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1、股权转让取得的溢价土地成本列支问题（企业所得税和土地增值税）因被投资的公司并未取得无形资产转让发票，则其将来商品房完工销售后，其企业所得税和土地增值税的扣除项目金额如何确定？（1）企业所得税。国家税务总局关于股权投资业务若干所得税问题的通知(国税发2000118号文件)第三条规定：被投资企业接受的上述非货币性资产，可按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知（国税发200631号）也有同样的规定：接受土地使用权的开发方在投资交易发生时，可按上述投资交易额计算确认土地使用权的成本，并计入开发产品的成本。即如果投资企业已经按照上述规定确认应纳税所
2、得额，资产的隐含价值在税收上已经得到实现，被投资企业可以凭评估报告，当然有的地方税务机关还要求开发企业提供投资企业主管税务机关出具的投资企业已调增应纳税所得额证明，作为税前扣除的依据。（2）土地增值税。这个问题在土地增值税上则比较复杂，目前的税收政策也并不明确。其主要形成原因是因依原土地增值税规定，以土地使用权作为出资，对出资方言，在出资环节一律不征土地增值税。这样就带来一个滋生问题，对被投资方企业言，将来对此作为出资物的宗地进行开发后销售开发产品，计算土地增值税时，取得土地使用权的金额如何确认？因这不但涉及扣除项目金额本身，对房地产开发企业言，还涉及其加计20%扣除的税收附属利益。在税收征管
3、中形成三种意见，一是和企业所得税一样，依其评估价值即被投资企业的入账价值作为扣除项目金额，因出资环节并未计征过土地增值税，故这个意见只能是企业方的愿望，并不能获得税务机关的认同，二是依投资方企业的账面原值即其取得土地使用权支付的价款来作扣除项目金额，这个意见本身是最务实合理的，但却会带来征管上的不便，三是依零来计算，且有的省市对此发文专门予以明确，如山东省地方税务局在关于明确投资入股土地征收土地增值税土地扣除项目金额问题的通知（鲁地税函200430号）中就明确规定：纳税人利用外单位投资入股的土地从事房地产开发的，由于其取得该宗土地使用权时并无支付任何金额，故在转让该宗土地开发建设的房地产计算土
4、地增值税时，不得按照投资入股企业取得土地使用权时支付的金额或投资入股时土地的评估价值作为土地的扣除项目金额予以扣除。即依零来计算，不允许作任何金额的扣除。但在上引财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知（财税200621号）出台后，对特定情形下的土地出资要依视同销售来征收土地增值税，这样一来，如上引的鲁地税函200430号文等就应自然失效，至少是针对出资环节应征土地增值税的部分应是失效，因其原作为“立法”依据的上位法已然改变，另外也与“税不重征”的税收基本原则相冲突了，故应是全部/部分失效，但在出资环节已经征收土地增值税情况下，接受投资方将来土地增值税清算时土地使用权的扣除成本及凭证如何要求，却并无税收政策规定。现在各省市对此多有反映，预计国家税务总局近期会出台相关文件，予以明确。在当前的征管实务中，多数地方税务机关的要求是：受投资方企业的土地使用权成本可以计入扣除项目金额，并可作加计20%扣除的基数，但须纳税人提供支持性证明材料：出资协议、该宗地的评估报告、验资报告、出资方以该幅地出资环节已经接受土地增值税税务管理的证明等。
