化学信息学(第二版)ch3_scifinder

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1、第三章 常用文献数据库(SciFinder),化 学 信 息 学,美国化学文摘社(CAS),SciFinder Scholar数据库背景,光盘,1907年,纸本1977年,1997年,2002年,2007年,SciFinder Scholar 2007 SciFinderScholar跨世纪工程,CA印刷版、光盘版和网络版区别,CA print,CA on CD,SciFinder,包含文献起始日期更新周期主题检索普通物质名称检索分子式检索结构式检索亚结构式检索相似结构式检索反应式检索类反应式检索分析与二次检索检索效率检索速度,1907几个月低慢,1977一个多月不高快捷,1907(上万条记录

2、 回溯到1900年以前)一天高效尚可,SciFinder 的检索数据库,CAplus(书目)大于2600万条文章记录,包含CA纸本 的所有内容,同时还收录1907年以前的上万条记录。CASREACT(化学反应) 3000多万个有机无机物质, 5800多万生物序列,世界上最大的物质数据库。REGISTRY(化学物质 )1100万条化合物商品信息, 世界上最大的化学品商业数据库。CHEMCATS(商业化学物质) 1100万条化合物商品 信息,世界上最大的化学品商业数据库。CHEMLIST(化合物目录)近24万条管制品信息。MEDLINE(医学)大于1600万条文章记录。,SciFinder包含的子

3、数据库,期刊,会议报告,提炼出溶剂,催化,结构信息,物性数据,合成信息,专利CAPlus,论文Medline,Registry,剂,产率等反应信息CASReact,Chemcats,Chemlist,CAplus,REGISTRY,多步反应,追溯到1900年,包括物质的各种,年,CASREACT1800万的单步和,CHEMCATS3500万的物质,具有商业信息超过900家供应商信息超过1000个商业目录提供联系方式/,CHEMLIST 24.8万种的管,制品信息 来自13个国家 或国际性组织 每周更新 包括了物质的 保存、管理等 信息,SM3100万条记录,10,000份期刊 59个专利组织的

4、 专利 每天更新3000条 文献追溯至1808 年,CASSM6100万条的生物,序列 5000万的小分子反应来源于专利 每天更新和期刊 报道的物质信息每周更新30,000-50,000条名称和物理化学属 反应追溯至1840 性,订购信息SciFinder 还提供生物医学信息数据库MEDLINE(美国国家医学图书馆),子数据库内容简介,高分子9%,SciFinder 学科复盖物理24%,应用 19%,有机5%2002年生物43%厦门大学可使用SciFinder Scholar 的学院有:化学化工学院 、生命 科学学院 、海洋与环境学院 、医学院、 物理学与机电工程学院。只 有在计算机和数学领域

5、,物理学的某些领域(如天体物理学,地球 物理学),以及描述植物学和动物学的一些领域例外。,SciFinder 的化学 覆盖范围,生物化学、遗传学、免疫学、 药理学、毒理学、发酵 。, ,有机化学。 材料化学(高分子):聚合 物、塑料、纺织、橡胶粘合,剂等。,应用化学和化学工程:加工、 工业化学、金属/合金、陶瓷、 环境科学等。 物理化学、无机化学、分析 化学,高分子9.3%,应用化学/化学工程20.9%,物理/无机 /分析化学27.5%,生物化学33.9%,有机化学8.4%,启动显示窗口,新任务,操作界面菜单栏工具栏检索定位,浏览,工具栏,新任务的检索、定位和浏览窗口,文献、物质、反应的检索,

6、文献、物质的定位,期刊浏览,Task,ExploreLocateBrowse,SciFinder 的详细任务分类Research Topic (Literature)Author Name (Literature),Campany Name (Literature)Chemical Structure (Substances)Molecular Formula (Substances)Reaction Structure (Reactions)Bibliographic Information (Literature)Document Indentifier (Literature)Subst

7、ance Indentifier (Substances)Journals,文献的研究主题检索,完整概念,二个相关概念包含二个概念获取文献,单一概念,文献的研究主题检索(续),SciFinder 文献检索的特点,先提一个最为广泛的问题。在候选主题中根据需要选择合适 选项:包含精确的检索词、相关概念、文献中任何位置出现 数个概念、包含单一概念等候选主题。以提高的查全率。 通过检索结果的Analyze/Refine中的精检功能,不断的修正 检索思路,可以缩小检索的范围,以提高查准率。 通过Analyze/Refine功能的分析功能,可获取新的知识点和 灵感。 将不同的Analyze/Refine功

8、能组合起来用,可以获得更多的 有益信息。 通过Get Related来获得更多的相关信息,再提高查全率。 合理地交错使用Analyze/Refine和Get Related,调整查全率 和查准率,达到最佳检索效果。,文献的作者姓名检索,获取文献,文献的作者姓名检索,公司和研究机构名称检索,分析与精检,机构名称检索的精检,机构名称检索的文献类型分析,机构名称检索的分类,化学物质检索的二维分子图形,获取化学物质,获取化学物质条件,化学物质的检索结果及反应角色,反应物的详细信息,鼠标右键点击,化学物质详细信息及实验性质,化学物质的分子式检索,化学反应式检索,获取化学反应,获取反应式的条件限制,反应式

9、检索结果中获取商业资源,鼠标右键点击,商业资源和供应商详细信息,子结构检索,获取化学物质,获取子结构的条件限制,若有立体信息 则自动分析,化学物质子结构检索结果,三维分子模型显示,子结构分析,DS ViewerPro 的二维显示,DS ViewerPro 的三维显示,子结构的环分析,带原子和化学键的环骨架分析,定位,美国专利,定位检索结果和文献详细信息,获取专利全文,美国专利局的专利文献和全文,化学物质的标识定位,获取参考文献,获取参考文献信息,获取文献全文,通过 ChemPort 获取专利全文,文献浏览的期刊选择,最新期显示和特定期的选择,特定期的显示和全文的获取,HTML和PDF全文,答案

10、集组合的分类,检索实例:检索华法林和草本植物的相互作用,但不包括中药丹参 的检索实例。,A OR B,A AND B,B NOT A,A NOT B,评估结果,第一组检索主题和候选类确定,第一组检索答案集的保存,第二组检索主题和候选类确定,打开第一组保存的答案集,两组答案集的组合,检索结果的保存及文件格式,保存文件的格式,SciFinder Saved Answers:保存答案集,文件扩展名 为sfr。 Rich Text Format:RTF格式,Word 字处理软件可读 入RTF 格式文件。 Quoted Format:数据的信息之间使用引号分隔的文本 格式,文件扩展名为 txt。 Tag

11、ged Text:标记文件格式,数据的字段以特定的标 记说明。可以供文献管理程序(如Reference Manager、 EndNote等)导入 ,文件扩展名为 txt。 Answer Keys:文献只以CAN文摘编号,化学物质以 CA登记号保存,文件扩展名为 txt。 Plain ASCII:普通文本格式,文件扩展名为 txt。,SciFinder 的优缺点,SciFinder Scholar数据库质量高、收录时间长,它集参考文献、专利信 息、有机及无机化学物质、单多步化学反应、商用化学药品和备案及受 管制物质等数据库为一体。 检索方法与其它数据库的传统检索方法不同。使用传统方法对未知具体

12、的问题进行检索,很可能遗漏重要信息。SciFinder Scholar使用宽泛的 研究主题、自然语言进行广义检索,以提高查全率,再配合很强的分析、 分类功能,进行多种可能性的选择,利用后处理功能系统性地缩小答案 范围(尤其是通过基于索引的后处理工具),轻松处理大量结果,以提 高查准率,获取新的启示和有用信息。 带有分子二维结构图和化学反应检索和高质量三维分子显示。数据库之 间的相互链接功能强,可以快速、方便地获得到全面的信息,包括连接 电子期刊全文。 价格高昂,7用户每年使用费用100万元左右。 检索必须连接到CAS服务器进行,速度相对较慢。 没有其它数据库所带有相关记录功能。例如,Web o

13、f Science 利用相同 参考文献的数量列出相关记录。 CAS监控授权IP日常的检索和下载活动,不许过量下载。,SciFinder :不再只是关注于化学,,SciFinder研究主题演示,五味子属植物的化学成分研究进展,Research Progress in Chemical Constituents of Schisandra,SciFinder研究主题演示,希望得到的信息:,有哪些五味子属植物做过植物化学的研究五味子属植物中存在哪些类型的有机化合物五味子属植物及其化合物有哪些药理活性良好药理活性的化合物可以做怎样的结构修饰,用 chemical constituents of sch

14、isandra做研究主题检索,一般最佳在23个Concepts(关键词),最多不超过5个 最好使用介词分开关键词;介词能被识别 识别常用缩写、单复数、过去式等 可用括号,括号内为前词的同义词 不能用!或*(删减字符或通配符),Filter: 可以限定文献的出版时 间、类型、作者和单位,进行 更明确的检索。,SciFinder化学结构检索演示,硫酸氢氯吡格雷及其类似物的研发进展,从仿制到创新的研发之路,血小板聚集抑制剂,新型噻吩吡啶类衍生物。,Explorer Substances-Chemical Structure,化学结构检索提供 三种检索方式:,精确结构检索; 亚结构检索; 相似结构检索

15、,精确结构检索,详细信息,得到物质的盐,同位素,配合物,聚合物或者其他的混合物形式,获得文献,化学品的商业信息,得到氯吡格雷的反应132条,亚结构检索噻吩吡啶类衍生物的研究进展寻找氯吡格雷、普拉格雷在结构上的相似点,N,S,OAc,O,F,S,OCH3N,O,Cl,普拉格雷(prasugrel ),氯吡格雷(clopidogrel ),可变卤素取代,锁定原子,索,R1=C,O,N,S亚结构检,对检索结果进行后处理!,Analyze Real-atom attachments,Analyze Variable group (A, Q, X and M),composition,Analyze R-group composition,Analyze-Ring skeletons,相似结构检索-对精确结构检索和亚结构检索的补充,

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