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1、实验三、多序列比对一、 软件平台clustalX、bioedit、DnaMan二、 过程Clustal：Load Sequence（数据文件必须在ClustalX目录里）菜单Alignment-Alignment Parameters-Multiple Alignment Parameters 进入参数设置页面alignment - do complete alignment，进行完全比对(生成.dnd和.aln文件)比对完成，选择保存结果文件的格式phy：File-Save Sequence as-结果处理：Bioedit: 导入.aln文件 “掐头去尾”editDnaMan: 打开DnaM
2、an,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”，载入Clustal X比对后的.aln文件点击options，参数设置，在这里，你可以设置每行显示的序列，是否显示一致序列，彩色或黑白等点击Output,输出为图形文件实验五、分子进化与系统发育分析一、 软件平台clustalX , MEGA, Phylip（注：phylip使用方法可搜“phylip软件的说明”）TreeView二、 实验过程 ClustalX：（1）使用CLUSTALX多序列比对，输出格式为 *.PHY（具体见上文）（2）下载phylip，双击打开SEQBOOT ,按路径输入刚才生成的 *.PHY文件；设定适当参数（4n+1）；
3、输出outfile1文件。（3）打开PROTPARS（最大简约性法）【可选，具体情况具体分析】，输入outfile1文件后，得到outfile2和outtree1;（4）打开CONSENSE程序，输入outtree2，运行输出outfile3和outtree3文件;（5）树文件outtree3用TREEVIEW软件打开显示MEGA软件：（1）File-open a file/session-打开fasta文件，选择相应的data type（2）Align-edit/build aligns-Retrieve sequences from a file,打开文件；（3）点击Phylogeny 选
4、项，选择建树方法，建树保存。实验六、蛋白质预测一、 实验平台PredictProtein(账号)，JPred，SOPMA二、 实验结果首先下载好序列数据（1） PredictProtein：(Dashboard 中右上角Html)二级结构:Prediction(brief);结构域：Protein-Protein binding;Motif：pattern-ID;跨膜区：PHD result；二硫键：Result for query.blastpsimat中的数字；实验七、预测结构并同源建模一、实验平台Swiss-model, modeller, PROCHECK, Molpobity, VM
5、D二、实验过程用swiss-model 和modeller分别预测如下序列的结构，并用PROCHECK和Molpobity分别评价所得预测模型，详细注释所得结果；Modeller用法：（搜索“modeller中文教程”，陈照强博客）、下载模板，并去除杂原子（pdb或swiss-model）；将待建序列处理成.ali文件；【P1;naturesequence:nature:0.00:0.00】 （1）单模板：align.py model_single.py evaluate_model1.py(pdb) evaluate_model2.py(ali)使用得到的profile中数据作图; mode
6、ller同源建模后，使用chimera对模型做了1500步的最速下降法，得到最终模型（2） 多模板：评估软件：http:/nihserver.mbi.ucla.edu/SAVES/实验八、蛋白质功能预测1,blast序列，数据库选择nr，保存blast结果，查看domain信息以及系统进化树关系http:/blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2,protscale工具，web.expasy.org/protscale/3,ProtParam工具计算等电点等信息（Gravy值的范围在2-2之间，正值表面此蛋白为疏水蛋白，负值表明是亲水蛋白）、http:/web.exp
7、asy.org/protparam/4,mitif_scan查找motif、http:/myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan5,三维结构信息，二级结构:http:/gor.bb.iastate.edu/ https:/www.predictprotein.org/ 三级结构:http:/swissmodel.expasy.org/repository/6,相互作用：http:/string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl7,信号肽http:/www.cbs.dtu.dk/services/Signal
8、P/http:/ http:/smart.embl-heidelberg.de/smart/10,蛋白质修饰 http:/ptmcode.embl.de/11,疾病相关 http:/databases.lovd.nl/shared/transcripts/ERBB212,代谢途径 SMART http:/smart.embl-heidelberg.de/ 实验九、蛋白质翻译后修饰磷酸化位点：phosphositePlus:http:/www.phosphosite.org/Login.jsp糖基化位点：dbPTM:http:/dbptm.mbc.nctu.edu.tw/实验十、cytoscape应用实践1导入test.sif文件：importNetwork(Multiple File Types)2修改布局：LayoutCytoscape LayoutSpring Embedded3寻找配体分子chain B直接相互作用的残基：Search框中搜索”B”,SelectNodesFirst Neighbors of Selected Nodes;4将子网络取出：FileNewNetworkFrom Selected Nodes,all edges5不同颜色标注不同相互作用类型：Plugins RINalyzerVisual Properties实验十二、KEGG使用
