的词性可分为“阳性”、“阴性”、“中性”三 类，如属名的拉丁词性为阳性、则种名的拉丁词性亦应该为阳 性；当阳性拉丁词性的Blocus limosus要转移到中性拉丁词性 的Leucobacterium属时，那么的种名加词limosus的也要更
13、改 为中性的limosum。以姓名命名的属名，其尾缀通常有两种 形式，一种以“-a”为尾缀，如Escherichia、Burkholderia、 Delftia、Rothia），一种以“-lla”为属缀，如Salmonella、 Klebsiella、Shigella、Moraxella），且以姓名命名属名的拉丁 词性为阴性。以姓名命名的种名，则至少存在三种不同的拉 丁化方式，以与属名的词性相一致。以地名命名的种名加词 ，如已有拉丁化的地名形容词，可直接使用，如 europaeus（ 欧洲）、asiaticus（亚洲）、americanus（美国）、romanus (罗马)、germanicu
14、s（德国）、hispanicus（西班牙）、 mediterraneus（地中海）等，如无拉丁化的地名形容词，则 以其地名的英文名，添加“-ensis”尾缀或“-ense”以进行拉丁化 ，其中阳性和阴性拉丁词性均使用“-ensis”作为尾缀，中性拉 丁词性使用“-ense” 作为尾缀。w命名法规规定，新的细菌名称必须在国际 系统细菌学杂志(International Journal of Systematic Bacteriology，IJSB)发表后，经 过世界公认的国际细菌命名裁定委员会公布 ，菌名批准目录刊登后正式使用。 w凡有关细菌研究的学术论文必须使用正式命 名的细菌学名。 如何对新
15、命名的细菌进行准确的翻译 ？ w新命名的细菌应该根据其拉丁名的词源来进行翻译。目前， LPSN网站（http:/www.bacterio.cict.fr/）按英文字母的排列顺 序，提供了每个菌种的词源信息，可按照词源信息中的英文词 义来进行菌名的翻译，如Staphylococcus capitis，其词源信 息如下为“L. n. caput, head; L. gen. n. capitis, of the head; pertaining to that part of the human body where cutaneous populations of this species ar
16、e usually the largest and most frequent”， 因此，从词源的信息来看，Staphylococcus capitis的正确译名为“头部葡萄球菌”，而非“头状葡萄球菌”。 再比如说Staphylococcus lugdunensis，种名加词lugdunensis 以-ensis为尾缀，是以地名命名的细菌，其含义为“pertaining to Lugdunum, the Latin name of Lyon, a French city where the organism was first isolated”， 因此，Staphylococcus lugdunensis应根据“Lyon”的中文名“里昂”，翻译为“里昂葡萄 球菌”，而不应翻译为音译的“路邓葡萄球菌”。w按照国家出版局的规定，对于涉及外国人名译为汉语时，除 极少数特别著名、沿用已久者外，应尽量使用音译名的全名 ，并省略“氏”字，如Brucella曾翻译为“布鲁氏菌”、“布氏菌” ，现统一翻译为“布鲁菌”； Pasteurella之前曾翻译为“巴氏菌
