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2、ingle amino acid.3生物資訊網路資源生物資訊網路資源Sequence Retrieve System歐洲生物資訊研究所歐洲生物資訊研究所歐洲生物資訊研究所歐洲生物資訊研究所 The European Bioimformatics InstituteThe European Bioimformatics Institute 4生物資訊網路資源生物資訊網路資源資料庫分類資料庫分類主要序列儲存主要序列儲存基因體資料庫基因體資料庫蛋白質資料庫蛋白質資料庫結構資料庫結構資料庫分子間作用資料庫分子間作用資料庫突變資料庫突變資料庫文獻資料庫文獻資料庫5生物資訊網路資源生物資訊網路資源基因資料
3、庫基因資料庫GDBgenome database GenbankNIH genetic sequence Genomenet DNA 資料庫資料庫EMBLnucleic acid database NDBnucleic acid database RNA 資料庫資料庫RDP rRNA sequences 6生物資訊網路資源生物資訊網路資源蛋白質資料庫蛋白質資料庫PIR protein Information resources Swiss-Prot/TrEMBL curated protein sequence PDB protein data bank CATH protein struct
4、ure classification SCOP protein Structural classification7生物資訊網路資源生物資訊網路資源教學資源教學資源NEE-HOW, POST, 莊榮輝教授教學網業莊榮輝教授教學網業(臺大農化臺大農化)核酸核酸DNA from the beginning - Cold Spring Harbor Laboratory, New York (USA)Structure of DNA - 胺基酸胺基酸Amino acid properties - University of California. Davis (USA)Amino acid info
5、rmation - European Molecular Biology Lab-Heidelberg (German)蛇毒傳奇-清華大學 (Taiwan)蛋白質蛋白質Principles of Protein Structure Using the Iternet - Birkbeck College-London (UK)生物資訊生物資訊Using Internet Resources in Molecular Biology-San Diego Supercomputer center(USA)生命科學線上教學 - 清華大學生物資訊中心 (Taiwan)BioInfoFab - 陽明大學
6、生物資訊中心 (Taiwan)8生物資訊網路資源生物資訊網路資源參考查詢資源參考查詢資源HINT HINT - - 國家衛生研究院醫藥衛生研究資訊網 (Taiwan) Entrez(PubMed)Entrez(PubMed) National Center of biotechnology Information (USA) 9Streptomyces avermitilis is an industrial microorganism produced anthelmintic macrolide Avermectins. 10序列分析與結構預測11核酸 蛋白質核酸序列蛋白質序列蛋白質性質蛋
7、白質結構12資料庫:GenBank工具:Blast基因比對1314網站: Expasy工具:MBS translator基因轉譯核酸序列蛋白質序列15蛋白質特性pI 質與分子量網站: Expasy工具:PI/MW compute16MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFAAGILPVFYWDENQRHSTKCM
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9、DGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA PositiveKHRMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA AromaticFWY一級結構分析胺基酸標示網站: Expasy工具: Colorseq17三級結構預測網站: Expasy工具: 3D-PSSMTHE
10、PAIRWISE RMSD BETWEEN THE STRUCTURES IS : 0.131181THE PAIRWISE RMSD BETWEEN THE STRUCTURES IS : 0.131181 1 : /pdb1czlA_0.tmp TEMPLATE 1 : /pdb1czlA_0.tmp TEMPLATE 2 : /model_1.pdb SELECTED 2 : /model_1.pdb SELECTED18待測蛋白質序列待測蛋白質序列資料庫蒐尋資料庫蒐尋蛋白質序列比對蛋白質序列比對是否有PDB資料yes比對模擬比對模擬預測預測預測預測二級結構二級結構No折疊折疊辨認辨認辨認辨認是否有折疊資料二級結構二級結構比對比對比對比對序列序列-結構結構比對比對比對比對預測預測預測預測三級結構三級結構Noyes3D 結構模型結構模型序列結構蛋白質結構預測流程19蛋白質結構預測之方法Homology modelingRecognition foldAb-inition20生物資訊在生物技術之應用電子鼻感測原件分子識別材料 Chemistry (The chinese Chem. Soc., Taipei)June 2001 Vol. 59 No. 2 pp.235-243.21
