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1、上海交通大学硕士学位论文利用微卫星标记分析双峰驼进化和遗传多样性姓名：高宏巍申请学位级别：硕士专业：动物遗传育种与繁殖指导教师：孟和20081201利用微卫星标记分析双峰驼进化和遗传多样性 摘 要 利用微卫星标记分析双峰驼进化和遗传多样性 摘 要 双峰驼是一个古老的物种，也是荒漠戈壁地区人民重要的生活和生产资料。由于自然和社会因素的变化和影响，目前家养双峰驼数量急剧下降，尤其是野生双峰驼濒于灭绝的境地。虽然这种情况引起了世界范围的关注，中国、蒙古等一些双峰驼数量较多的国家也采取了一些相应保护措施， 但对双峰驼遗传基础和进化规律等方面的研究，才是对其保护、利用和发展的基础与关键。 本实验首次针对
2、双峰驼基因组16个微卫星位点，对中国6个地区和蒙古国7个地区254峰双峰驼基因组DNA样品（含5峰蒙古野生双峰驼）进行了微卫星标记检测和分析。分析结果显示，家养双峰驼杂合度普遍较高，所有群体平均观察杂合度和Nei期望杂合度分别为0.6066和0.6119； 16个微卫星位点有较高有效等位基因数和多态信息含量，分别为3.5509、0.5415，可有效用于双峰驼遗传结构和进化分析；F统计量和遗传分化系数分析显示各家养双峰驼群体间遗传分化程度不大；代表整个骆驼群体近交倾向的FIT值（0.1098）偏高，表明骆驼群体有近交现象；遗传距离、聚类分析、基因流、因子相关性分析等结果显示，中国和蒙古国各地区间
3、家养双峰驼间遗传分歧并不显著。但值得注意的是，野双峰驼和家养双峰驼表现出明显的遗传分歧，暗示现存野双峰不是家养双峰驼直接祖先，更不是从家养双峰驼跑到野外的分支。 利用内氏标准遗传距离估算家养双峰驼和野双峰驼分歧时间为322,933年左右，基本符合考古学研究结果。 本研究采用的是第二代分子标记技术(微卫星)，在细胞核基因组层面检测和分析了中国和蒙古国不同地区双峰驼的遗传多样性和可能的进化关系， 这将对双峰驼的了解、保护和合理利用起到重要参考和指导作用。 关键词:双峰驼,微卫星,进化,遗传多样性 Analysis on the Genetic Diversity and Evolution in
4、the Camelus Bactrianus Using SSR Markers ABSTRACT Camelus Bactrianus is an ancient species, and they are important means of livelihood and production materials for people living in gobi desert. The number of Camelus Bactrianus decreased seriously because of the change and influence of society and en
5、vironment. And especially the Camelus Ferus is endangered now. This situation has caused the worldwide concern. China and Mongolia have adopted corresponding protection progrems. But there are only a few studies of genetics about Camelus Bactrianu, which are the important basis of protection, utiliz
6、ation and development of Camelus Bactrianu. Using data from 16 microsatellites genotyping, we studied on 254 Camelus Bactrianu camels in six regions of China, seven regions of Mongolia, including five Camelus Ferus camels in the altay gobi nature reserve of Mongolia for the first time. The results s
7、howed that there were high observed heterozygosity and Neis expected heterozygosity in the Camelus Bactrianus, the average values were 0.6066 and 0.6199, respectively. The high effective number of allele(3.5509) and polymorphic information content value(0.5415) indicated these microsatellite loci we
8、re available for analysis of genetic structure and evolution in the Camelus Bactrianus. The coefficient of gene differentiation and F-statistics showed there was no significant difference among the populations of domestic Camelus Bactrianu. The genetic distances, AMOVA, FAC and correlation cluster a
9、nalysis showed that there was no significant genetic divergence between populations of China and Mongolia. But, there was significant genetic divergence between Camelus Bactrianus and Camelus Ferus. This result demonstrated that the Camelus Ferus maight be neither direct ancestor of Camelus Bactrian
10、us, nor a branch of domestic Camelus Bactrianus. The molecular clock demonstrated that the divergence time was about 322,933 yrs ago between Camelus Bactrianus and Camelus Ferus based on Neis standard genetic distance. In this study, we developed some new knowledge about the genetic diversity and ev
11、olutionary relationships between the Camelus Bactrianus populations of China and Mongolia by the molecular maker of second generation (microsatellite). It is believable that this will play an important role in understanding, protection and reasonable utilization of Camelus Bactrianus. Keywords: Came
12、lus Bactrianus; microsatellite; evolution; genetic diversity 学位论文原创性声明 学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。 学位论文作者签名：高宏巍 日期：2008 年 12 月 25 日 上海交通大学 学位论文版权使用授权书 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保
13、留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权上海交通大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。 学位论文作者签名：高宏巍 指导教师签名：孟和 日期：2008 年 12 月 25 日 日期：2008 年 12 月 25 日 1 第一章第一章 绪论绪论 1.1 双峰驼基本情况双峰驼基本情况 骆 驼 属 于 哺 乳 动 物 偶 蹄 目 (Artiodactyla) 、 胼 足 亚 目 (Tylopoda) 、 骆 驼 科(Camelidae)。骆驼分为 2
14、个属，即 Camelus 和 Lama，其中 Camelus 有 2 个种，即单峰驼(Camelus Dromedaries，Dromedary camel，One-humped camel，也称阿拉伯驼)和双峰驼(Camelus Bactrianus，Bactrian camel，Two-humped camel)。 目前世界上约有 1800 万峰骆驼，其中 1600 万峰为单峰驼，200 万峰为双峰驼。单峰驼主要分布于北非、东非、南亚大陆及阿拉伯半岛的沙漠或干旱地区，而双峰驼大部分分布在亚洲中部、东部及周边较为凉爽的地区，如蒙古国、中国、哈萨克斯坦、印度北部及俄罗斯。驯养的双峰驼主要分布在
15、中亚的一些国家，如土库曼斯坦、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、巴基斯坦北部和印度的荒漠草原，向东延伸到俄罗斯的南部、中国的西北部、蒙古的西部1。 图1-1 世界双峰驼分布图 Figure 1-1 Distribution of Bactrian camels in the world 2 中国和蒙古国是双峰骆驼主要分布区。目前中国约有骆驼 20.5 万峰左右，主要分布在内蒙古、新疆、青海、甘肃、宁夏等省区约 110 万平方公里的干旱荒漠草原上。内蒙古双峰驼数量约占全国总数的 68%，新疆约占全国总数的 20%左右。双峰骆驼在内蒙古主要分布在阿拉善盟、巴彦淖尔市、锡林郭勒盟。新疆维吾尔族自治区的双峰驼
16、，分布最广，几乎全区各县、市都有一定的数量。从分布的生态地理规律看，则是由草原带向荒漠带过渡；荒漠化程度越高，其数量也就越多，即从内蒙古自治区的东部向西部，骆驼的数量逐渐增加，直到阿拉善左旗、阿拉善右旗，额济纳旗等草原荒漠化程度较高地带，骆驼数量最集中2,3。 中国有阿拉善双峰骆驼、苏尼特双峰骆驼和新疆双峰骆驼三个品种。阿拉善驼，主要分布在内蒙古阿拉善盟及其邻近地区。苏尼特驼，主要分布在内蒙古的锡林郭勒盟，乌兰察布盟及其邻近地区，但以苏尼特左旗、苏尼特右旗、四子王旗和二连浩特市为产区中心。从锡盟西部和乌盟北部的草场来说，主要是干旱草原和半荒漠草原。从西北到东南走向的小腾格里沙带，也都是固定和半固定沙丘，草生条件一般较好，又由于使役较轻，所以骆驼体型一般较大。新疆骆驼在新疆维吾尔族自治区的分布很广，在各县市都有。新疆土地辽阔，沙漠和戈壁所占面积很大，交通不便。历史上对外联系的主要交通工具就是骆驼。在频繁交往中难免混入外来血统，因此造成各地新疆驼的体型结构和个体大小不太一致。 蒙古国目前
