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1、基因重组和基因工程Genetic Recombination and Genetic Engineering,第一节 自然界DNA重组和基因转移是经常发生的 DNA Recombination and Gene Transfer Occur Frequently in Nature,DNA重组,发生在同源序列间的重组称为同源重组(homologous recombination)，又称基本重组（general recombination）。是最基本的DNA重组方式，通过链的断裂和再连接，在两个DNA分子同源序列间进行单链或双链片段的交换。,以E.coli的同源重组为例，了解同源重组机制的Hol
2、liday模型。,一、同源重组是最基本的DNA重组方式,Holliday模型的4个关键步骤：,两个同源染色体DNA排列整齐；,一个DNA的一条链断裂、并与另一个DNA对应的链连接，形成Holliday中间体；,通过分支移动产生异源双链DNA；,Holliday中间体切开并修复，形成两个双链重组体DNA，分别为：,5,片段重组体,拼接重组体,二、细菌的基因转移与重组有四种方式,（一）接合作用,当细胞与细胞、或细菌通过菌毛相互接触时，质粒DNA从一个细胞（细菌）转移至另一细胞（细菌）的DNA转移称为接合作用(conjugation)。,可接合质粒如 F 因子(F factor),细菌染色体外的小型
3、环状双链DNA分子。,质粒,（二）转化作用,通过自动获取或人为地供给外源DNA，使细胞或培养的受体细胞获得新的遗传表型，称为转化作用 (transformation)。,例：溶菌时，裂解的DNA片段被另一细菌摄取。,（三）转导作用,当病毒从被感染的（供体）细胞释放出来、再次感染另一（供体）细胞时，发生在供体细胞与受体细胞之间的DNA转移及基因重组即为转导作用(transduction)。,噬菌体的生活史,溶菌生长途径 (lysis pathway) 溶源菌生长途径 (lysogenic pathway),三、位点特异重组，即特异位点间发生的整合,位点特异重组(site-specific rec
4、ombination) 是由整合酶催化，在两个DNA序列的特异位点间发生的整合。,噬菌体的整合酶识别噬菌体和宿主染色体的特异靶位点发生选择性整合；反转录病毒整合酶可特异地识别、整合反转录病毒cDNA的长末端重复序列(long terminal repeat, LTR)。,（一）噬菌体DNA的整合,（二）细菌的特异位点重组,沙门菌H片段倒位决定鞭毛相转变。,hix为反向重复序列，它们之间的H片段可在Hin控制下进行特异位点重组(倒位)。H片段上有两个启动子P，其一驱动hin基因表达，另一正向时驱动H2和rH1基因表达，反向(倒位)时H2和rH1不表达。rH1为H1的阻遏蛋白基因。,沙门菌H片段倒
5、位决定鞭毛相转变,（三）免疫球蛋白基因的重排,免疫球蛋白(Ig)，由两条轻链(L链)和两条重链(H链)组成，分别由三个独立的基因族编码，其中两个编码轻链(和)，一个编码重链。,轻链的基因片段：,重链的基因片段：,重链(IgH)基因的V-D-J重排和轻链(IgL)基因的V-J重排均发生在特异位点上。在V片段的下游，J片段的上游以及D片段的两侧均存在保守的重组信号序列(recombination signal sequence, RSS)。此重排的重组酶基因rag (recombination activating gene)共有两个，分别产生蛋白质RAG1和RAG2。,V,J,分子内转酯反应,单
6、链切开 转移核苷酸 修复、连接,免疫球蛋白基因重排过程,四、转座重组,由插入序列和转座子介导的基因移位或重排称为转座(transposition)。,大多数基因在基因组内的位置是固定的，但有些基因可以从一个位置移动到另一位置。这些可移动的DNA序列包括插入序列和转座子。,插入序列(insertion sequences, IS)组成：,（一）插入序列转座,二个分离的反向重复(inverted repeats, IR)序列,特有的正向重复序列,一个转座酶（transposase)编码基因,插入序列发生转座的形式：,保守性转座(conservative transposition),复制性转座(d
7、uplicative transposition),插入序列的复制性转座,转座子(transposons) 可从一个染色体位点转移到另一位点的分散重复序列。,（二）转座子转座,转座子组成：,反向重复序列 转座酶编码基因 抗生素抗性等有用的基因,细菌的可流动性元件 A插入序列：转座酶编码基因两侧连接反向末端重复序列(箭头所示) B转座子Tn3：含有转座酶、-内酰胺酶及阻遏蛋白编码基因 C转座子Tn10：含四环素抗性基因及两个相同的插入序列IS10L,由转座子介导的转座,第二节 重组DNA技术 又称DNA克隆或分子克隆,DNA Recombination Technique is also Cal
8、led DNA Cloning or Molecular Clone,重组DNA技术的发展史,1865年 G.J.Mendel的豌豆杂交试验。 1944年 O.T.Avery的肺炎球菌转化实验。 1973年 美国斯坦福大学的科学家构建第一个重组DNA分子。 1977年 美国南旧金山由博耶和斯旺森建立世界上第一家遗传工程公司，专门应用重组DNA技术制造医学上重要的药物。 1980年 开始建造第一家应用重组DNA技术生产胰岛素的工厂。 1997年 英国罗林研究所成功的克隆了多莉。,相关概念DNA克隆工具酶目的基因基因载体 基本原理 重组DNA技术与医学的关系,本节主要内容：,一、重组DNA技术相关
9、概念,克隆(clone):来自同一始祖的相同副本或拷贝的集合。,获取同一拷贝的过程称为克隆化(cloning)，即无性繁殖。,（一） DNA克隆,技术水平：分子克隆(molecular clone)（即DNA 克隆） 细胞克隆个体克隆（动物或植物）,应用酶学的方法，在体外将各种来源的遗传物质（同源的或异源的、原核的或真核的、天然的或人工的DNA）与载体DNA接合成一具有自我复制能力的DNA分子复制子(replicon)，继而通过转化或转染宿主细胞，筛选出含有目的基因的转化子细胞，再进行扩增提取获得大量同一DNA分子，也称基因克隆或重组DNA (recombinant DNA) 。,DNA克隆,
10、生物技术工程: 基因工程、蛋白质工程、酶工程、细胞工程等,目的： 分离获得某一感兴趣的基因或DNA 获得感兴趣基因的表达产物（蛋白质）,基因工程(genetic engineering) 实现基因克隆所用的方法及相关的工作称基因工程，又称重组DNA工艺学。,（二）工具酶,限制性核酸内切酶DNA聚合酶逆转录酶T4DNA连接酶碱性磷酸酶末端转移酶Taq DNA聚合酶,重组DNA技术中常用的工具酶,限制性核酸内切酶(restriction endonuclease),限制性核酸内切酶(restriction endonuclease, RE)是识别DNA的特异序列, 并在识别位点或其周围切割双链DN
11、A的一类内切酶。,+,Bam H,定义：,与甲基化酶共同构成细菌的限制修饰系统，限制外源DNA，保护自身DNA。,、（基因工程技术中常用型）,分类：,作用：,第一个字母取自产生该酶的细菌属名，用大写； 第二、第三个字母是该细菌的种名，用小写； 第四个字母代表株； 用罗马数字表示发现的先后次序。,命名：,Hin d,Haemophilus influenzae d株 流感嗜血杆菌d株的第三种酶,类酶识别序列特点 回文结构(palindrome),切口 ：平端切口、粘端切口,Bam H,+,Hind,+,平端切口,粘端切口,来源不同的限制酶，但能识别和切割同一位点，这些酶称同功异源酶。,+,Bam
12、 H,+,Bst,同功异源酶：,有些限制性内切酶虽然识别序列不完全相同，但切割DNA后，产生相同的粘性末端，称为同尾酶。这两个相同的粘性末端称为配伍未端(compatible end)。,Bam H,Bg l,+,+,同尾酶,限制性内切核酸酶,（三）目的基因(target gene),cDNA (complementary DNA)指经反转录合成的、与RNA (通常指mRNA或病毒RNA)互补的单链DNA。以单链cDNA为模板、经聚合反应可合成双链cDNA。 基因组DNA (genomic DNA)指代表一个细胞或生物体整套遗传信息(染色体及线粒体)的所有DNA序列。,（四）基因载体,定义 为
13、携带目的基因，实现其无性繁殖或表达有意义的蛋白质所采用的一些DNA分子。,常用载体 质粒DNA 噬菌体DNA 病毒DNA,克隆载体(cloning vector) 为使插入的外源DNA序列被扩增而特意设计的载体称为克隆载体。,表达载体(expression vector) 为使插入的外源DNA序列可转录翻译成 多肽链而特意设计的载体称为表达载体。,载体的选择标准：,能自主复制； 具有两个以上的遗传标记物，便于重组体的筛选和鉴定； 有克隆位点（外源DNA插入点），常具有多个单一酶切位点，称为多克隆位点； 分子量小，以容纳较大的外源DNA。,质粒 (plasmid),特点: 能在宿主细胞内独立自主
14、复制；带有某些遗传信息, 会赋予宿主细胞一些遗传性状。,噬菌体DNA改造系统 gt系列（插入型，适用cDNA克隆）EMBL系列（置换型，适用基因组克隆）,噬菌体(phage),M13噬菌体DNA改造系统（含lacZ基因）M13mp系列pUC系列,3. 粘性质粒(cosmid),酵母人工染色体(yeast artificial chromosome, YAC)细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome, BAC)动物病毒DNA改造的载体（如腺病毒，腺病毒相关病毒，逆转录病毒）,其他,原核表达载体(prokaryotic expression vector)目前
15、应用最广泛的是大肠杆菌表达载体。真核表达载体(eukaryotic expression vector)酵母表达载体、昆虫表达载体和哺乳类细胞表达载体,表达载体,二、重组DNA技术基本原理,基本原理,以质粒为载体的 DNA克隆过程,（一）目的基因的获取（分）,化学合成法 要求：已知目的基因的核苷酸序列或其产物的氨基酸序列 。 基因组DNA文库(genomic DNA library) cDNA文库(cDNA library) 聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR) (见第22章),化学合成法获取目的基因,由已知氨基酸序列推测可能的DNA序列。,组织或细胞染
16、色体DNA,基因片断,克隆载体,重组DNA分子,含重组分子的转化菌,限制性内切酶,受体菌,基因组DNA文库 存在于转化细胞内由克隆载体所携带的所有基因组DNA的集合,从基因组DNA文库获取目的基因,用随机切割的真核生物染色体DNA片段构建基因文库,从cDNA文库获取目的基因,（二）克隆载体的选择和构建（选）,目的不同，操作基因的性质不同，载体的选择和改建方法也不同。,（三）外源基因与载体的连接（接）,方式：(1)同一限制酶切位点连接(2)不同限制酶切位点连接 配伍末端连接 非配伍末端连接,粘性末端连接,Bam H切割反应,T4 DNA连接酶 15C,同一限制酶切位点连接,不同限制酶切位点（非配伍末端）的连接,配伍末端的连接情况和同一限制酶切位点连接相似。,平端连接,限制性内切酶切割产生的平端 粘端补齐或切平形成的平端,适用于：,在末端转移酶(terminal transferase) 的作用下，在DNA片段末端加上同聚物序列、制造出粘性末端，再进行粘端连接。,
