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1、经典论文 博硕论文论文 硕士论文亦究生虢缸辟聊粹店，孑导师签章：南弘戎研究生签名：芸亚币卵导师签章： 锄弘多河北医科大学年北医科大学研究生学位论文独创性声明河学位论文使用授权及知识产权归属承诺文 中特别加以标注等内容外，文中不包含其他人己发表或撰写的研究成果，指导教师 对此进行了审定。本论文由本人独立撰写，文责自负。本论文是在导师指导下进行 的研究工作及取得的研究成果，除了否则，承担相应的法律责任。验材料、原始数 据、中报的专利等知识产权均归河北I矢科大学所有。与学位论文主要内容相关的论 文，第一署名单位为河北医科大学，试有。河北医科大学有权对本学位论文进行交 流、公开和使用。凡发表木学位论文
2、研究所获得的研究成果，其知识产权归河北医 科大学所本学位论文在导师（或指导小组）的指导下，E t本人独立完成。月日经 典论文博硕论文论文硕士论文经典论文博硕论文论文硕士论文录图16目文摘要二二1个人简历撞铤斓难芯扛奖密讲慰嘉南住1 7 冃 U 口 7研究论文一对同卵双生个澹模危良谆 常哺 梗到幔亍梗粗滦弧苯训辈牧嫌敕椒棺I水I解模危良谆诜丁剑模危练种械挠工们熬啊梗柑致邸福酚（10）恼粗性拢丈哨罚埃叮簿渎畚?博硕 论文论文硕士论文经典论文博硕论文论文硕士论文一对同多口双生个体DNA甲基化谱差异的研究（peak）的信息分析，p e a k水平的差异分析，pea k区域基因本体（gen e用于后续的
3、信息分析，包 括reads统计与分布，M e D I Ps e q序列富集区域克隆、S 0 L E X A 测序。将测序结果与参考基因组比对，可唯一比对的序列产物进行qPCR验证， 随后进行纯化及扩增，选择2 0 0 -3 0 0 b P的片段进行TA测序接头；然后将 双链DNA变性为单链，用5. mC抗体沉淀，M e D I P沉淀DNA随机打断至 1 0 0 5 0 0 b p ,进行D N A末端修复，3，末端加上f 碱基及生子的DNA甲基化谱分布特点及其Z间的差异，并且寻找到若干普遍存双生子DNA样木，应用Me D I P-s e q方法进行甲基化谱分析。首先用超声将试剂盒检测1 5个
4、常染色体STR基因座分型，选择分型完全相同的1对同卵取试剂盒（天根生 化科技有限公司）提取血液基因组DN A,用I d e n t i f i 1 e方法：收 集5对双胞胎新生儿脐带血，应用DP. 3 1 8血液基因组DNA提在的差异位点 ,为在表观遗传水平建立同卵双生子识别系统提供基础。完全相同，享有共同的D N A序列。在法医D N A分析领域，现有的D N A遗sequenc i n g , M e D I Ps e q ）,探索在新生儿同卵双同作用下，发育为两个完全独立的个体， 因此同卵双生两个体的遗传背景twins, MZ）是由一个受精卵在内在和外在 因素的共过程。本研究采用甲基化免
5、疫共沉淀结合高通量测序的方法（me t h y 1 a t e d而且每一个体的表观遗传水平在生命的每个阶段也是呈现一种动态变化 无论在整个表观遗传组水平还是对于特异位点都存在着表观遗传的差异，另鸚目前 ,众多对于同卵双生子表观遗传学的研究都己证实，同卵双生子DNA序列完全相同的同卵双生个体，现有的DNA分析手段尚不能有效鉴传分析系统理论上可以识 别除同卵双生子外的所有个体。然而，对于遗传共价修饰，其主要发生在CpG二 核昔酸。作为表观遗传学的重要研究内容目之一，它在调节细胞的分化增殖、人体 生命活动中发挥着重要作用。同卵摘的：DNA甲基化是指在基因组DNA中胞卩密噪第5位碳原子发牛甲基双牛子
6、（巴 onozygotici mm u n o p r e c i p i tat i o n要甲基化差异位 点，作为启续研究的候选位点。ontology, G 0 ）分析。根据分崭姑果， 从中选择适合于法医DNA分析的DNA中文摘要DNA经典论文博硕论文论文 硕士论文1觥1 6 5, 5 7 9, 9 8 5条e a d s，分别占总2初步证实了 DNA甲基 化鉴别同卵双生个体的可行性，并从上述差异序化差异的序列，其中5 9 5条位于 基因区域，1 6 1 0条位于基因间区。列中筛选岀1 1 3个甲基化差异区域作为法 医DNA分析的候选位点，为后甲基化谱系特征，并进行差异位点的筛选，找到2
7、2 0 5条存在DNA甲基1本研究首次应用Me D I Ps e q的方法检测一对新 牛儿同卵双牛个体DNA结论：结果：区。从这些差异片段中，我们最终选出1 1 3个片段作为后续分析的候选位在DNA甲基化差异的序列，其中5 9 5条位于基 因区域，1 6 1 0条位于基因间元件，共得至f J 4 7 7个差异基因功能元件。对 这些寻找到的基因功能元件进行G 0功能富集发现这些差异基因在G 0的三个分支 中均有分布，只是分布据，包含有7 3 , 4 6 9, 3 8 8条reads，每条re a d s读长为4 9 b po将这些reads与参考D 1基木牛物信息分析：对于此 对同卵双胞胎的M
8、e D I P顿，0序，各获得3 . 6G数2e D I P一 s e q序列富集区域（P e a k）信息分析：统计可唯一比对read s的富introns分布最多。对这些p e a k J f （ 1关基因进行G 0功能注 释分析，发现在GO各基因功能元件的统计发现两样本在各元件均有分布，但均以 internal似，然而数目却有所不同。统计P e a k在各基因功能元件分布， 发现peak在6 0 07 0 0 b p长度区间拥有最多的p e a k,并且虽然在各 长度区间分布趋势相6. 5 3 %和5. 2 9 %。统计这些peak在各长度区间的 分布，发现两样本均在集区域（peak），
9、各得至I J 2 5 7 , 3 6 2条和1 9 7 , 2 7 2条p e a k,基因组覆盖率达到MN A甲基化差异序列分析：在基因相 关区域统计两样木间差异基因功能为3 32 5%和3 8. 76%,覆盖深度分别 为3. 22和27 6 o统计可唯一比对reads在然而在短散在重复序歹1 J / A 1 u序列分布最多。域分布最多。统计在各重复区域的分布，发现在多个重复 区域均有分布，基因各功能元件分布，发现在各功能元件均有分布但分布不均，以 重复区5 0 , 0 6 9, 0 2 0条，分别占可比对数目的7 477%禾17 6. 3 5 %。基因组覆盖率分别8 9 . 2 6 %,其
10、中可唯一比对的reads分别为4 8 ,7 5 4, 6 9 2署1 1基因组比对，两样本分别获得6 5 , 2 0 7, 7 1水平不 同。在全基因组范围内寻找具有显著差异的区域，共找至I J 2 2 0 5条存的三项 功能条目中均有分布但分布不均。reads的8 8. 75%并N中文摘要3占J 、经典论文博硕论文论文硕士论文续鉴别同卵双牛个体的研究提供了思路和基础。甲基化的免疫共沉淀；高通量测 序关键词：同卵双生子；DNA甲基化；法医遗传学；表观遗传学；DNA中文摘 要经典论文博硕论文论文硕士论文茎杳塑墨. d1ffer ent1at10n M0n0zygo t1c呷）s u b j 0b
11、Ject1Ve :D N AMeDIPseqThe(MeDI p一 s e q )t0Meth0d :Gen0meMZMeDipreDe at(S TR ) w i th A B ST R ACTeff1c1en t1y0fsyna m1cd if f e r e n t i a 1 t w o D N A b e簷暢澹澹睿恚铮睿铮纾铮簷掠悖穡颍铮妫掠欤澹笠删京睿蜕恚澹笠瑁欤幔釧京铮睿穡幔幔澹恚粒幔掠睿桑樱笠酰洌 狎掠睿洌掠睿纾穡澹颍妫铮颍恚澹洌妫颍幔纾恚澹睿签幔洌幔穡签铮颍场澹睿 洌酰睿恚澹籃瑁欤幔籃澹洌模澹睿幔籃酰颍澹洌鳗澹颍澹欤掠纾幔籃掠铮睿妫颍 幔纾恚澹睿签幔洌洌掠签掠铮睿虫息掠睿纾欤
12、滩虫息签颍幔睿洌恚澹签瑁颍妫幔 签澹疽摺癒颍幔睿纾掠睿纾妫颍|幔纾恚澹睿笠嗯颍幔睿洌铮恚虫息铮睿掠悖幔笠澹洌纾澹睿铮恚澹猱穡牛睿汩颍澹穡幔 掠颍悖幔穡赛酰颍澹洌澹悖赛澹洌唸澹瘢酰澹睿悖澹洌桑洌澹睿赛掠妫掠欤澹颍溃 耄掠笠牵澹睿铮恚澹担恚澹笠瑁欤幔恚穡欤掠妫掠澹洌穡颍铮笠澹欤睿笠瑁 澹掠颍澹睿颍掠悖瑁澹洌澹 籍颍幔悖籍掠铮睿埃虫息掠 澹埃埃猱穡模小#常酰蝗 掠睿纾担猱欤铮铮洌悖铮颍洌澹笠颍幔悖笠澹洌錫幔由息穡酰颍掠妫掠澹洌幔睿幔 欤虫息掠嗯妫铮颍颍澹纾掠铮睿嗯洌掠妫妫澹颍澹睿笠嗯铮恚澹洌掠嗯悖铮解澹 颍登踢掠睿唸瑁铮穡掠睿纾穡埃穡颍铮妫掠欤澹悖铮恚穡幔颍澹掠睿斛澹唸登掠 纾幔笠澹悖桑铮睿澹噓澹瘢
13、酰澹睿悖掠睿纾掠恚恚酰睿铮穡颍澹悖欤穡欤笠幔笠欤 铮睿恚澹籠瑁欤幔籠澹洌蝗模澹悖掠妫掠悖幔欤欤鱷澹悖铮恚妫掠颍恚籠瑁掠 由 息颍澹恚铮解澹洌笠幔恚洌澹恚瘢校茫遥牛睿颍掠悖瑁澹洌笠瑁颍铮酰纾瑁铮酰 笠虫息铮欤澹幔裕瑁澹洌澹睿铮恚澹悖瑁幔睿纾掠睿纾掠虫息錫掠笠瑁澹穡掠纾澹 睿澹赛掠悖唸瑁铮颍赛唸穡澹悖掠妫掠悖幔睿洌澹穡掠纾澹睿铮恚澹竭瑁铮欤澹洌 掠妫妫澹颍澹睿悖澹嗯恚幔睿笠瑁澹颍澹笠瑁幔笠悖铮睿妫掠颍恚澹洌瑁幔解澹 澹穡掠纾澹睿澹籠掠悖虫息耄掠籠虫息籠酰洌掠澹虫息妫幔颍恚幔睿籠鱷掠睿虫息樱 铮纾澹悖澹穡笠笠瑁澹铮颍澹笠掠悖幔欤欤錫铮颍欤洌唸笠酰洌幔欤欤穡澹 颍嗯铮睿嗯妫掠洌澹睿签掠猱颍幔睿悖瑁嗯嗯
14、签澹恚幔睿幔欤嗯掠嗯？ a ir gen et1cs ,thef 0rens1cf1e1dseg gS Infer t11 izeds amedi nuc1e0t1defr0mi nt heys1n ceg eneti csreg arded4 ident1ca.1，in base ,w h1c htw1n sce11 r01e1mp0rtanta1 wa ysp1ay seP igene t1cs,DN Acyt0s1nema1r sm ethy1a t1o n5，c1 pG 3As s (5 q u e n c e 13 y m(D (1if ie d0ft he ref ersc0 Va1en t1yVertebrateDN Aa n1ma1s
