实验一 生物信息学数据库浏览与数据库检索实验原理：生物信息学数据库是一切生物信息分析的基础，目前，国际上已经形成了数以百计的生物信息数据库，在各种生物信息学数据库中，最为重要的还是收集DNA序列的核酸序列数据库：EMBL数据库(http://www.ebi.ac.uk)， GenBank数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov）和DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 数据库(http://www.ddbj.nig.ac.jp)数据库分为一级数据库和二级数据库数据库检索系统中较为著名的也是常用的是NCBI开发的Entrez系统实验目的与要求：通过浏览和检索常用的核酸基本数据库，熟悉三大著名的核酸公共数据库及数据库格式，了解其包含的具体内容,并能够在不同数据格式之间进行熟练转换；熟练掌握数据库检索的各种方法1） 要求学生通过浏览生物信息学重要的数据库，了解数据库的格式及数据格式（2） 通过检索掌握数据库检索工具的使用、方法及技巧（3） 掌握数据库资源的检索方法实验材料：（1）实验基因 SOD 基因Glycoside Hydrolase基因（2）数据库GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) EMBL (www.ebi.ac.uk)Cazy(www.cazy.org)NAR(http://nar.oxfordjournals.org/)工具软件：Entrez （www.ncbi.nlm.nih.gov） 实验内容：一、利用数据库检索的工具Entrez在初级数据库GENBANK或EMBL检索有关SOD（superoxide dismutase）基因的核酸与蛋白质序列信息 （1） 进入NCBI主页（www.ncbi.nlm.nih.gov）（2）进入Entrez主页（3）输入自己确定的关键词，检索SOD（superoxide dismutase）基因（4）在核酸和蛋白质数据库中分别浏览检索到的结果，任选一个物种(真核生物)查看SOD基因的核酸和蛋白质序列（5）依次学习各条目的具体内容，并浏览该数据库条目中的每个超连接（6）使用related information功能查看map viewer，了解SOD的染色体分布情况等情况（7）在核酸数据库中，通过display view将蛋白质序列转换为FASTA格式，将记录的FASTA说明部分和第一行序列(8)在蛋白质数据库，点击advanced超链接，学习使用其检索每一特定物种的SOD蛋白 回答以下问题： 检索关键词是什么？KEYWORDS RefSeq.SOD 核酸的FASTA说明部分和第一行序列>gi|998745920|ref|NC_029304.1| Cnaphalocrocis medinalis granulovirus strain Enping, complete genomeATGGGCTACTATTCTAAATCACTACGTCACAGCCGCCACAACGGCACCACTTGTGTAATCGACAACCACA该数据库记录的物种来源是什么？ SOURCE Cnaphalocrocis medinalis granulovirus该数据库记录是何时提交到数据库的？22-FEB-2016其分子类型、序列长度分别是？111246 bp DNA 请列举两篇有关SOD的文献。
REFERENCE 1 (bases 1 to 111246)REFERENCE 2 (bases 1 to 111246)REFERENCE 3 (bases 1 to 111246) 如何利用Entrez的advanced将检索限制在某一特定物种，简要写明具体步骤？二、二级数据库碳水化合物活性酶CAZy检索（1） 进入CAZy数据库主页（www.cazy.org）（2）在主页点击enzyme classes，学习该类酶的分类情况（3）在检索工具中限定检索项为family（4）输入对应的自定义的关键词，例如基因家族：GH5 GH9等，该家族共一百多（4）学习其已知的功能或相关的介绍，并选择一种细菌bacteria下的菌，点击GENBANK登录号，可查看其数据库记录并回答以下问题（可用英文做答）：你所检索的酶的功能为：你选择的细菌为哪种细菌该细菌中其酶的GENBANK登录号为三、利用NAR杂志进行数据库资源检索（1）进入NAR杂志网站, http://nar.oxfordjournals.org/（2）点击”2015 database issue”, （3）找到第一篇文献进入,（4）点击“database summaries”超链接，（5）点击“category list”进入，（6）在nucleotide sequence database下International Nucleotide Sequence Database Collaboration 找到GenBank数据库相关介绍,快速阅读 并回答问题：GenBank数据库收集的序列来自多少物种？搜索查询提交序列的程序名称？GenBank数据库网址？请另选一你感兴趣的数据库进行检索，说明其属于哪类数据库简要说明该数据库存储的主要内容及其网站。
思考题：1．比较GenBank数据库与 EMBL数据库格式的差异？2．请说明数据库查询和文献检索中关键词确定的注意事项？。