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1、2001年，C. Djian-Caporalino L. Pijarowski A. Fazari M. Samson L. Gaveau C. OByrne V. Lefebvre C. Caranta A. Palloix P. Abad发表文章 High-resolution genetic mapping of the pepper (Capsicum annuum L.)resistance loci Me3 and Me4 conferring heat-stable resistance to root-knot nematodes (Meloidogyne spp.)采用从C.
2、 annuum F1 代得到的双单倍体(DH) 群体构建了两张种内图谱，主要采用 AFLP 和 RAPD标记。图谱长度1,582 cM ，共 227 标记，18个连锁群，覆盖了 67%的辣椒基因。本研究采用的材料是C. annuum parents Yolo Wonder(YW) and PM687。抗性品系PM687来源于印度，从PI322719群体中获得，YW是一个感病品种， Me3和Me4都是抗根结线虫基因。PM687 和YW杂交F1代有103个单双倍体（DH）,163株F2 代个体，Perennial, another inbred line of C. annuum (see Tab
3、le 1)used to generate the DH200 pepper map，另外一个亲本。采用RAPD 和AFLP标记，分析产生了与Me3 连锁的8个相斥性标记和4个相引性标记。在基因两边最近的距离是0.5,1.0,1.5和3cm，Me4与Me3 相距100cm,Me3最近的基因名为Q04-0.3，距RAPD 标记10.1cm, 名为CT135d的距RFLP标记2.7cm.。Me4 maps 104 cM from Me3， The most-tightly linked AFLP markers we have identified so far are separated fro
4、m Me3 by 0.5 cM on one side and 3 cM on the other side。2006年Yasuhiro Minamiyama Masato Tsuro Masashi Hirai发表文章，An SSR-based linkage map of Capsicum annuum，利用SSR标记。亲本为Manganji微辣，长圆锥型果实，另一个亲本为Tongari 无辣，长块状型，种内杂交后代共117株，构建一张C. annuum图谱，种间双单倍体群体，包含9个已报道过的SSR，AFLP,CAPS,和RAPD和果实辛辣性状的标记。这个图谱包含374 个标记，含106
5、个新型 SSR，13个连锁群，共1042cm,，每个位点平均等位基因有2.9个，平均PIC值（多态信息含量）为0.46.覆盖了Capsicum annuum大部分的基因。本研究分析了114个SSR 位点， 288个AFLP标记，60个RAPD标记，一个CAPS标记，长度1042.2cm,13个连锁群，LOD值为6.5，标记之间的平均距离是 2.8cm,x辛辣性状位点c与SSR标记CAMS327连锁，位于LG13 上。2000年，A. Ben Chaim R.C. Grube M. Lapidot M. Jahn I. Paran发表文章Identification of quantitativ
6、e trait loci associated with resistance to cucumber mosaic virus in Capsicum annuum本研究中，亲本为自交甜铃型Capsicum annnum Maor,，感病品种，和自交辛辣小果型印度抗病品种C. annuum var. Perennial ，种内自交获得180株F3 群体，采用RFLP,AFLP,RAPD分子标记技术构建图谱，检测到4个抗CMV的QTL,，主要OTL是cmw11.1,与抗烟草花叶病毒的L基因相连，解释了表型变异的25-46%。其余三个QTL分别是cmv4.1,cmv6.1,cmv13.1.200
7、4年，L. H. Wang . B. X. Zhang . V. Lefebvre . S.W. Huang . A. M. Daubze . A. Palloix发表文章QTL analysis of fertility restoration in cytoplasmic male sterile pepper-辣椒的细胞质雄性不育的育性恢复的QTL检测。本研究采用亲本为测交后代77013A（严格的细胞质雄性不育系），和双单倍体群体114型，此亲本来源于Yolo wonder（不良保持系）和 Perennial（育性恢复系）。育性恢复的主要QTL位于染色体6上，解释恩了2069%的表型变异
8、，4个副效QTL分别位于染色体P5，P2，连锁群PY3，PY1.解释了717%的表型变异。得到的图谱包括了630个分子标记，50个RFLP,46个AFLP,27个RAPD,38个已知基因，和2个表性基因。22个连锁群，覆盖长度为1770cm,平均距离为11.8cm(9.0).本研究是第一个在辣椒中研究细胞质雄性不育系育性恢复的QTL研究。2003年，V. Lefebvre A.-M. Daub_ze J. Rouppe van der Voort J. Peleman M. Bardin A. Palloix等人发表文章QTLs for resistance to powdery mildew
9、 in pepper under natural and artificial infections在自然和人工条件下辣椒抗白粉病的QTL研究本研究是第一个研究辣椒白粉病的亲本 H3-辛辣小果型C. annuum 自交系，抗白粉病品种。Vania是铃型自交系感病品种。杂交得到 F1 代杂合体。F1代杂合体形成101株双单倍体群体(HV population),得到的图谱包括553个分子标记，最小LOD值为5.0，最大重组分数是 0.3.共有134个标记进入谱图，包含一个形态标记，32个RFLP ，27个RAPD,和74个AFLP 标记。图谱长度1513cm,20个连锁群，标记之间的距离为12.
10、9cm.。检测到5个QTL，分别位于染色体P5, P6, P9, P10 and P12。上位效应检测到额外两个QTL，位于P2和未分配连锁群HV1 上，染色体6上的QTL区域最多，解释了26%的表型变异。2001年，C. Caranta S. Pflieger V. Lefebvre A.M. Daubze A. Thabuis A. Palloix等人发表文章QTLs involved in the restriction of cucumber mosaic virus (CMV) long-distance movement in pepper本研究采用亲本为 Vania，CMV 抗性
11、基因，铃型自交系，另一亲本为 H3，杂交得到 F1 代，花粉在体外培养得到双单倍体（101DH 系），采用两种方法。一种是在植株叶片上接种普通 CMV,另一种是在籽苗上接种非典型性 CMV.本研究得到 184 个标记图谱，包含 93AFLP,51RFLP,38RAPD,和两个形态学标记。20 个连锁群，共有 1600cm,检测到 7 个染色体区段，包含一个主效 QTL 和几个副效 QTL,主效QTL 是 cm12.1,解释了 4563.6%的表型变异。副效基因为 cm11.2,cm11.1,cm5.1.2003年，J. M. Lee S. H. Nahm Y. M. Kim B. D. Kim
12、发表文章，Characterization and molecular genetic mappingof microsatellite loci in pepper 辣椒微卫星基因座的特性和分子遗传图谱annuum cv TF68 与 C. chinense cv Habanero 种间杂交，得到 107 株 F2 代植株，采用 SSR和 RFLP 标记，得到 46 个 SSR 和 287 个 RFLP,图谱长度为 1761.5cm，标记间的平均距离为 5.3cm.2000年，B.C. Kang S.H. Nahm J.H. Huh H.S. Yoo J.W. Yu M.H. Lee B.-
13、D. Kim Theor Appl Genet (2001) 102:531539 发表文章An interspecific (Capsicum annuum C. chinese) F2 linkage map in pepper using RFLP and AFLP markers本研究构建辣椒图谱，经 TF68 (C. annuum) 和Habanero (C. chinense) 种间杂交后代F2群体107株植株，150个RFLP,430个 AFLP标记。得到11个大的连锁群(20660.3 cM) 和 5 个小连锁群 (32.610.3 cM) 。总长度为 1320cm，标记间的平
14、均距离为7.5cm.。2010年 ，Jundae Lee1, Jee-Hwa Hong2, Jae Wahng Do1, Jae Bok Yoon1发表文章Identification of QTLs for Resistance to Anthracnose to Two Colletotrichum Species in Pepper辣椒两个炭蛆菌品种的炭蛆病抗性QTL分析本研究的抗性亲本 Capsicum baccatum PBC81，易感亲本和轮回亲本是 C. annuum SP26 (Matikas)，270 株种间杂交 BC1F1 代与SP26 回交获得 87 株 BC1F2 代群
15、体。两个碳蛆菌为 C. acutatum and C. capsici,构建图谱及进行 QTL 定位研究。得到 218 个分子标记，包括 197 个 AFLP 和 21 个 SSR 进入图谱，覆盖长度为 325cm,13 个连锁群。标记之间的平均距离为 1.49cm.QTL检测结果。抗C. acutatum 有 3个QTL，抗capsici有四个QTL。副效 QTL CcR12.2 和主效 QTL CaR12.2 处于同一位置, 副效 QTL CaR9 和主效QTL CcR9 也处于同一位置。对 C. acutatum 碳蛆菌检测到个主要 QTL，CaR12.2 和 CaR12.1， 对 C.
16、 capsici 检测到一个主效 QTL，CcR9，2011年，Arnon Brand Yelena Borovsky Sagit Meir Ilana Rogachev Asaph Aharoni Ilan Paran发表文章pc8.1 , a major QTL for pigment content in pepper fruit,is associated with variation in plastid compartment size本研究亲本材料为暗绿色辣椒亲本自交系 C. annuum1154，浅绿色亲本 PI152225(C. chinense)，1154 作为轮回亲本，由 BC2F1 代自交得到 150 株 BC2F2 代植株，构建图谱。采用 RFLP 和 AFLP 标记，图谱由 200 个 AFLP,RFLP,C
