化学ChemDraw软件课程

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1、目目录录 第一章第一章 chemdrawchemdraw 基础知识基础知识1 1 1.1、工作环境2 1.1.1 工作环境综述.2 1.1.2 图形工具板2 1.2chemdraw 的基本操作4 1.1.1chemdraw 文件的建立.4 1.1.2打开 chemdraw 文件4 1.1.3chemdraw 文件的存储.6 1.1.4关闭 chemdraw 文件7 1.1.5退出 chemdraw.7 第二章第二章 实例指导实例指导8 8 2.1 指导实例 1反应方程式.8 2.1.1绘制前的操作准备8 2.1.1绘制实例9 2.2 指导实例 2绘制中间体结构15 2.3 指导实例 3复杂环化

2、合物18 2.4 指导实例 4Fischer 葡萄糖结构图.21 2.5 指导实例 5绘制透视图形23 2.6 指导实例 5Newman 结构.26 练习:练习: 29 29 1 第一章第一章 chemdrawchemdrawchemdrawchemdraw 基础知识基础知识 计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。 它不仅能够帮 助我们进行文字及图形处理等文书工作, 而且可以在化学学习与研究的各个方面 协助我们更快、更好的工作。本章介绍一些常用的能在 PC 机上使用的化学类软 件,以期能帮助读者在自己的学习和研究中做出有效、快速的选择。 有关化学结构式编辑的软件市面上非常之多,

3、它们各有所长。既有商品的, 亦有对教育界及家用免费的。 其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程 式、化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。常见的这类 软件有:ChemDraw, ChemWindow, ISIS Draw, ChemSketch 等。前两个为商业软 件 , 有 关 它 们 的 资 料 可 以 查 阅 各 自 的 网 站 和 自的网站 ChemDraw 是世界上使用最多的大型软件包 ChemOffice 中的一个组件,其 它两个组件为 Chem 3D(分子结构模型)和 ChemFinder(化学数据库信息),其最新 版本是 Chem Office 2004

4、(ChemDraw Pro 8.0、Chem3D Ultra8.0、ChemFinder Ultra8.0) 。 ChemDraw 是国内外最流行、最受欢迎的化学绘图软件,它可以建 立和编辑与化学有关的一切图形。例如, 建立和编辑各类化学式、方程式、结 构式、立体图形、对称图形、轨道等,并能对图形进行翻转、旋转、缩放、存储、 复制、粘贴等多种操作。基于国际互联网技术开发的智能型数据管理系统,包含 的多种化学通用数据库共四十多万个化合物的性质、结构、反应式、文献等检索 条目的分析和利用, 可为化学家的目标化合物设计、反应路线选择和物化性质预 测以及文献的调用提供极大的方便。 该软件可以运行于 W

5、indows 平台下,使得 其资料可方便地共享于各软件之间。除了以上所述的一般功能外,其 ultra 版本 还可以预测分子的常见物理化学性质如:熔点、生成热等;对结构按 IUPAC 原 则命名;预测质子及碳 13 化学位移动等。 2 1.11.11.11.1、工作环境、工作环境 1. 1. 1. 1.1. 1. 1. 1.1 1 1 1 工作环境综述工作环境综述 类似 Office 的多文档界面,主要包括以下几个部分: 1、菜单栏: 含有操作 chemdraw 应用文件和内容的命令设置。 2、工具栏: 含有常用命令图标,单击图标时,效果与选择菜单中相应的命 令一样。 3、编辑区: 供绘制图形结

6、构的工作区。 4、滚动栏:含有滚动框、滚动按钮和滚动条。 5、状态栏: 标出当前的工作内容以及鼠标指到某些菜单按钮时的说明 图形工具 板 状态/信息栏 编辑区 滚动栏 菜单栏 工具栏 图 1.1chemdraw 软件的操作界面 1 1 1 1.1 .1 .1 .1.2 .2 .2 .2 图形工具板图形工具板 图形工具板含有所有能够在文件窗口绘制结构图形的工具, 选择了这些工具 的图标后,光标将随之改变成为相应 的工具形状。工具板见图 1-2。 选择工具时,一次只能选择一个。 3 在图标右下角有小黑三角 工具图标里, 含有进一步的子工具图标板。用鼠标按 下含三角的图标时,子工具图标将显示 出来。

7、 工具板上的工具如下。 图 1-2chemdraw 软件的工具图板 图 1-3工具栏中的子工具类型 键工具:用于绘制单、双和三键 箭头工具:用于绘制各种箭头。 轨道工具:用于绘制各种轨道。 画图工具:用于绘制常见几何形状。 基元工具:用于绘制化学中常用符号。 符号工具:用于绘制各种重要化学符号。 反应查询:用于建立原子间在不同结构中的联系。 模板工具:用于绘制模板库存的图形和结构。 4 图 1-4工具栏中的模板工具 1.21.21.21.2chemdrawchemdrawchemdrawchemdraw 的的的的基本操作基本操作基本操作基本操作 1 1 1 1.1 .1 .1 .1. . .

8、.1 1 1 1chemdrawchemdrawchemdrawchemdraw 文件的建立文件的建立 在 file 菜单中选择 NEW 或 open special 即可以建立一个新文件。 1 1 1 1.1 .1 .1 .1. . . .2 2 2 2打开打开 chemdrawchemdrawchemdrawchemdraw 文件文件 1、打开 chendraw 文件: 通过菜单【FileOpen】打开相应的 chemdraw 文件。 图 1-5file 文件及下拉菜单 5 2、打开不同格式的 chemdraw 文件 在 open 对话框下面的下拉菜单中选择需要的文件格式。 图 1-6ch

9、emdraw 中 open 菜单下的对话框。 3、变换两个打开文件的窗口 每次打开一个文件,就出现一个文件窗口。如果打开多个文件,尽管文件名 都列在窗口菜单中, 但文件窗口只显示最后打开的文件。把现有文件窗口变换成 其他打开文件的窗口(激活其他文件窗日),可按下列方法进行: (1)在窗口菜单中选择要转换的文件。 (2)单击所要文件窗口的任何暴露区域。 (3)按 ctrl 十 Tab 键变换两个打开文件的窗口。 1 1 1 1.1 .1 .1 .1. . . .3 3 3 3chemdrawchemdrawchemdrawchemdraw 文件的存储文件的存储 1、存储一个文件的方法 (1)在

10、File 菜单中选择 save, 此时出现一个存储对话框, 所用的平台不同, 对话框也不同。 (2)在【文件名】框中输入要存储文件的名: (3)单击 OK 或 save. 2、以不同的文件名和位置存储文件副本 6 可以用 SaveAs 命令以不同的文件名、不同的位置或不同的格式存储文件副 本。 以这种形式存储文件副本,对保持原文件或把原文件的信息输入到其他应用 都是很有用的。 (1)在 File 菜单中选择 SaveAs (2)在 save 对话框中输入新的名或新地址名。 (3)单击 OK 或 save. 1 1 1 1.1 .1 .1 .1. . . .4 4 4 4关闭关闭 chemdra

11、wchemdrawchemdrawchemdraw 文件文件 结束文件操作、关闭活动文件窗口的方法: (1)在 File 菜羊中选择 close (2)单击 close 即可。 在关闭之前,记住储存文件,否则将出现对话框提问操作者。 1 1 1 1.1 .1 .1 .1. . . .5 5 5 5退出退出 chemdrawchemdrawchemdrawchemdraw 在 file 菜单中选择 Exit chemdraw ,即可把文件退出。及时关闭结束的文 件,可以给正在应用的文件倒出更多的内存空间。在退出结束文件之前,需要先 存储已有的文件。 7 第二章第二章 实例指导实例指导 本章提供

12、5 个典型通俗的指导性实例, 设计的目的是使使用者熟悉第一章中 的基本术语和基础知识, 掌握一些基础的绘图技能,便于在以后的学习中举一反 三,运用自如。 2 2 2 2.1.1.1.1 指导实例指导实例指导实例指导实例 1 1 1 1反应方程式反应方程式反应方程式反应方程式 2.12.12.12.1. . . .1 1 1 1绘制前的操作准备绘制前的操作准备 在本实例中,将学习如何绘制反应方程式(图 2-1),绘制实例前先进行以 下操作: 图 2-1实例指导 1(反应方程) (1) 开始启动 chemdraw。 (2) 从 File 菜单,选择 Save As 命令。 (3) 在文本对话框的底

13、部输入 tut1.cdx。 (4) 在指南中存储文件。 (5) 单击 OK 按钮。 (6) 打开 Object 菜单,确认在 Fixed lengths 和 Fixed angles 命令的左边有对号,如果没有 对号,再选择一遍,如图 2-2。 图 2-2Object 菜单的操作 8 2.12.12.12.1. . . .1 1 1 1绘制实例绘制实例 1、绘制第一个键 (1)在工具板上选择实键工具,见图 2-3 左。 (2)把鼠标(当选中单键工具时,鼠标在屏幕上显示为十字形)放在文件窗口的 任意合适的位置(定位),同时单击鼠标,见图 2-3 中。 (3)向右上角拖动鼠标,见图 2-3 右。

14、(4) 当放开鼠标时,键与 X 轴成 30 度角,伸展的键长为固定键长。见文件窗 口左下角的【信息区域】框。 【注意】当利用键工具绘制化学结构时,总是要建立结构的第一个键,如图 2-3 所示。不能用键工具单击出结构来,如果用环工具,可用单击开始第一个结 构。 2、加一个键 (1)用鼠标指向键右面的原子(放在点位),见图 2-4 左。 (2)单击原子加一个键,见图 2-4 右。形成的键与第一个键成 120 度角。 图 2-3绘制第一个键图 2-4加一个键 3、加第二个键 (1)用鼠标指向 C2 原子(加键的位置就是 C2),见图 2-5 左。 (2)单击原子加一个键,见图 2-5 右。 4、建立

15、一个双键 (1)用鼠标指向 C2 并按下鼠标,见图 2-6 左。 (2)选中鼠标沿单键从 C2 移动到 C4,然后放开鼠标,即可建立一个双键, 见图 2-6 右。 9 5、在结构上加原子标记 加原子标记的方法很多,将在指导实例中逐步说明。 (1)用鼠标指向原子,见图 2-7 左。 (2)双击原子,见图 2-7 中。 (3)在文本框中输入字母 O,见图 2-7 右。 如果关闭文本框,可单击窗口其他区域或选择其他工具。 6、复制结构 (1)选择套索图标,最后绘制的结构自动被选中。 (2)把鼠标放在选择方框中,鼠标变成一只手。 (3)按下 Ctrl 键,手上出现一个加号,表示选择工具的复制模式,见图

16、 2-8 左。 (4)向右按动选择框,当开始移动时,结构的复制图被建立,原结构保持 在原位置,见图 2-8 右。 7、修改复制的结构 (1)在工具板上选择实键工具,见图 2-9 左。 (2)用鼠标指向原子,见图 2-9 中。 (3)单击原子加键,见图 2-9 右。 10 8、加一个以上的键 (1)用鼠标指向原子,见图 2-10 左。 (2)单击原子三次,每次间隔停顿一下,见图 2-10 右。 【注意】 这里所用的角度是基于 Drawing Setting 对话框中的 Chain Angles Setting 所决定。如果想改变到任意角度,可以由 Shift 再加上按动操作实现。 9、改变某一个键的角度 (1)按下 Shift 键,指向向下的垂直线,见图 2-11 左。 (2)按动键到指定的方位,见图 2-11 右。 (3)放开鼠标和 Shift 键。 10、用快捷键建立原子标记 在键盘上的许多键可以作为设置原子标记的快捷键。 (1)用鼠标指向原子,见图 2-12 左。 (2)用键盘输入字母 O,见图 2-12 右。 11、把两个靠近的结构分开 到目前为止,反应的反应物和

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