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1、第一节 PubMed PubMed概述概述1PubMed的检索方法的检索方法 2PubMed检索结果的处理检索结果的处理 3PubMed的其他工具与链接的其他工具与链接 4小结小结54.1.1 PubMed概述概述什么是什么是PubMed?v生物医学研究领域应用最广泛也最重要的数据库，生物医学研究领域应用最广泛也最重要的数据库，由美国国立卫生研究院（由美国国立卫生研究院（NIH）下属的美国国立）下属的美国国立医学图书馆（医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心）的国家生物技术信息中心（NCBI）开发、维护）开发、维护v面向全世界免费提供最新的生物医学信息面向全世界免费提供最新的生物医学信息v
2、每周每周5天更新数据，检索功能完善，使用方便天更新数据，检索功能完善，使用方便v整合在整合在NCBI的统一检索平台的统一检索平台Entrez上，与该平台上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed6PubMed发展过程发展过程1997-1983-1971-1879-PubMed网络数据库网络数据库Medline光盘数据库光盘数据库Medline联机检索系统联机检索系统Index Medicus （IM）检索期刊）检索期刊PubMed的收录范围的收录范围v收录全世界收录全世界80多个国家
3、多个国家5200多种生物医学期刊的多种生物医学期刊的文摘及题录数据文摘及题录数据v绝大部分可回溯至绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至年，最早回溯至1865年年v累积了累积了1900多万条文献记录多万条文献记录v部分文献可直接获取全文，包括：部分文献可直接获取全文，包括：PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库开放获取（Open Access，OA）期刊部分出版商提供的免费文献 v与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为Epub ahead of print（先于印刷版期刊发表的电子文献）（
4、先于印刷版期刊发表的电子文献）或或EpubPubMed的记录来源的记录来源vMedline：PubMed主体部分主体部分PubMed-indexed for MEDLINEvIn-process citations： 尚未进行尚未进行MeSH主题词主题词标引的最新文献标引的最新文献PubMed-in ProcessvPublisher supplied citations：出版商提供，：出版商提供，但不被但不被Medline收录的文献收录的文献PubMed - as supplied by publishervOLDMEDLINE：部分：部分1966年以前出版且未被年以前出版且未被MEDLIN
5、E收录的文献收录的文献PubMed-OLDMEDLINE PubMed记录的主要字段记录的主要字段字段标识：字段名称字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name LASTAU：Last Author PMID：PubMed Unique Identifier CY：Country DP：Publication Date EDAT：Entrez Date GS：Gene Symbol GN：Grant Number 字段标识：字段名称字段标识：
6、字段名称 IS：ISSN LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication Type SO：Source TA：Journal Title TI：Title TW：Text Words UID：Unique Identifiers NM：Substance Number TIAB：Title/Abstract4.1.2 PubMed的检索方法的检索方法4.1.2 PubMed的检索方法的检索方法v基本检索基本检索自动词语匹配检索著者检索期刊检索短语精确检索截词检索字段限定检索布尔
7、逻辑检索v高级检索高级检索检索史组合检索检索限定索引检索主题词检索期刊数据库检索单篇引文匹配器临床查询专类查询 PubMed主页面主页面基本检索高级检索登录My NCBI自动词语匹配检索自动词语匹配检索(Automatic Terms Mapping) v输入有实际意义的检索词，点击输入有实际意义的检索词，点击“Search”，系，系统按照自动词语匹配的原理进行检索统按照自动词语匹配的原理进行检索vPubMed最具特色的检索功能之一最具特色的检索功能之一智能化的检索过程基本原理：对输入的检索词，首先在多个索引词表进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名，再将检索词在all
8、fields（所有字段）中检索，并执行“OR”逻辑运算。如有多个检索词或短语词组，则继续将其拆分为单词后分别在all fields（所有字段）中检索，单词之间的逻辑关系为“AND”vSearch Details框详细显示自动词语匹配的实际框详细显示自动词语匹配的实际检索式检索式v有较好的查全率，同时保证一定的查准率有较好的查全率，同时保证一定的查准率v例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单的方法是在检索框中直接输入的方法是在检索框中直接输入heart attack aspirin三个词，系统即进行自动词语匹配检索，三个词，系统即进行自动词语匹配
9、检索，Detail栏栏目显示目显示PubMed实际执行的检索式为实际执行的检索式为(myocardial infarctionMeSH Terms OR (myocardialAll Fields AND infarctionAll Fields) OR myocardial infarctionAll Fields OR (heartAll Fields AND attackAll Fields) OR heart attackAll Fields) AND (aspirinMeSH Terms OR aspirinAll Fields)著者检索著者检索v在检索框中输入著者姓名，在检索框中输
10、入著者姓名，PubMed自动执行著自动执行著者检索者检索v一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献v为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信息结合起来检索息结合起来检索v2002年以后的文献，年以后的文献，PubMed可实现对姓名全称可实现对姓名全称的检索，而且姓名排列顺序不限的检索，而且姓名排列顺序不限例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。v通过字段限
11、定检索及组合检索可实现更精确的著通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者检索者检索例如，输入Smith SR 1AU可检索出第一著者为Smith SR的所有文献。 期刊检索期刊检索v在检索框中输入期刊信息，在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该自动检索出该期刊的文献：期刊的文献：刊名全称：如the American Journal of Pathology标准的Medline刊名缩写：如Am J Pathol期刊的ISSN号：如0002-9440， Am J Pathol ISSN号v当刊名与当刊名与MeSH词相同时，词相同时，PubMed默认将其作为默认将其作为MeSH词检索。
12、为避免误检，可采用刊名字段限定词检索。为避免误检，可采用刊名字段限定检索检索例如，Cell TA可检索出在期刊Cell被PubMed收录的所有文献v利用利用PubMed的的Journals Database可查找期刊的可查找期刊的详细信息详细信息 短语精确检索短语精确检索v短语精确检索是将检索词加上双引号进行强制短语精确检索是将检索词加上双引号进行强制检索检索v短语精确检索时，短语精确检索时，PubMed关闭自动词语匹配关闭自动词语匹配功能，直接将该短语作为一个检索词进行检索，功能，直接将该短语作为一个检索词进行检索，避免了自动词语匹配时将短语拆分可能造成的避免了自动词语匹配时将短语拆分可能造
13、成的误检，可提高查准率误检，可提高查准率例如，输入“metabolic syndrome”, PubMed在所有可检索字段中查找含有短语词组metabolic syndrome的文献 截词检索截词检索v在检索词后加在检索词后加“*”可实现截词检索，以提高查全可实现截词检索，以提高查全率率v截词检索时，截词检索时，PubMed关闭自动词语匹配功能关闭自动词语匹配功能 例如，输入immun*可检索出immun开头的所有词语，如immunity, immunology, immune, immunological等字段限定检索字段限定检索v字段限定检索的形式：检索词字段限定检索的形式：检索词 字段标
14、识字段标识例如，leukemia TI可检索出篇名中含有leukemia的文献myocarditis MAJR可检索出MeSH Major Topic为myocarditis的文献v字段限定检索可提高查准率字段限定检索可提高查准率布尔逻辑检索布尔逻辑检索v支持支持AND，OR，NOT布尔逻辑运算布尔逻辑运算v逻辑运算符要大写逻辑运算符要大写v直接输入几个检索词，系统默认词之间是直接输入几个检索词，系统默认词之间是AND的的逻辑组配关系逻辑组配关系v可以输入检索式的序号进行布尔逻辑运算，如可以输入检索式的序号进行布尔逻辑运算，如#1 AND #3 PubMed高级检索页面高级检索页面检索史组合检
15、索检索限定索引检索临床咨询、专题咨询、主题词检索、期刊检索、单篇引文匹配器检索史（检索史（Search History）v点击点击Search History，显示检索史，包括检索式，显示检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数序号、检索提问式、检索时间及检索结果数v单击检索式序号，显示单击检索式序号，显示Options选项，可执行选项，可执行AND, OR, NOT、Delete（删除检索式）、（删除检索式）、Go（直接检索）、（直接检索）、Details（显示检索式详情）、（显示检索式详情）、Save in My NCBI（把检索式保存在（把检索式保存在My NCBI）等不
16、同操作等不同操作v检索史最多保留检索史最多保留8小时小时 PubMed高级检索的检索史高级检索的检索史点击检索式序号，显示Options选项组合检索（组合检索（Search by Author，Journal，Publication Date，and more）v组合检索可以实现多个字段的逻辑组配检索组合检索可以实现多个字段的逻辑组配检索v默认在最近一次检索式的基础上进行字段限定检默认在最近一次检索式的基础上进行字段限定检索，以提高查准率索，以提高查准率v检索时，先选择检索字段，输入检索词（点击检索时，先选择检索字段，输入检索词（点击Index显示该检索词的索引，帮助选词），再确定显示该检索词的索引，帮助选词），再确定检索词的逻辑关系，默认为检索词的逻辑关系，默认为All of these（AND），），也可以选也可以选Any of these （OR），点击），点击Search，完成检索完成检索 举例：举例：通过组合检索查找通过组合检索查找2000年以来美国路易斯安州年以来美国路易斯安州Pennington Biomedical Research Center的的Smith SR在在
