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1、R语言及言及Bioconductor生物信息生物信息学学应用用 -一本一本已已经面世的面世的R红宝宝书*R语言在生物信息学中的应用R语言在生物信息学中的应用本书的编写在国内国际都是一个创新本书的编写在国内国际都是一个创新本书特色从实际课题出发，提出解决这个问题的思路，结合用到的原理或基础知识，但更偏重整个解决问题的框架和流程，选用一种简单易学但功能强大的语言，把讲解延伸到具体程序代码，让读者100%经历整个课题研究过程。最大的创新点是：实际课题直接来自已发表的SCI文章，全部都是真枪实弹，不杜撰所谓“实际应用”。国内外尚未见到与SCI文章紧密结合的生物信息书籍。本书是多名R领域专家（全部都是一
2、线科研工作者）通过互联网联手写作。在前期网上调研的基础上，尽量在本书内突出大多数人普遍关心而又难找相关资料的问题。所见即所得，学到的知识可以通过简单编程（仅仅代码拷贝粘贴）加以实现，印象深刻，学了不会忘。提出三板斧学习法，让无基础的人也能编程。本书作者通过QQ群直接面向读者答疑，并且共享了大量的参考资料和习题答案。使用正版书籍的读者都可以入群享受最好的服务。不在书中罗列基础知识凑字数，也不使用光盘，既能减轻读者负担，又能保护环境。欢迎大家直接购买天津科技翻译出版社本书定价58元，群内读者预定50元（包快递费）；团购5本以上45元（包快递费）；50本40元（包快递费）；如果大学指定为教材，我可以
3、提供更多材料，长期合作，打造精品课程支付方式：支付宝支付宝账号： 何静留言：姓名+R语言书+册数定书后，请将邮寄地址(一定要邮编)和电话发以上电子邮件电子邮件题目是买R语言书，内容就是姓名+邮寄地址+电话邮寄地址必须保证详细，而且有人签收，详细目录详细目录第一章 R基础知识 41.1什么是R41.1.1 R语言的起源41.1.2 R语言的特点51.1.3 R语言的主要用途 71.1.4 R语言的应用现状和发展趋势 101.2R的下载与安装121.2.1 主程序的下载与安装121.2.2 扩展包的下载与安装141.2.3 R语言的集成开发环境161.2.4 R主程序和扩展包的管理与升级191.
4、3 R语言快速入门211.3.1 从哪里入手开始学习R211.3.2 三板斧搞定R语言 211.3.3 一个例子来说明三板斧221.4 一些简单的语法知识231.4.1 什么是编程231.4.2 变量231.4.3 函数241.4.4 综合案例251.5 本章源代码详解及小结251.5.1 例1-1 251.5.2 例1-2 261.5.3 例1-3 271.5.4 例1-4 281.5.5 小结30参考文献：31详细目录详细目录第二章 生物信息学基础知识42.1中心法则-生物信息流42.1.1 生物大分子42.1.2 中心法则72.1.3 基因组、转录组和蛋白质组82.1.4 非编码RNA和
5、microRNA 92.2测序与序列分析 102.2.1 DNA测序技术 102.2.2 第二代测序技术的应用领域122.2.3 序列分析132.2.4 序列比对和相似性搜索142.2.5 分子进化和系统发生树152.3基因表达分析172.3.1基因表达的检测方法172.3.2 基因表达数据分析182.3.3基因表达差异的显著性分析192.3.4基因本体论分析202.3.5通路分析222.4注释、统计与可视化222.4.1 注释与ID映射 232.4.2 统计与可视化 23参考文献：24详细目录详细目录第三章 R在生物信息学中的简单应用 23.1 一个序列分析课题23.1.1 课题背景23.1
6、.2 研究目的与实验设计23.1.3 数据获取与处理流程33.2 用R包（非bioconductor）实现课题43.2.1 定义全部函数（例3-1）43.2.2 课题实现133.2.3 源代码详解与小结163.3 用R包（bioconductor）实现课题一213.3.1 重新设计数据处理流程和全部函数（例3-2）213.3.2 课题实现253.3.3源代码详解与小结263.4 用R包（bioconductor）实现课题二263.41 重新设计数据处理流程和全部函数（例3-3）263.4.2 课题实现353.4.3源代码详解与小结35详细目录详细目录第四章 Bioconductor简介14.1
7、 什么是Bioconductor24.1.1 Bioconductor的起源24.1.2 Bioconductor主要特点24.2 Bioconductor包的分类介绍 54.2.1 三大板块分类介绍54.2.2 软件包的进一步介绍64.2.3 按照应用领域分类94.3 从R到Bioconductor的跨越：Biostrings， BiomaRt以及AnnotationDbi包124.3.1 应用Biostrings处理生物序列134.3.2 应用BiomaRt获取实验数据与注释信息214.3.3 应用AnnotationDbi生成注释包27参考文献：32详细目录详细目录第五章Biocondu
8、ctor分析基因芯片数据5.1快速入门25.2基因芯片基础知识35.2.1 探针组35.2.2 主要的芯片文件格式45.3基因芯片数据预处理55.3.1 数据输入65.3.2 质量控制75.3.3 背景校正、标准化和汇总175.3.4 预处理的一体化算法205.4基因芯片数据分析245.4.1 选取差异表达基因245.4.2 注释275.4.3 统计分析及可视化285.5芯片处理实际课题一395.5.1 课题背景395.5.2 数据集与预处理405.5.3 R程序与代码讲解 415.6芯片处理实际课题二425.6.1 课题背景425.6.2 数据集与处理过程435.6.3 R程序与代码讲解 4
9、35.7芯片处理实际课题三445.7.1 课题背景445.7.2 数据集与处理过程455.7.3 R程序与代码讲解 46参考文献：48详细目录详细目录第六章 Bioconductor分析RNA-seq数据46.1示例课题介绍46.1.1课题背景46.1.2数据集和处理过程46.2高通量测序基础知识56.2.1高通量测序原理56.2.2测序的质量分数96.2.3高通量测序文件格式126.3 RNA-seq技术的特点166.3.1 RNA-seq对芯片的优势166.3.2 RNA-seq存在的问题176.4 RNA-seq数据预处理186.4.1 质量控制186.4.2 读段清理226.4.3 转
10、录组组装256.4.4 转录组定量和标准化256.4.5 线性相关系数 276.5 RNA-seq数据分析286.5.1基因表达差异的显著性分析286.5.2 RNA-seq数据的其它分析 31参考文献：31详细目录详细目录第七章 R的高级语法与如何创建R包7.1 R的高级语法27.1.1 数据类型及相互转换27.1.2 向量运算67.1.3 函数 87.1.4 循环与条件97.1.5 输入输出117.1.6 对象和类127.2 创建及发布自己的R/Bioconductor包147.2.1 在Windows下创建和发布R包147.2.2 在Linux下创建和发布包257.3 R包结构267.3.1 R的源代码包277.3.2 R的二进制包28参考文献：29 附录A 进一步学习的资源附录B R常用函数附录C R的内存管理和帮助系统
