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1、PubMed及其EBM文献检索,天津医科大学图书馆 郭雪梅2015.9.30.,一、PubMed概述 1.简介 2.PubMed收录范围 3.PubMed特点 4.检索途径与使用方法 基本检索、高级检索、主题词检索 期刊检索、题录检索、定题检索 基本检索规则、注册,二、循证医学文献的查找 1.临床查询（Clinical Queries） (1)Clinical Study Categories（临床研究类文献） (2)Systematic Reviews（系统评价） (3)Medical Genetics（医学遗传学） 2.MeSH: MeSH Clinical Queries 3.Limit
2、s限定选项 4.直接以systematic review、Cochrane、meta-analysis、Randomized Controlled Trial等为关键词进行检索。 5.Clinical Trials(http:/clinicaltrials.gov/) 三、临床案例,PubMed是生物医学领域最重要和权威的数据库之一，由美国国立医学图书馆(National Library of Medicine, NLM)下属美国生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)研制开发，可通过网络免费访问(http:/w
3、ww.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)。NCBI的任务: 利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。,一、PubMed概述 1.简介,2.PubMed收录范围PubMed收录全世界包括美国在内80多个国家的5000余种生物医学期刊的文摘及题录数据，主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容
4、。2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。 文献来源： 80多个国家和地区；近5000种生物医学期刊 美国卫生研究院文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选 NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。 近年数据涉及37种语种，回溯至1949年的数据涉及60种语种。47%为美国本土出版文献，90%为英文文献，79%的文献有文摘。 （以上由2009年7月数据库提供）,PubMed提供部分免费全文，包括 NLM开发的免费生物医学数字化期刊全
5、文数据库PubMed Central(PMC)； 开放获取(Open Access, OA)期刊的文献； 部分出版商提供的免费期刊文献。 PubMed每条记录均有惟一的识别号PMID(PubMed Unique Identifier) 。 MEDLINE: 1966 to prensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有：PubMed-indexed for MEDLINE In Process Citation: 又称PreMEDLINE,最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字段.记录均标有PubMed-in process Publisher-S
6、upplied Citation:出版商提供的电子文献题录，记录均标有PubMed-as supplied by publisher,分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一直标注PubMed-as supplied by publisher或PubMed,一、PubMed概述2.PubMed收录范围,PubMed-indexed for MEDLINE,PubMed-as supplied by publisher,PubMed-in process,一、PubMed概述3.P
7、ubMed 特点 (1)收录文献范围广、内容齐全、回溯年限长 (2)免费提供题录、文摘及部分全文 (3)检索功能完善，使用简单方便 (4)提供检索词自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping,ATM )、 MeSH主题词检索(MeSH Translation Table) (5)提供相关文献链接:Related citations、Linkout (6)更新速度快:数据实时更新 (7)个性化服务(My NCBI),检索词自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping,ATM)PubMed对键入的检索词自动进行分析、匹配、转换并检索，是一种智能化的检索过程。
8、MeSH转换表(MeSH Translation Table)protein c “protein c“MeSH Terms OR “protein c“All Fields 期刊转换表(Journals translation table)new england journal of medicine “N Engl J Med“Journal OR “new england journal of medicine“All Fields 作者索引及转换表(full author translation table)Smith JA Smith JAAuthor,一、PubMed概述4.检索途
9、径与使用方法基本检索高级检索主题词检索题录检索期刊检索定题检索基本检索规则注册,检索途径 1.基本检索 2.高级检索 3.主题词检索 4.题录检索 5.期刊检索,EBM文献,基本检索,例1:检索2008年-2012年有关肾衰(renal failure)诊断方面的文献。要求：英文、综述,输出方式选择（send to）,File：保存检索结果为文本文件 Clipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时。 Email: 通过邮件发送 Collections：将检索结果存到My NCBI中 Order：全文传递服务，需帐号、收费。,(
10、“renal insufficiency“MeSH Terms OR (“renal“All Fields AND“insufficiency“All Fields) OR “renal insufficiency“All Fields OR(“renal“All Fields AND “failure“All Fields) OR “renal failure“All Fields)AND (“diagnosis“Subheading OR “diagnosis“All Fields OR “diagnosis“ MeSH Terms) AND (“2008/01/01“PDAT : “20
11、12/12/31“PDAT) ANDReviewptyp AND Englishlang),发送频率,例2:检索天津医科大学孙保存教授2011-2012年发表的文献,例3： aloe psoriasis（芦荟治疗牛皮癣的文献）,多个检索词输入,字段限定符： ，空格按词组匹配 如：aloe AND psoriasisti,逻辑运算式输入： aloe AND psoriasisti 牛皮癣出现在篇名中,stem cell transplantationti,字段限定stem cell transplantationti,著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。 如: smith abau “pa
12、ulsen e”au,逻辑运算式输入： Paulsen E撰写的芦荟治疗牛皮癣的文章,刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, so如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO）,截词检索 注意：检索词自动转换匹配功能关闭,词组检索 注意：检索词自动转换匹配功能关闭,PubMed记录字段说明,禁用词表,例4:通过主题词途径检索2008年至今有关肾衰(renal failure)方面的英文文献,主题词检索,急性肾损伤,肾功能不全,MeSH主题词倒置形式,Kidney
13、 Failure, Chronic,急性肾损伤,肾功能不全,副主题词,主题词加权检索、不扩展检索选项,例4:通过主题词途径检索2008年至今有关肾衰诊断方面的英文文献,泌尿系疾病,男性泌尿生殖系统疾病,女性泌尿生殖系统疾病和妊娠并发症女性泌尿生殖系统疾病,肾小管坏死，急性,慢性肾功能不全,主题词,下位主题词,下位主题词,主题词,例5:通过主题词途径检索有关肾衰诊断方面的文献。要求:主题词加权检索,仅对主题词进行加权检索,MeSH词检索,例6：2006-11年关于舌根癌治疗的文献。 课题分析： 舌根癌的不同表达形式（OR）：tongue base cancer、 cancer/carcinoma
14、/tumor of tongue base、 cancer of the base of tongue 治疗的不同表达形式（OR） ：therapy/treat/treatment, surgery, radiotherapy 两个概念之间：舌根癌 AND 治疗,初步结果，未限定年份,设定的限制,自由词检索查全文献（控制词未启用年份）,输入(tongueti AND baseti AND (cancerti OR carcinomati OR tumorti) AND (therapy OR treat* OR surgery OR radiotherap* OR rehabilitat*),
15、MeSH词检索,例7：用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。 课题分析： 匹配物质名称：mycophenolate mofetil 匹配主题词：renal failure, treatment effect（AND） 匹配副主题词：drug therapy, surgery, therapy,rehabilitation,疾病概念MeSH检索,MeSH检索的优点,查全同义词:如：renal/kidney insufficiency; tongue cancer/tumor 查全子概念:如：acute kidney injury;ATN;chronic ki
16、dney insufficiency;,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词 缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词； 扩大：选用上位词，或选用多个同位词； 了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考,MeSH检索的优点,提高文献相关度 标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章 Major Topic Headings（加权，重点论述的主题）,MeSH检索的缺陷,人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（ In Process），用MeSH会漏检。 Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。 新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。 如：SARS（03年词表中没有），舌根癌 查上述类型的文献需结合自由词检索,
