3种方法提取外周血DNA比较分析

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1、实 用医学 杂志 2 0 1 3年第 2 9卷第 2 3期 i n A u s t r a l i a J N e p h r o l D i a l T r a n s p l a n t ,1 9 9 8 , 1 3 ( 1 ) :1 5 4 1 5 9 6 傅鹏, 董燕, 袁伟杰, 等 腹膜透析患者退出原因分析及处理 J 中国血液净化 , 2 0 0 2 , 1 ( 4 ) : 1 4 1 6 7 P i r a i n o B, B a i l l e G R ,B e ma r d i n i J ,e t a 1 P e r i t o n e a l d i a l y s i

2、s r e l a t e d i n f e c t i o n s r e c o m m e n d a t i o n s : 2 0 0 5 u p d m e J P e r i t D i a l I n t ,2 0 0 5, 2 5 ( 2 ) : 1 0 7 - 1 3 1 8 刘鸿 , 余理智 , 戴光明 腹膜透析腹膜炎致病菌的耐药性分 析 J 中华医院感染学杂志, 2 0 0 3 , 1 3 ( 3 ) : 2 8 0 2 8 1 9 解晓珍, 潘绍武 , 孔繁浩 , 等1 6 6 2份腹膜透析液检出的菌 谱及其耐药状况 J 中华医院感染学杂志 ,1 9 9 6 , 6

3、 ( 4 ) : 2 4 9-2 5 0 1 0 朱红军, 柯永坚 , 黄江玲, 等 离心法腹膜透析液的培养及其 病原菌分析 J 实用医学杂志, 2 0 1 1 , 2 7 ( 6 ) : 1 0 8 6 1 0 8 7 1 1 陈芳 , 董骏武 , 熊飞 培养阴性腹膜透析相关性腹膜炎的预 后探讨 J 中国中西医结合肾病杂志, 2 0 1 1 , 1 2 ( 6 ) : 5 1 9 3 93 3 5 21 1 2 朱伟平 , 崔彤霞, 徐庆东, 等 腹膜透析相关性腹膜炎的菌谱 及其药敏分析 J 中国血液净化, 2 0 1 1 , 1 0 ( 7 ) : 3 5 7 3 5 9 1 3 文锐,

4、宁建平 腹膜透析相关感染性腹膜炎病原菌及耐药性 分析 J 肾脏病与透析肾移植杂志, 2 0 0 9 , 1 8 ( 6 ) : 5 3 3 5 3 6 1 4 吕鹏 腹膜透析相关腹膜炎致病菌及耐药性分析( 附 6 5例 报告) J 中国现代药物应用, 2 0 1 2 , 6 ( 1 ) : 8 2 8 3 1 5 李靖, 肖琼, 韩志武 , 等 腹膜透析相关性腹膜炎发病因素及 耐药特征分析 J 西南国防医药, 2 0 1 2 , 2 2 ( 4 ) : 3 7 8 3 8 0 1 6 黄承国 腹膜透析相关性腹膜炎临床分析 J 中国实用医 药 , 2 0 1 0 , 5 ( 2 4 ) : 1

5、0 7 1 0 8 1 7 唐勇 , 胡庆 腹膜透析相关性腹膜炎治疗体会 J 华西医 学 ,2 0 0 9, 2 4 ( 7 ) : 1 7 5 5 1 7 5 6 1 8 王秀芬, 甘红兵, 汪涛 腹膜透析相关性腹膜炎的临床分析 J 医师进修杂志 , 2 0 0 3 , 2 6 ( 1 2 ) : 1 7 1 8 ( 收稿 : 2 0 1 3 0 6 2 4 编辑 : 王耀东 ) 3种方法提取外周血 D N A比较分析 范俊 丽 郑芳付 小曼 彭春 艳李聪 摘要 目的 : 比较 P K法、 K A c法和 N a I 法提取外周血 D N A的差异 帮助临床研究选择更合适的 D N A 提取

6、方法。方法: 分别用 3种方法提取外周血 D N A, 比较各方法时耗、 花 费、 标本量及提取 D N A的浓度、 纯 度等 因素 , 方法间差异采用非参数检验( 秩和检验) 。结果: P K法和 K A c 法获得 D N A浓度无统计学差异 , 纯 度上 P K法更好 。 但 K A c法耗 时更短 , 且成本 更低 , 更 安全 ; N a I 法提取 D N A纯度 不 高, 但耗 时最短 , 也 可 小 样本提取 D N A。结论 : 从安全性、 耗时、 标本量及提取质量等方面比较 , K A c法是较好的 D N A提取方法; N a I 法可用于快速提 取 关键 词P K法 ;

7、 K Ac法 : Na I法; D N A D N A 是一类带有遗传信息的生物大分子 , 普 遍存在于各种细胞中。这些遗传信息不断从亲代 遗传到子代 , 决定子代的遗传性状。因为 D N A的 这一特性 ,对 D N A的研究广泛应用于各个领域 , 包括疾病发生机制 、 诊断和治疗 , 新基 因的分离 , 活性多肽、 蛋白质和疫苗的生产等。随着技术的成 熟 对于 D N A的研究也到越来越深人 。快速、 经 济地从外周血或组织 中提取高产量 、高纯度的 D N A, 对于疾病的分子水平研究非常重要 。本研究 主要是 对 于实 验 室常用 的 3种 方 法 : P K法 、 K A c 法 和

8、 N a I 法提取外周血 D N A进 行 比较 , 旨在 帮助 不同实验选择最合适的D N A提取方法。 1材料 与方法 1 1 样本选择选取新鲜 E D T A N a抗凝静脉血 1 0份, 每份约 5 m L 。每份血分别用 3 种方法各提 d o i : 1 0 3 9 6 9 j i s s n 1 0 0 6 5 7 2 5 2 0 1 3 2 3 0 5 5 作者单位: 武汉大学中南医院检验科 通信作者: 郑芳E - m a i l : z h e n g f a n g w h u e d u a n 取 2份 D N A样本。最终获得 6 0份 D N A样本。 1 2 试

9、 剂 1 红 细胞 裂 解液 : 1 细 胞 核裂 解液 ( p H 8 2 2 m o l L T r is H C I , 0 5 m L ; 4 m o l L N a C 1 , 1 0 0 m L ; 2 m m o l L E D T A, 0 4 m L ; 加 d H 2 O至 1 0 0 m L) ; 1 0 S D S; 2 0 m g mL蛋 白酶 K; 饱 和酚 ; 酚 氯仿 ( 1: 1 V V) ; 7 0 乙醇 ; 1 细胞核裂解液 ( 1 0 S D S , 5 0 ml ; 5 M N a C 1 , 2 0 mL ; 0 5 m mo l L E D T A

10、, 0 2 mL ; p H 8 2 1 m o l L T r i s H C 1 , 5 0 mL ; 加 d H 2 O至 1 0 0 m L ) ; P P S醋酸钾缓冲液( K A c , 2 9 4 4 2 g ; 冰醋酸 , 1 1 5 m L; 加 d H 2 0至 1 0 0 mL ) ; 纯异丙醇 ; 3 7 异丙醇; 6 m o l L N a I 溶液等。 1 3 D N A提取 1 3 1 P K法提取 D N A 2 - 3 取 1 m L新 鲜 E D T A N a 抗凝血于 1 0 m L离心管中, 加 3 倍体积的 1 红 细胞裂解液, 混匀 , 冰上静置

11、3 0 m i n , 每 l 0分钟摇 匀 1 次。 直至溶液变透明。4 C 1 0 0 0 0 r m i m离心 1 0 m i n 小心去上清液。 沉淀中加 3 4 m L l x 细胞核 裂解液 用枪头打匀 2 O次混匀 , 然后加 3 4 0 lx L 1 0 S D S , 摇匀 , 至出现黏稠透明状。加 4 0 L 2 0 mg mL蛋 白酶 K( P K ) , 摇匀。 3 7消化 6 h以上或过 夜。加等体积饱和酚, 轻摇混匀, 室温 1 0 0 0 0 r m i n 离心 1 0 m i n 。 小心移上清至另一离心管 , 加等体积 酚 氯仿 异戊醇( 2 5: 2 4

12、: 1 V V V ) 混匀 , 室温 1 0 0 0 0 r m i m离心 1 0 m in 。小心移上清 , 若上清不 清亮透明, 则用等体积氯仿再抽提一次。 将上清移 人另一离心管中, 加二倍体积无水乙醇, 摇匀 , 见 白色絮状 D N A 。离心去上清后 , 7 0 乙醇洗涤( 即 加人 1 mL 7 0 乙醇 1 2 0 0 0 r m i m离心 1 0 m i n ) 二 次, 室温干燥 5 m i m, 再将 D N A溶于 3 0 1 x T E 中, 4溶解过夜保存。 1 3 2 K A c法提取 D N A - 6 取 1 mL新鲜 E D T A N a 抗凝血于

13、1 0 m L E p 管中 加 3 倍体积的 1 红细 胞裂解 液 , 混匀 , 冰上静置 3 0 mi n , 每 1 0分钟摇 匀 1 次 , 直至溶液变透明。 4 c C 1 0 0 0 0 r m i n离心 1 0 mi n , 小心去上清液。沉淀中加 1 m L l x 细胞核裂解液, 用枪头打匀 2 O 次混匀 , 5 4 6 0。 【= 放置 1 2 h 。将 裂解好 的溶液置 于 4 冰箱预冷 1 0 m i n , 按 3: 1 的比例加入 P P S ( 醋酸钾缓冲液) , 即 3 3 5 L , 4 1 0 0 0 0 r m i n离心 1 5 m i n , 如有

14、少量 的蛋 白质还没 有沉淀下来 , 转移到新 E p管, 重复离心 1 次。 将上 清转移至新的 E p管, 按 1 : 1比例加入纯异丙醇 , 上下颠倒 l 02 0次直至能看见絮状核酸沉淀 : 1 0 0 0 0 r m i n 离心 1 0 m i n 。 去掉上清液, 7 0 乙醇洗涤 ( 即加人 1 m L 7 0 乙醇 1 2 0 0 0 r m i n离心 1 0 ra i n ) 2次, 室温干燥 5 m i n , 再将 D N A溶于 3 O此 l x T E 中 , 4溶解过夜保存 。 1 _ 3 - 3 N a I 法提取 D N A 取 1 0 0 t x L新鲜 E D T A N a抗 凝 血 置 E p管 中 , 加 d d H O 2 0 0 L, 摇 匀 约 2 0 s 。 加 6 m o l L N a I 2 0 0 I L L , 缓慢倒置摇匀约 2 0 S 。 于管内加氯仿 异戊醇( 2 4: 1 ) 4 0 0 tx L , 摇匀约 2 0 S , 1 2 0 0 0 r mi n离心 1 2 mi n 。 吸取上层水相约 3 6 0 L 置一新 E p 管中, 加纯异丙醇 2 0 0 Ix L , 摇匀约 2 0 s 。 室温

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