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1、PERL在生物信息学中的应用在生物信息学中的应用主讲：吴茂英生物信息学与生物统计学系上海交通大学2021/3/101讲解：XX主要内容nPERL简介nPERL脚本的编写nPERL变量nPerl语法nPERL与正则表达式nPERL示例2021/3/102讲解：XXPERL释义Practical Extraction and Report Language 实用摘录和报告语言，但它其实不是缩写实用摘录和报告语言，但它其实不是缩写Larry Wall，1987.12.18Perl的历史的历史2021/3/103讲解：XXPerl的环境准备lUnix：大多数内置：大多数内置l一些软件也内置一些软件也内
2、置perl，比如，比如apache/oraclelWindows：ActivePerl5.10.02021/3/104讲解：XXPerl的工具编辑工具：编辑工具：notepad，viIDE：Komodo，Perl Dev KitCGI：Top perl studio，Perl builder,perl edit，perlwiz，Mod_perl2021/3/105讲解：XXPerl的功能l脚本语言，解释执行脚本语言，解释执行，无需编译无需编译l具有编译语言如具有编译语言如c、Java的功能，又有的功能，又有shell脚本的方便脚本的方便l无数据类型区分，适于不太复杂的程序无数据类型区分，适于不
3、太复杂的程序l适于不要求速度，不在乎内存适于不要求速度，不在乎内存CPU等系统资源的任务等系统资源的任务l强大的字符串处理功能强大的字符串处理功能l灵活或复杂的正则表达式灵活或复杂的正则表达式l大多数平台支持，除了专用模块，可在不同平台运行大多数平台支持，除了专用模块，可在不同平台运行2021/3/106讲解：XXPerl的应用nWeb编程：CGI，XML处理n系统管理n网络编程（安全脚本）.n数据库管理n图像处理n其他众多的领域。2021/3/107讲解：XX一个示例#!/usr/bin/perlPrint “This is my first perl programn”;$a=;Print
4、 $a;l第一行： #!/usr/bin/perl 由什么程序执行以下的内容l注释：l输入：l输出：printl$a：变量，无需指定数据类型2021/3/108讲解：XXperl的四种变量oScalar：标量，以$开始，后面以字母或_开头，再后面可以是字母或数字oarray：数组，列表，以开头oHash： 哈希，散列，以%开头o文件：大写字母o区分大小写，$Var, $VAR, $varo内置变量$/，$等2021/3/109讲解：XX字符串变量o由双引号或单引号标识的一组字符组成。o最少0个字符（“”为空串），最多可以占满内存，末尾不含null(0)o“$string” = $str + “
5、ing” != $stringo记住一些常用的转义字符oprint “the $var is $var.”o注意单引号的用法：不替换、不转义$var=“str”;print “this is $var”; # ”this is str”print this is $var; # this is $var2021/3/1010讲解：XX变量初值l未创建时状态为undef，到达文件尾也为undefl说明变量为未定义：undef $a;l用在条件判断中：if(undef $a)l代替不关心的变量：$s=“a:b:c:d; ($a1,undef,undef,$d1)=split(/:/, $s);l如
6、果有undef变量又不知在哪，可加-w参数进行提示#!/usr/bin/perl -wl创建后状态为defined 一般用在条件判断中if(defined $a)l整数初值为0，字符串初值为空串”。一般未赋值就使用时$result = $undefined + 2; 2021/3/1011讲解：XX相关函数olength()：字符串长度ouc, lc, ucfirst, lcfirst：改变大小写函数osubstr, index, pos：字符串函数osin等三角函数orand(), srand()：随机发生函数$lastchar = chop($str) # 截去最后一个字符$result
7、= chomp($str) # 截去末尾的行分隔符（通常为”n”），行分隔符由$/定义2021/3/1012讲解：XX控制结构oif(condition1) elsif(condition2)elseounless()ountil()odo until()owhile()odo while ()ofor(;)oforeach循环语句2021/3/1013讲解：XXforeacho语法：foreach $w(list|array)statemento()内可以是数组a，也可以是列表(1,2,3)o数组元素值可以修改，列表则是常量o$w不影响本来已定义的变量$w，循环结束后恢复o可以用$a(a)用
8、相同的变量名称o示例：nforeach $a(a)用于数组nforeach $a(1,2,3,4)用于列表nforeach $k(keys %h)用于哈希/散列nforeach $a(a1,2,4)仅对数组部分元素nforeach (a)缺省循环变量为$_2021/3/1014讲解：XX循环控制olast：退出循环onext：进入下一循环oredo：重新执行本次循环ogoto：跳转ocontinuestatement2021/3/1015讲解：XX单行条件语句与循环语句oprint $a if $a=0;oprint $a unless($a=0);oprint $a while ($a-=0
9、);oprint $a until ($a-=0)用|，&的条件语句：$a=0&print $a; open(F,file)|die “cant open”;die函数：在控制台标准错误输出信息后退出程序。warn： 输出信息后不退出程序，只起警报作用。$!：内部变量，包含错误代码。$：内部变量，包含错误信息。2021/3/1016讲解：XX列表数组的形式o形式：(1,”a”,2.3, $a, $x+1)，其元素可以是数字、字符串、变量、表达式o空列表()，单元素列表(2)不同于标量2oqw(1 $a str)n()可以用其他符号表示，如n元素可以是数值、变量、不带引号的字符串，中间用空格分开
10、2021/3/1017讲解：XX范围表示的列表.：范围运算符，每次增加1，如1.3o(1.6)=(1,2,3,4,5,6)o(1,2.5,6)=(1,2,3,4,5,6)o(3.3)=(3)o(2.4.5.3)=(2.4,3.4,4.4)o(4.5.1.6)=()o(“aa”.”ad”)=(“aa”,”ab”,”ac”,”ad”)o$month=(01.31)o($a,$a+3)=(3,4,5,6) if $a=32021/3/1018讲解：XX数组列表的存储oa=(1,2,3)，不同于$a，初始值为()o元素形式：$a0表示第一个元素，索引从0开始，$a-1表示倒数第一个元素o数组的赋值：n
11、a=(1,2,3,4); b=a;nb=(2,3); a=(1,a,4);na=; #从屏幕输入进行赋值，按下CTRL-d结束n改变元素的值：$a1=3;n超出数组大小的元素赋值：$a5=6; #自动增长，其他元素为NULLn读取不存在的元素为空：$b = $a6;2021/3/1019讲解：XX数组的读出a=(1,2,3);n$a=$a1;n($x, $y, $z)=a; $x=1, $y=2, $z=3;n($x, $y)=a; $x=1, $y=2;n($a,$b,$c,$d)=a; $a=1, $b=2, $c=3, $d=“”;n$a=a=$#a+1; # $a为数组长度，$#a为数
12、组的最后一个元素的索引n($a)=a; # 数组的第一个元素$a0n打印数组：print a; # 元素直接相连 print “a”; # 元素之间用空格分开2021/3/1020讲解：XX数组片段a=(1.5)nsub=a0,1,3;na1,3=(“a”,”b”);nb=(1,2,3); sub=ab;na1,2=a2,1;na1,2,3=a3,2,4;2021/3/1021讲解：XX数组操作函数osort：缺省按字母排序$a, $b表示数组元素，_代表数组本身nreverse a; # 取数组的逆序nchop a; # 每个元素截去最后一个字符nshift(a); # 删除数组第一个元素并
13、返回该值，缺省对ARGV数组nunshift(a); # 在数组头部添加元素，返回新数组长度npush(a,$a); # 在数组末尾添加元素npop(a); # 删除数组末尾元素2021/3/1022讲解：XX数组操作函数（二）ojoin(连接符号, a)把数组连接为一个字串a=(a,b); join(:, a)=“a:b”;osplit(/分隔符/, 分割串, 长度)分隔符：缺省为空格，可省略分割串：缺省为$_，可省略长度：可省略，缺省为全部分割$s=“a,b,c”; a=split(/,/,$s); a=(a,b,c); a=split(/,/,$s, 2); a=(a,b,c);2021
14、/3/1023讲解：XX数组函数（三）osplice函数：ret = splice(a, skip, length, newlist);l对数组a进行操作，跳过skip个元素，然后用newlist替换length个元素lnewlist长度可以不为length，但其替换长度总为lengthl如果length=0表示为插入；如果newlist=()则表示为删除l当length和newlist都省略时表示全部删除ofound=grep(/pattern/, search)对数组search的每个元素进行搜索匹配pattern，匹配元素返回到foundomap(expr, list)对数组list的每
15、个元素进行expr运算，返回运算后的数组。元素用$_替代，如map($_+1, (1,2)(2,3)2021/3/1024讲解：XX二维数组aoa=1,2,3,a,b,c;n该数组的元素为两个数组n子数组访问： $aoa-0(1,2,3)n子数组元素列表：$aoa-00,1,2n子数组元素访问：$aoa-00a=(1,2,3);b=(a,b,c);$aoa=a,b; $aoa-00;2021/3/1025讲解：XX关联数组：哈希/散列o关联数组的表示：%h=(1,a,2,b);o关联数组的下标为关键字key，由key得到的值为valueo上式的意义是%h=(1=a,2=b);o元素形式$h1=
16、a2021/3/1026讲解：XX关联数组的赋值%a=(“key1”,1,”key2”,2);%h=a;a=%h;%h1=%h2;($a,%h)=array;%h=(%first, %second);%h1=(%h2, k, v)函数的返回：%h=split();keys=(a,b,c); hashkeys=hashreverse keys;2021/3/1027讲解：XX关联数组操作函数okeys(%hash), values(%hash)分别返回键和值的列表，返回元素无顺序o($key, $value)=each(%hash)效率高于先用foreach $k (keys %h), 再用$h
17、ash$koexists $hashkey判断关键字是否存在oundef(%h)相当于删除散列%h=();odelete2021/3/1028讲解：XX关联数组的顺序foreach $w(sort keys(%hash) # 按照字符串排序或者foreach $w(sort $a$b keys(%hash) #数值排序2021/3/1029讲解：XX文件o存放于磁盘，用于读写访问，访问前必须先打开文件，结束时关闭文件open(HANDLE, “filename”) | die $!;o成功返回非零，失败返回零oHANDLE：文件句柄，用来代表操作的文件。以字母开头，字母、数字、下划线组成，一般
18、用大写字母o缺省打开的句柄STDIN, STDOUT, STDERR, 文件描述符为0，1，2。不必调用open就可以直接访问nSTDIN：键盘输入，控制台。nSTDOUT：屏幕，显示屏。nSTDERR：错误输出，显示屏。2021/3/1030讲解：XX文件访问模式o只读：open(F, “filename”); 文件不存在则创建新文件，存在则清空重写o追加：open(F, “filename”);在存在的文件后面追加内容o读写：open(F, “+，文件不存在则创建，存在则清空再写o读写：+，文件不存在则创建，存在则追加o管道：|，open(F,“| cathello”);把文件F的输出(p
19、rint F $a)作为后的输入。open(F,“comm|”);把comm的输出作为F的输入。以下的内容只要读出。comm为命令。2021/3/1031讲解：XX文件缓冲 缓冲 无缓冲打开： open,sysopen sysopen关闭 close读 ,readline sysread写 print syswrite定位 tell,seek sysseek2021/3/1032讲解：XX读文件o$line=读一行到line，指针后移一行。缺省读到$_中。$/=n，为行分隔符，遇到它则为一行结束，行包含$/。可用chomp($s)去除此标志，行尾不含$/则不去除字符。可设置$/为其他字符串，遇
20、到$/为行结束，chomp去除此字符串。 oarray=文件内容全部读出，每行为一个元素。含回车。o当从STDIN中读时，可省略为。oread(F,$in,len,$offset)读入$inosysread(F,$in,len,$offset) getc(F)读一个字符2021/3/1033讲解：XX命令行参数ARGV：全局，$ARGV0是第一个参数，不是程序名。是对$ARGV的引用。ARGV一旦赋值，原值丢失。1。第一次看到时，打开以$ARGV0中的文件。无参数则打开STDIN读。所以可以省略。2。shift(ARGV),元素数量减少一个。3。读打开的文件中的所有行。4。再读第二个参数表示的
21、文件。文件尾检测：eof和eof()。文件结束返回真。 ARGV（”file1”,”file2”）; while($line=)if(eof)print eof; 读取file1到末尾时，下一循环打开下一文件。每次读完一个文件输出eof. if(eof()print eof);所有文件都读完才输出eof。2021/3/1034讲解：XX写文件printf(“format str”,$a,$b);同c中的printf，格式化串包含%m.nf的格式指示，后面依次是相应的值列表。print F ( “str”);F文件句柄，后面为空格，省略F为STDOUT。str输出内容。可用单引号，不进行变量替换
22、，不加引号，计算出变量的值再输出。()可省略。这是函数的特点。write用于格式化输出。不是read的相应操作。syswrite(F,$data,length,$offset);同sysread2021/3/1035讲解：XX文件测试op expr if( -e “file1”)print STDERR (“file1n”);文件是否存在。-b是否为块设备-c是否为字符设备-d是否为目录 -e是否存在-f是否为普通文件 -g是否设置了setgid位-k是否设置了sticky位 -l是否为符号链接-o是否拥有该文件 -p是否为管道-r是否可读 -s是否非空-t是否表示终端-u是否设置了setui
23、d位-w是否可写-x是否可执行-z是否为空文件-A距上次访问多长时间-B是否为二进制文件-C距上次访问文件的inode多长时间 -M距上次修改多长时间-O是否只为“真正的用户”所拥有-R是否只有“真正的用户”可读-S是否为socket-T是否为文本文件-W是否只有“真正的用户”可写-X是否只有“真正的用户”可执行-s 返回文件长度，-A-C-M返回天数。2021/3/1036讲解：XX正则表达式(模式匹配)检验匹配是否成功=字符串是否匹配模式，匹配则为真，没有匹配则为假。!不匹配为真，匹配为假。regular expression，规则表达式模式匹配，在字符串中寻找特定序列的字符。指定模式：由
24、斜线包含，/def/即模式def。匹配操作符 =、!$question=“expleaseding”$question = /please/$question!/edit/2021/3/1037讲解：XX正则表达式的使用if ($question = /please/) print (Thank you for being polite!n); else print (That was not very polite!n); 用于条件判断：grep：正则表达式只对简单变量匹配，如果是数组a=/abc/，则2=/abc/。用grep(/abc/,a);对数组中的每个元素匹配。split(/abc
25、/,$line)根据模式匹配分割字符串。模式匹配的3种类型：m/模式匹配，s/匹配并替换，tr/逐一替换，翻译2021/3/1038讲解：XX模式匹配之一：元字符+ 一个或多个相同的前导字符(模式)。如：/de+f/指def、deef、deeeeef等。是对前一个匹配模式的重复，不是匹配后的字符的重复。如/deE+/，匹配de,dee,dE,dEE,deE,dEe。不是匹配了e后再重复eee，就没有eE了。相当于/deEeEeE/。* 匹配0个、1个或多个相同字符？匹配0个或1个该前一个字符. 匹配除换行外的所有单个字符，通常与*合用 .*所有任意数量字符。与前一字符结合，可不出现字符。相当于
26、.匹配指定数目的字符 指定所匹配字符的出现次数。如：/de1,3f/匹配def,deef和deeef；/de3f/匹配deeef；/de3,f/匹配不少于3个e在d和f之间；/de0,3f/匹配不多于3个e在d和f之间。2021/3/1039讲解：XX。表示除其之外的所有字符，如：/ddeEf/匹配d加非d,e,E字符加f的字符串模式匹配之二：选择 匹配一组字符中的任一个。/a0123456789c/将匹配a加一个数字加c的字符串。与+联合使用例：/deE+f/匹配def、dEf、deef、dEdf字符|指定两个或多个选择来匹配模式。每个选择都是一个匹配或一组。不是单个字符。如：/def|gh
27、i/匹配def或ghi。/x|y+/匹配x或y+。0-9 a-z A-Z /a0-9c/ 匹配任意字母或数字0-9a-zA-Z例：检验数字表示合法性 if ($number = /-?d+$|-?0xXda-fa-F+$/) print ($number is a legal integer.n); else print ($number is not a legal integer.n); 其中 -?d+$ 匹配十进制数字，-?0xXda-fa-F+$ 匹配十六进制数字。2021/3/1040讲解：XX转义符和定界符模式中包含通常被看作特殊意义的字符，须在其前加斜线。如：/*+/中*即表示字
28、符*，而不是上面提到的一个或多个字符的含义。斜线的表示为/。在PERL5中可用字符对Q和E来转义。从Q开始到E间的字符为原始字符，无特殊含义。 d 任意数字 0-9 D 除数字外的任意字符 0-9 w 任意单词字符 _0-9a-zA-Z W 任意非单词字符 _0-9a-zA-Z s 空白 rtnf S 非空白 rtnf 例：/da-z/匹配任意数字或小写字母。定界定界： 或 A 仅匹配字符串首 $ 或 Z 仅匹配字符串尾 b 匹配单词边界 B 单词内部匹配/def/只匹配行以def打头的字符串，/def$/只匹配以def结尾的字符串，结合起来的/def$/只匹配字符串def$和A,Z在多行匹配
29、时用法不同。2021/3/1041讲解：XX示例例1：检验变量名的类型： if ($varname = /$A-Za-z_0-9a-zA-Z*$/) print ($varname is a legal scalar variablen); elsif ($varname = /A-Za-z_0-9a-zA-Z*$/) print ($varname is a legal array variablen); elsif ($varname = /A-Za-z_0-9a-zA-Z*$/) print ($varname is a legal file variablen); else print
30、 (I dont understand what $varname is.n); 例2：b在单词边界匹配：/bdef/匹配def和defghi等以def打头的单词，但不匹配abcdef。/defb/匹配def和abcdef等以def结尾的单词，但不匹配defghi，/bdefb/只匹配字符串def。注意：/bdef/可匹配$defghi，因为单词包括字母数字下划线 ， $并不被看作是单词的部分。例3：B在单词内部匹配：/Bdef/匹配abcdef等，但不匹配def；/defB/匹配defghi等；/BdefB/匹配cdefg、abcdefghi等，但不匹配def,defghi,abcdef。2
31、021/3/1042讲解：XX模式的重用当模式中匹配相同的部分出现多次时，可用括号括起来，用n来多次引用，以简化表达式。把匹配的值存起来以后再用，和+模式的重复不同。只在本次匹配可用。还可以在匹配外引用。例：/d2(W)d21d2/ 匹配12-05-92，26.11.87，07 04 92等但不匹配12-05.92 注意：/d2(W)d21d2/ 不同于/(d2)(W)121/ ，后者只匹配形如17-17-17的字符串，而不匹配17-05-91等。2021/3/1043讲解：XX模式变量在模式匹配后调用重用部分的结果可用变量$n，全部的结果，匹配模式用变量$&，包含不在括号中的。匹配处之前的部
32、分用变量$，匹配处之前的部分用变量$。也可用列表一次取得。 $string = This string contains the number 25.11.; $string = /-?(d+).?(d+)/; # 匹配结果为25.11 $integerpart = $1; # now $integerpart = 25 $decimalpart = $2; # now $decimalpart = 11 $totalpart = $&; # now totalpart = 25.11 $_ = This string contains the number 25.11.; result =
33、/-?(d+).?(d+)/; 匹配得到的变量形成列表，可赋值给数组。 当匹配失败，$1的内容不确定，可能是从前匹配的内容。为避免匹配失败要进行是否匹配成功的判断，或直接赋值。 ($m1,$m2)=($name=/(ab).*(c) 把()内的匹配值直接赋与$m1,$m2，不改变$1的值。 嵌套使用：/(aaa)*)/，最外层的括号为$1，内层为$2，$3。2021/3/1044讲解：XX匹配选项g 匹配所有可能的模式，根据懒惰规则不加g只匹配一处。返回到数组中。 matches = balata = /.a/g; # matches = (ba, la, ta) 匹配的循环：每次匹配记住上次
34、的位置 while (balata = /.a/g) $match = $&; print ($matchn); 结果为： ba la ta 当要匹配的字符串改变时重新开始搜索。 当使用了选项g时，可用函数pos来控制下次匹配的偏移： $offset = pos($string);下一个匹配开始的位置 pos($string) = $newoffset;从此位置开始搜索匹配2021/3/1045讲解：XX匹配选项i 忽略模式中的大小写：/de/i 匹配de,dE,De和DE。m 将待匹配串视为多行，符号匹配字符串的起始或新的一行的起始；$符号匹配任意行的末尾。以下例只匹配第一行为a，否则无匹配
35、; $line=a b c; $line=/(.*)$/m;s 将待匹配串视为单行 。.可以匹配n。 /a.*bc/s匹配字符串axxxxx nxxxxbc，但/a.*bc/则不匹配该字符串。o 仅只执行一次变量替换 $var = 1; $line = ; while ($var 10) $result = $line = /$var/o; $line = ;$var+; 第一次匹配1，第二次值为2，但仍匹配1。x 忽略模式中的空白 。格式清晰 /d2 (W) d2 1 d2/x等价于/d2(W)d21d2/。2021/3/1046讲解：XX匹配符号的优先级象操作符一样，转义和特定字符也有执行
36、次序() 模式内存 + * ? 出现次数 $ b B 锚 | 选项2021/3/1047讲解：XX扩展匹配模式(?pattern)，其中c是一个字符，pattern是起作用的模式或子模式。3、(?#注释)模式注释 PERL5中可以在模式中用?#来加注释，如： if ($string = /(?i)a-z2,3(?# match two or three alphabetic characters)/ . 1、(?:pattern)不存贮括号内的匹配内容括号内的子模式将存贮在内存中，此功能即取消存贮该括号内的匹配内容，如/(?:a|b|c)(d|e)f1/中的1表示已匹配的d或e，而不是a或b或
37、c。2、 /(?option)pattern/内嵌模式选项 通常模式选项置于其后，有四个选项：i、m、s、x可以内嵌使用，等价于/pattern/option。/(?i)a-z+/=/a-z+/i4、(?)取消贪婪 a12b38b /a.*b/ 全部匹配，当/a(.*?)b/时匹配a12b。 同样的有*?,+?,?,x?,x,?,x,y?, 2021/3/1048讲解：XX扩展模式匹配5、/pattern(?=string)/肯定的和否定的预见匹配.?= ?! 匹配后面为string的模式，相反的，(?!string)匹配后面非string的模式，如： $string = 25abc8; $s
38、tring = /abc(?=0-9)/; $matched = $&; # $&为已匹配的模式，为abc，不是abc8 例1。$line=“block1 first block2 second block3 third” $line=/blockd(.*?)(?=blockd|$)/g;print $1; 例2。使用while $line=begin begin begin ; while($line=/begin(.*?)(?=begin|$)/sg) push(blocks,$1);2021/3/1049讲解：XX替换操作替换操作o在替换部分可使用模式变量$n，如s/(d+)/$1/，但
39、在替换部分不支持模式的特殊字符，如,*,+等，如s/abc/def/将把abc替换为def。替换操作符的选项： g,i,m,o,s,x,e e 替换字符串作为表达式。e选项把替换部分的字符串看作表达式，在替换之前先计算其值，如： $string = 0abc1; $string = s/a-zA-Z+/$& x 2/e; # now $string = 0abcabc1s/pattern/replace/，将字符串中与pattern匹配的部分换成replace。替代字符串不是模式。如$string = abc123def; $string = s/123/456/; # now $string
40、 = abc456def;2021/3/1050讲解：XX翻译操作otr/string1/string2/。string1中的第一个字符替换为string2中的第一个字符，把string1中的第二个字符替换为string2中的第二个字符，依此类推。如：$string = abcdefghicba;o $string = tr/abc/def/; # now string = defdefghifedo当string1比string2长时，其多余字符替换为string2的最后一个字符；当string1中同一个字符出现多次时，将使用第一个替换字符。翻译操作符的选项：c 翻译所有未指定字符，d 删除所有指定字符，s 把多个相同的输出字符缩成一个 $string = tr/d/ /c;把所有非数字字符替换为空格。$string = tr/t /d；删除tab和空格； $string = tr/0-9/ /cs；把数字间的其它字符替换为一个空格。2021/3/1051讲解：XX感谢您的阅读收藏，谢谢！2021/3/1052
