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1、SectionA1 三个域：真细菌，古细菌，真核生物2 组装中的主要作用力：非共价健作用力SectionB1 蛋白质纯化的分析方法推荐精选2 正电荷：天冬氨酸 谷氨酸负电荷：赖氨酸 精氨酸 组氨酸推荐精选极性：天冬酰胺 谷氨酰胺 苏氨酸 丝氨酸 半胱氨酸非极性：脂肪族 甘氨酸 丙氨酸 缬氨酸 亮氨酸 异亮氨酸 甲硫氨酸 脯氨酸 芳香族 苯丙氨酸 酪氨酸 色氨酸Cys 二硫键Gly 无手性Pro 亚氨基酸芳香族氨基酸最大吸收峰280mm3 蛋白质的一级(决定蛋白折叠及其最后的形状的最重要的因素)：氨基酸脱水缩合形成肽链 N端到C端 共价键 二级：多肽链中空间结构邻近的肽链骨架通过氢键形成的特殊结
2、构。 转角 螺旋 氢键为主要作用力 三级： 多肽链中的所有二级结构和其他松散肽链区域（散环结构）通过各种分子间作用力（非共价键为主），弯曲、折叠成具有特定走向的紧密球状构象。 非共价键 四级： 许多蛋白分子由多条多肽链（亚基，subunits ）构成。组成蛋白的各亚基以各种非共价键作用力为主，结合形成的立体空间结构即为四级结构。 非共价键4 偶极：电子云在极性共价键的两原子间不均匀分布，使共价键两端的原子分别呈现不同的电性兼性离子：具有正电荷（碱性），又具有负电荷（酸性）的分子双极性分子：Section C1核酸的光学特性：推荐精选增色性：一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力增加的现象减色性
3、：一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力减少的现象Reason: 碱基环暴露在环境中的越多，对紫外的吸收力越强Absorbance（吸收值）：Nucleotide ssDNA/RNA dsDNA核酸的最大吸收峰260mm(碱基有芳香环)芳香族氨基酸最大吸收峰280mmA260/A280: 纯的 dsDNA：1.8纯的 RNA：2.0纯的 Protein：0.52 Tm 值（熔解温度）：热变性时，使得DNA双链解开一半所需要的温度。 Tm=2x(A+T) + 4x(G+C) Tm值与DNA分子的长度，及GC的含量成正比 Annealing（退火）:热变性的DNA经过缓慢冷却后复性 快速冷却： S
4、tay as ssDNA 缓慢冷却: 复性成dsDNA3 脱氧核糖核酸与核糖核苷酸得到画法4 支持双螺旋结构的两个实验：查戈夫规则 X射线晶体衍射5 双螺旋的内容：双链之间的关系：DNA分子由两条链组成 双链反向平行 (53 方向) 两链的碱基通过氢键互补配对，A:T; G:C。 双链序列反向互补 各基团排列方式：糖-磷酸骨架DNA分子排列在外;推荐精选 碱基对平面相互平行，排列在DNA分子的内部。空间结构为：右手双螺旋结构 每转一圈10个碱基对，每一圈长度33.2A 双链螺旋中形成大沟，小沟。6 碱对DNA的影响：高pH值对DNA的影响比低pH值的要小。 高 pH 值(pH11)会改变碱基构
5、象，使DNA变性（双链解旋，成单链） RNA的影响：高pH值，2羟基会攻击磷酸二酯键，使其断裂，形成2，3-环式磷酸二酯键，从而使RNA分子断裂7 共价闭合环状DNA (convalently closed circular DNA, cccDNA）。即通过共价键结合形成的封闭环状DNA分子。8 超螺旋DNA（Supercoil DNA）:松弛型双链DNA进一步旋转后，再形成闭环结构时，就会形成DNA超螺旋结构L=T+W 判断是否为超螺旋 正负超螺旋9 拓扑异构酶：暂时断裂DNA分子中一条或两条单链上的磷酸二酯键，改变DNA分子的连接数及拓扑状态。功能：消除DNA复制和转录等过程产生的超螺旋。
6、 细胞中，型酶与型酶的活性保持一种平衡状态。型酶的“使DNA超螺旋化” 与型酶“使DNA松驰化” 相抗衡，从而使DNA保持适当的超螺旋密度。10 EB: 嵌入DNA配对碱基之间，使DNA分子在嵌入处局部解旋，增加ccDNA其它部位的正超螺旋11 Type II RE 二型限制性内切酶:识别位点一般为8个碱基对的回文序列 如：EcoRI 5-GAATTC-3 3-CTTAAG-5 Section D1 染色体的折叠：串珠结构 ：核心组蛋白:H2A, H2B, H3 and H4. 推荐精选 连接组蛋白 H1 核小体 30nm纤丝 高级环状结构（染色质的最高结构） 紧密缠绕结构2 着丝粒：两侧是大
7、量的名叫卫星DNA的重复序列 端粒：上百个短的重复序列 作用：端粒DNA 形成特殊的环状二级结构，保护染色体末端不被核酸外切酶降解。 抵消DNA复制时每一轮复制都导致两末端形成的后随链比母链要短一截的现象对染色体的影响3 异染色质：高度浓缩，无转录活性 常染色质：结构松散，有转录活性 DNaseI 敏感区域：对区域内DNA的转录活跃 串珠结构 DNaseI 超敏感区域：转录活跃的基因的调控区域 DNA裸露4 原核染色体结构：非特异性DNA结合蛋白：类组蛋白 位点特异性DNA结合蛋白：与特殊的DNA序列结合 有其他特殊的生理功能：RNA polymerases 对结构域的形成也很重要5推荐精选6
8、 复性动力曲线：Low C0t: 高重复 卫星DNAModerate C0t : 中重复 串联基因簇 反转座子High C0t :单拷贝或低重复 大肠杆菌基因组推荐精选7 染色体结构对基因转录的影响CpG 抑制CpG位点中的胞嘧啶的C-5常发生甲基化(CpG甲基化），CpG 甲基化可能可以DNA转录被限制哺乳动物基因组中，有些区域含有很多未甲基化的CpG 位点，被称为CpG 孤岛。甲基化转录抑制 去甲基化恢复转录组蛋白的乙酰化：核心组蛋白N-端的Lys被乙酰化，DNA与核心组蛋白体解聚。 Gene 表达被激活 去乙酰化：抑制 gene表达组蛋白的磷酸化:对组蛋白 H1 磷酸化，抑制基因表达其他
9、组蛋白 8 中心法则推荐精选Section E1 DNA复制：细胞中，一条双链DNA分子通过碱基配对，形成两条与其序列相同的DNA双链分子的过程。2 推荐精选确定DNA半保留复制 半不连续复制3 复制的基本步骤 复制为双向 大肠杆菌的复制： 起始AT含量高的区域 参与蛋白：DnaA （复制起始因子)：识别并结合于重复序列上，驱使富含AT的重复序列解链，需负超螺旋，及ATP DnaB (DNA解旋酶):DNA双链解旋，形成复制叉 SSB:(单链结合蛋白):保持解旋部分的单链状态 DnaG(引发酶/引物酶):RNA引物合成，引发复制 延伸 参与蛋白：DNA Pol III全酶：负责新链的合成:前导
10、链，冈崎片段推荐精选 DNA pol I：复制中除去引物，填补引物处空缺 终止：推荐精选4 真核生物的复制：一个细胞周期内，一个DNA分子只能复制一次Section F1 复制忠实性的机制： DNA复制的高精度：模板连和进入核苷酸在DNA聚合酶的作用位点正确配对 3到5外切核酸酶对错误碱基的校正 错配修复2 holiday模型3 Section K 1 编码链 模板链2 大肠杆菌的转录RNAP酶：核心酶：a 亚基：aNTD对核心酶的组装很重要。 aCTD在识别启动子、调节转录水平中起着非常重要的作用。 b 亚基：RNAP的催化中心。 与模板DNA、 RNA产物、及底物核糖核苷酸紧密结合。 抗生
11、素利福平结合在在b 亚基上，可以抑制RNAP的转录活性。推荐精选 利福平只抑制转录的起始。 利迪链菌素只抑制延伸而不抑制转录起始 b 亚基：可能与RNAP的催化有关。 肝素与b亚基结合后，能干扰RNAP与DNA的结合，抑制转录。 w 亚基：可能与RNAP的组装及维持RNAP结构的稳定性有关 s factor (s因子)：s factor 在启动子特异性识别过程中至关重要移动慢的原因：可以保持与翻译同步。 与有些基因转录调控相关。 有利于转录终止 RNAP没有3 5外切酶活性，不能进行转录校正。其错配率达10-4。RNAP倒退暴露新合成的错配碱基，可以有利于其他辅助核酸酶将错配碱基切除，增加转录
12、的忠实性。3 s70基础启动子的一般结构-10 序列：它对转录起始时，RNAP打开DNA双链的过程非常重要。- 10序列到TSS位点的距离对转录效率也有很大的影响-35 序列：增强RNAP s factor 的识别能力及与DNA的结合能力4 影响启动子效率的DNA序列： 核心启动子的序列：与保守序列越像，效率越高。 TSS周围序列：影响起始效率。 转录单位的前30个核苷酸的碱基序列：影响RNAP从启动子处移动出去（启动子区清空）的速率。 核心启动子附近的调控元件。推荐精选5 转录的起始：开放复合物 闭合复合物 无效起始 延伸：启动子的清空，链的延伸转录泡，s因子的循环利用 终止：依赖性 不依赖性 反复重复序列Section L1.顺式作用元件（cis-acting elements） ：一般为
