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1、Sample fragmentationLibrary preparationSequencing reactionData analysishttp:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525Roche 454 Roche 454 焦磷酸测序焦磷酸测序 Pyrophosphate SequencingPyrophosphate SequencingIllumina Solexa Illumina Solexa 合成测序合成测序 Sequence by SynthesizeSequence by SynthesizeABI SOLiD ABI SOLiD 连接法测序连接法测序 S
2、equence by LigationSequence by Ligation深度深度( (高通量）测序技术简介高通量）测序技术简介http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525Roche 454 焦磷酸测序 Pyrophosphate Sequencing 基本原理http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525Mix DNA Libraryfluor removalODNAHNNOO3O5free 3 endXOHAll 4 labelled nucleotides in 1 reactionhttp:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199
3、5255GTCAGTCAGTCAGT35CAGTCATCACCTAGCGTAFirst base incorporatedCycle 1: Add sequencing reagentsRemove unincorporated basesDetect signalCycle 2-n: Add sequencing reagents and repeat1、每轮测序反应加入四种带有荧光标记的dNTP，末端带有可 以被去除的阻断基团2、每轮反应只能整合一个核苷酸，仪器读取相应的荧光信号3、信号读取结束，用化学方法去除阻断基团，进行下一轮测序 反应123789456T T T T T T T G
4、T T G C T A C G A T The identity of each base of a cluster is read off from sequential images 根据每个点每轮反应读取的荧光信号序列，转换成相 应的DNA序列Base calling from the raw datahttp:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525Solexa 测序 Workflowhttp:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525ABI SOLiD 连接法测序 Sequence by
5、Ligation 基本原理文库制备：微珠单分子克隆http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:1101995251024种8碱基探针 4色荧光，4种双核苷酸，每色荧光有256个探针(46)SOLiD 利用探针的连接反应读取模板的DNA序列http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525每个探针进行检测的两个碱基后面有三个匹配碱基，因此一条测序引物读取的序列是不完整的测序引物与adapter退火探针连接，检测荧光切除荧光基团第二轮探针连接，检测荧光切除荧光基团连接法测序 （二）测序引物沿着Adapter移动5
6、次，确保每个位点都被检测http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525连接法测序 （三）0位置是Adapter的最后一个碱基，因此只检测一次， 该碱基是进行解码所必须的。http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525454 sequencing读取长度大，400bp可以对未知基因组进行从头测序de novo sequencing当遇到polymer时，如AAAAAA等，荧光强度和碱基个数不成线性关系，判定重 复碱基个数有困难Solexa sequencing高度自动化的系统读取片段多，适合进行大量小片段的测序，如microRNA profiling基于可
7、逆反应，随反应轮数增加，效率降低，信号衰减，读取序列较短，给de novo sequencing 拼接带来困难SOLiD sequencing每个碱基读取两次非常高的准确性，特别是对于SNP的检测灵活的系统，完善的磁珠编码系统，可以进行样品的pooling，分割测序区域读取长度受连接反应的轮数限制，给de novo sequencing 拼接带来困难http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525De novo 测序基因深度测序（genome re-sequencing）转录组深度测序（transcriptome re-sequencing）Digital expressio
8、n profilingChIP-seqMethy-seqhttp:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525Transcriptome resequencing：malignant pleural mesotheliomas (MPMs) ：恶性胸膜间皮瘤 pulmonary adenocarcinoma (ADCA)：肺腺癌http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525Transcriptome characteristicsSolid line： at least one read Dashed line：at least 20 readsExpressi
9、on difference between MPM and ADCA sample compare to a lung tissue controlAnalysis of percent- age of reads containing known coding region SNVs in the six tissue samples.SNV： Single Nucleotide Substitution Varianthttp:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525Digital expression pr
10、ofiling 52(1):7-16 DNA sequencing technologies. Sci China C Life Sci. 2009 ;52(1):7-16 高通量测序技术虽然建立的时间不长高通量测序技术虽然建立的时间不长, , 但是在基因组的各个研究领域都显示但是在基因组的各个研究领域都显示 出其非凡的魅力出其非凡的魅力, , 而且日益显示出其对基因芯片而且日益显示出其对基因芯片“ “取而代之取而代之” ”的咄咄态势。的咄咄态势。 那么那么, , 基因芯片向何处去呢？基因芯片向何处去呢？ 1. 1.基因芯片技术经过近基因芯片技术经过近1515年的发展已经形成了一个系统的平台。
11、年的发展已经形成了一个系统的平台。 深度深度 测序要建立这样的一个体系同样需要若干年的完善。测序要建立这样的一个体系同样需要若干年的完善。 2.2.芯片杂交结果直观芯片杂交结果直观, , 分析快速分析快速, , 适合对大量生物学样适合对大量生物学样, ,品进行已知信品进行已知信 息的检测息的检测, , 同时芯片数据分析有成熟完整的理论同时芯片数据分析有成熟完整的理论, , 为后期数据分析提为后期数据分析提 供强大的支持。供强大的支持。 3.3.基因芯片的缺点基因芯片的缺点, , 就在于它是一个就在于它是一个“ “封闭系统封闭系统” ”, , 它只能检测人们已知它只能检测人们已知 序列的特征序列的特征( (或有限的变异或有限的变异) )。 4.4.而深度测序的强项而深度测序的强项, , 就在于它是一个就在于它是一个“ “开放系统开放系统” ”, , 它的发现能力和寻它的发现能力和寻 找新的信息的能力找新的信息的能力, , 从本质上高于芯片技术。从本质上高于芯片技术。 在一定程度上，这两种技术是优势互补，联合在一定程度上，这两种技术是优势互补，联合 使用，将加快和加深我们的研究。使用，将加快和加深我们的研究。http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525http:/绿宇生物科技 专业建库 测序 QQ:110199525
