《pymol使用笔记》由会员分享，可在线阅读，更多相关《pymol使用笔记（28页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。Pymol的笔记3软件安装与初始设置3Pml格式的右键菜单3软件使用难题与Bug3单字母标记氨基酸残基Windows用户3基本知识4景深4全屏4通用命令5例一5结构显示细调5选择6选择原子6选择侧链6选择骨架上的原子6选择钙离子6选择范围内原子6从选择的原子扩展到残基6color7彩虹
2、色（反彩虹色用：rainbow_rev）7颜色举例7label7label字体7设定label距离7label举例7label氨基酸残基7氢键8氢键概念8目前使用的氢键做法：8各种方法氢键数量比较8氢键做法汇总8结构叠加比对9Align命令用法9Wiki中的align命令9静电势APBS（目前没有大问题）10各种静电势方法总结10安装10精简的步骤10分链作图11动画11Pymol出动画图方法11手工抽图方法11每帧都被光线追踪11友立GIF动画使用11Pymol教程与实例12合用的教程分类12使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较12label驴子笔记12显示氢键（活性中心）14用来寻找配体
3、口袋的残基的一个pymol命令15其他结构描述方法15Contact table15基本知识15用CCP4 NCONT16用CCP4 CONTACT/ACT16Interface16用PISA做结合分析16计算BSA的软件讨论16Ligplot17静电势DelPhi（有问题）17DelPhi v.5.1使用方法17Pymol打开DelPhi电势文件18Grasp2打开DelPhi电势文件18修结构方法搜集19修结构刚开始据说是要先修主链19修结构的时候发现 侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置.19修结构重在整体形象。19修结构新番总结20过度修正20认清身边有毒的朋友21高考阅卷
4、得到的收获23附录23基本知识23RMSD(Root Mean Squared Deviation)23氨基酸分组方法和代表性颜色23Pymol pml文件实例24C10 IQ sort24图像处理26批量裁剪264个大小相同的图片排成一个26未整理26某人总结的结构解析方法：26结构修正时遇到的问题和用到的小tips：27分子置换的步骤28COOT中添加小分子的方法28如何画出氢键28Pymol的笔记软件安装与初始设置安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。.bat文件内容如下
5、：（D:Temp，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便， pymol安装用的msi文件名的简写）msiexec /i D:Temppyt.msi新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到C:UsersYOU，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:Python27Scriptspymol.cmd。Pml格式的右键菜单后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的
6、方法如下：在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOTpml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为：C:WindowsSystem32NOTEPAD.EXE %1软件使用难题与Bug2013年12月31日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_color white设定背景色后，label就不显示了。单字母标记氨基酸残基Windows用户windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：pymolrc, pymolrc.py or pymolrc.pym从本博文下载附件（pymolrc）后拷贝到安装目录即可,无需
7、后缀名。1.6版的PyMOL目录下还有一个. pymolrc_example文件，也包括单字母氨基酸的命令。pymolrc文件里起作用的是这一段# start $HOME/.pymolrc modificationsingle =VAL:V, ILE:I, LEU:L, GLU:E, GLN:Q, ASP:D, ASN:N, HIS:H, TRP:W, PHE:F, TYR:Y, ARG:R, LYS:K, SER:S, THR:T, MET:M, ALA:A, GLY:G, PRO:P, CYS:C# end modification使用时用singleresn代替resn即可，例如1.标记
8、第77号残基，标出残基号和残基名：PyMOLlabel resi 77 and name ca, (%s/%s) % (resn, resi)#(%s/%s): 设定显示格式。 三字母格式PyMOLlabel resi 77 and name ca, (%s/%s) % (singleresn, resi)#(%s/%s): 设定显示格式。 单字母格式基本知识1. 几乎所有修饰都可以在菜单setting下面的set all里更改2. 文件操作load *.pdb3. 氢原子，水氢原子：remove hydro加氢：h_add水：4. 对象和选择的on/off5. 选择、抽出还是新建对象？png
9、 F:/BioData/IQCGStructures/Orientation/test.pngsave F:/BioData/IQCGStructures/Orientation/test.pse,format=pselog_open test.pmllog_closehide labelsutil.cbc util.cbak util.cbac util.colors util.cbab util.cbaw util.cbap util.cbc util.mrock util.cbas util.chainbow util.cbao util.cbag util.rainbow c util
10、.cbam util.cbay util.mroll util.ss 景深全屏cmd.full_screen(on)通用命令例一load C10.pdbset depth_cue, offbg_color whiteset cartoon_fancy_helices,1set ray_shadows,offset stick_radius,0.2hide everything, allremove resn hohremove (hydro)结构显示细调雾气调节：滚动鼠标中键背景色：菜单命令或者：bg_color white球的大小：set sphere_scale 1label的字体大小调节
11、：菜单上有螺旋和sheets的反面与正面颜色不同set highlight cartoon将会使beta条带和loop沿骨架的正确路径延伸并给出更精确的结构描述set cartoon_flat_sheets, 0 set cartoon_smooth_loops, 0有管状边的Ribbon螺旋set cartoon_fancy_helices, 1 #开启fancy helicesbeta-sheet厚度和宽度set cartoon_rect_width, 0.2set cartoon_rect_length, 1.4Stick粗度set stick_radius,0.2Ray无阴影set r
12、ay_shadows, offSpheres的大小set sphere_scale, 0.5选择选择原子select cc,bb or name o宏：（斜杠开头从头读取，非斜杠开头从尾读取）color yellow, /pept/lig/a/10/cacolor yellow, a/10/cashow cartoon, a/选择侧链select active,(resi 538+542 and not (name n,c,o)select SideChain, HbsResiCaM and not (name n,c,o,ca)选择骨架上的原子select eiqbone, eiq and
13、name n+c+ca选择钙离子select calciums, CA/选择范围内原子1、 How to only show structure that is several angstrom from the ligand?show stick, xxxx&HETATM around 4 (xxxx is your pdb name, 4 = 4 angstrom)HETATM指从Protein Data Bank HETATM records中载入的所有原子2、 选择a链中在B链4.5A范围内的所有原子（为什么要抽出？）extract cha,chain aextract chb,cha
14、in bselect near, cha within 4.5 of chb从选择的原子扩展到残基create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc (这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5 A的氨基酸，生成一个pocket， 9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体）color彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev）spectrum count, rainbow, ccam, byres=1颜色举例color marine,ecamncolor deepblue,ecamccolor palegreen,ccamncolor forest,ccamccolor red,eiqcolor w
