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1、外显子外显子&目标区域测序目标区域测序外显子&目标区域测序是指利用特制的探针对客户感兴趣的蛋白编码区域 DNA 或某段特定序列进行捕获，富集后进行高通量测序的基因组分析方法。该方法能够获得指定外显子&目标区域的遗传信息，极大的提高了基因组中外显子区域的研究效率，显著降低了研究成本。主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区域内的结构变异。结合大量的公共数据库提供的外显子数据，有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。 摘自华大科技（摘自华大科技（BGI.Tech）官方网站）官方网站: http:/ 产产品品优优势势 研研究究内内容容 研研究究案案例例 技技术术流流程程 技技术术参参
2、数数产产品品优优势势 :高性价比：较低价格得到全部外显子的基因信息；高覆盖度：测序区域仅仅几十 M，可以增加测序深度至 50X 以上；高信息密度：只针对编码区域进行测序，更大可能发现引起功能改变的突变；研研究究内内容容 :一、标准信息分析标准信息分析 1. 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理；2. 测序评估（数据比对统计，测序饱和度分析，测序随机性的统计分析，Reads 在参考基因上的分布分析）；3. SNP 检测，注释和统计。二、二、 高级信息分析高级信息分析1. InDel 检测，注释和统计2. 癌症高级信息分析3. 复杂疾病高级信息分析目目标标区区域域测测序序案
3、案例例分分享享 Nelson MR, Wegmann D, Ehm MG, et al. Science. 2012.案例描述案例描述稀有基因变异可增加复杂疾病的风险，然而人类群体中稀有基因变异的丰度仍不清楚。研究者对 14,002 个人类个体的 202 个药物靶点编码基因进行测序，以研究这些基因变化的范围。部分研究成果部分研究成果研究发现稀有遗传变异的丰度为每 17 个碱基出现一个，且呈地域局限性（如下图）。因此，即便进行大样本量调查，对稀有变异的统计也未能完全。通过对已观察到的基因变异模式进行建模，估算这些变异在人群中的增长参数，并统计有害基因变异的频率分布比例及基因突变率，认为由于快速的
4、人口增长和较弱的纯化选择，人类群体目前具有大量的稀有基因变异；而这其中相当一部分都是有害的，与已知疾病的风险存在相关性。 外外显显子子测测序序案案例例分分享享 Nat Genet. 2010, 42(11): 969-972.案例描述案例描述通过对 200 个丹麦人进行外显子测序，得到大量突变；通过在群体中进行分析，认为大量变异属于低频。部分研究成果部分研究成果采用外显子捕获芯片对 200 个丹麦人进行外显子捕获测序；平均测序深度 12X，测序策略 PE91，最终得到的 SNP 用基于群体的数据进行分析，结果显示约 2%4%的变异属于低频突变。文章表明影响健康的大多数遗传因素是低频基因变异造成
5、的，而之前这些低频基因变异往往被研究人员忽视，新一代测序将有助于低频突变的有效检测。上图显示的是同义突变、非同义突变和中性突变之间的点频率谱比较。BGI 分析的数据结果显示，同义突变的 SNP 比例与无进化选择压力的中性突变的数据结果相邻；与此相对的，同时非同义突变占了相比更大的比例，说明了承受了巨大的进化压力，同时也可能是不利突变。参考文献参考文献1 Li Y, Vinckenbosch N, Tian G, et al. Resequencing of 200 human exomes identifies an excess of low-frequency non-synonymous
6、 coding variants. Nat Genet. 2010, 42(11): 969-972.2 Nelson MR, Wegmann D, Ehm MG, et al. An Abundance of Rare Functional Variants in 202 Drug Target Genes Sequenced in 14,002 People. Science. 2012.技技术术流流程程 : 技技术术参参数数一、样本要求一、样本要求总量： 6 g DNA；浓度： 50 ng/L；纯度：OD260/280=1.8-2.0。二、测序策略：二、测序策略：90 PE 或 100 PE三、推荐数据量：三、推荐数据量：外显子测序深度 50X四、项目执行周期：四、项目执行周期：A. 按标准流程（不包括高级信息分析），100 个样本，平均深度 50X 的外显子测序项目，运转周期约为 40 个工作日；B. 按标准流程（不包括高级信息分析），1000 个样本（目标区域大小 1Mb），运转周期约为 140 个工作日（含芯片定制及预实验时间）。五、项目合格指标：五、项目合格指标：有效平均测序深度不低于合同的规定。
