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1、ISSR(Inter-simpleSequenceTepeat)切子标记技术主讲人:关镊量分子标记的概念工广义的分卡枷记m0ecularmarker)足指可遗传的并可俭测的DNA序列或蛋白质。虾白质标记包括种子贮藏蛋白和同工酶(指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式及等位酶(指由同一基因位点的不同等位基因编码的酶的不同分子形式)。狭义的分子标记概念具是浑DNA标记,而这个界定现在被广泛采纳:能反映生物个体或种群闰基因组中某种差异特征的DNA片段,它直接反映基因组DNA问的差异。“。园分子标记的特点(1)直接以DNA的形式表现,在生物体的各个组织、各个发育阶段均可检测到,不受季节、环境限制,
2、不存在表达与否等问题;2)数量极多,遍布整个基因组,可检测座位儿乎无限;(3)多态性高,自然界存在许多等位变异,无须人为创造;(4)表现为中性,不影咤目标性状的表远;5)许多标记表现为共显性的特点,能区别纯合体和杂合体。分子标记的类型D基于杂交的分子标记,如RFLP(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,即限制性长度片段多态性)。)基于DNA序列和芯片的分子标记,如SNP(Singlenucleotidspolymorphismi,华核苷酸多态性)。E)基于PCR的分子标记,它又分为两类:RAPDRandomampliiedpoymorphicDNA)DA
3、F(DNAampliicatonfngerprintng)SSCPSinglestrandconfirmationalpoymorphismn)小卫星DNA(MinisateliteDNA)I卫是CNACMicrosatsllteDNA,义_SSR(Simplesequenceeplat)ISSR(lntersimplesoquehcaFaal)AP-PCR(ArbiraryprmerPCR)宁SCARSequencecharaclerizedampliiedregion)STS(Sequencelaggedsite)AFLP(Amplifiedfragmentlengthpolymorphi
4、smAFLP是先酶切,再用特殊设计的引物迹行扩增CAPS(Cleavedamplifiedpolymorphicsequence)CAPS是先扩增,再酶切扩增微卫星DNA口“Microsatellite,MS/SimpleSequenceRepeat,SSR口“短的,简单的串联重复序列;口“基元是1-6个碱基(有的定义为1-5个碱基);口广泛存在于真核细胞整个基因组的不同位置上口高度多态性(微卫星DNA长度的多态性)4口“微卫星DNA两端多是高度保守的单拷贝序列;口“共显性标记。ISSR原理简介里ISSR(inter-simplesequencerepea0是Zietkeiwitcz等于199
5、4年在徽卫星基础上发展起来的一种新的分子标记。其基本原理是:用锚定的徽卫星DNA为引物,即在SSR序列的3暗或5端加上2-4个随机核显酸,在PCR反应中,锚定引物可引起特定位点退火,导致与锦定引物互补的间隔不太大的重复序列问DNA片段迹行PCR扩增,所扩增的两个SSR区域之间的多个条带通过聚丙烯酞胺凝胶电泳得以分辨,扩增谱带多为显性表现。由于微卫星在基因组中广泛分布,且等位变异特别丰富,因而可以检测到高的多态性。i5“铺定引物3情定引物5anchoredprimer引anchoredprinmnerNNNN(CA),(CAJAXN扬agnEpo05PuxtxxatOOON08amorsdprnmerNNNNtG4L雪髂:i喉们W交助anttorctpriaot5镂宏引物的PCR产物PCHRpmoduclswithSanchoredprimner图1错定18SR-PCR示意图0Fig.1IustrationofISSRIMISSR分子标记的特点优点:ISSR标记结合了RAPD和SSR的优点,所需DNA模板的量少、多态性丰富,无需试剂盒、结果记录方便、实验成本低、操作简单、稳定性较高、呈孟德尔式遗传口缺点;是PCR扩增时最适反应条件霁要一定时间摸索,其标记大多为显性标记,在解决交配系统、计算杂合度和父系分析等问题时效果不佳
