生物学专业优秀论文食源性致病菌金黄色葡萄球菌检测标记的发掘研究

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1、生物学专业优秀论文生物学专业优秀论文 食源性致病菌金黄色葡萄球菌检测标记的发食源性致病菌金黄色葡萄球菌检测标记的发掘研究掘研究关键词：金黄色葡萄球菌关键词：金黄色葡萄球菌 检测标记检测标记 比较基因组学比较基因组学 灵敏度灵敏度摘要：本文利用已有的微生物基因组全序列信息资源，采用比较基因组学和生 物信息学相结合的方法，发掘到 S. aureus 的新特异性检测标记，在此基础上 建立了 S.aureus PcR 检测技术。其主要内容如下： 利用微生物基因组资源 和比较基因组学的研究方法，采用 perl 编程语言编写了序列格式转化软件、基 因组序列分割软件以及自动调用序列比对 BLASTN 的软件

2、。通过 S.aureus 种内 序列的比对分析，总共获得 S. aureus 种内保守的序列片段 4009 个，再将这些 种内保守片段与其他微生物基因组序列进行比对分析，剔除其中相同的序列片 段，保留下来 1371 个种间特异性片段，即为 S. aureus 分子检测标记。 对 S.aureus 检测标记序列进行基因注释和生物学原理的分析，筛选获得了 3 个 S. aureus 分子检测标记，sarA、permease 和 vicK 三个基因序列。通过引物设计 和 PCR 扩增，20 株细菌验证表明：sarA、permease 不具有金黄色葡萄球菌种的 特异性；119 株细菌验证表明：vick

3、 基因扩增得到预期的 289bp 特异性片段， 显示 vicK 具有良好的种特异性，是 S.aureus 分子检测标记。 以 vicK 基因 序列为 S.aureus 特异性检测标记，经过优化 PCR 反应体系的众多参数，建立了 S.aureus PCR 检测方法。该反应体系为：1l Taq DNAPolymerase(2.5U/l)， 5l10PCR Buffer，3l MgCllt;,2gt;(25 mmol/L)，4l dNTPMixture(各 2.5 mmol/L)，1l vicKl，1l vicK2，1l 模板 DNA，34lddHlt;,2gt;O；PCR 反应参数为：95预变性

4、 5 min；9440s，5240 s，721min，共 35 次循环；最后 1 次循环后 72再 延伸 10min；检测灵敏度为 5.510lt;#39;3gt;拷贝/l，具 有良好的稳定性。正文内容正文内容本文利用已有的微生物基因组全序列信息资源，采用比较基因组学和生物 信息学相结合的方法，发掘到 S. aureus 的新特异性检测标记，在此基础上建 立了 S.aureus PcR 检测技术。其主要内容如下： 利用微生物基因组资源和 比较基因组学的研究方法，采用 perl 编程语言编写了序列格式转化软件、基因 组序列分割软件以及自动调用序列比对 BLASTN 的软件。通过 S.aureus

5、 种内序 列的比对分析，总共获得 S. aureus 种内保守的序列片段 4009 个，再将这些种 内保守片段与其他微生物基因组序列进行比对分析，剔除其中相同的序列片段， 保留下来 1371 个种间特异性片段，即为 S. aureus 分子检测标记。 对 S.aureus 检测标记序列进行基因注释和生物学原理的分析，筛选获得了 3 个 S. aureus 分子检测标记，sarA、permease 和 vicK 三个基因序列。通过引物设计 和 PCR 扩增，20 株细菌验证表明：sarA、permease 不具有金黄色葡萄球菌种的 特异性；119 株细菌验证表明：vick 基因扩增得到预期的 2

6、89bp 特异性片段， 显示 vicK 具有良好的种特异性，是 S.aureus 分子检测标记。 以 vicK 基因 序列为 S.aureus 特异性检测标记，经过优化 PCR 反应体系的众多参数，建立了 S.aureus PCR 检测方法。该反应体系为：1l Taq DNAPolymerase(2.5U/l)， 5l10PCR Buffer，3l MgCllt;,2gt;(25 mmol/L)，4l dNTPMixture(各 2.5 mmol/L)，1l vicKl，1l vicK2，1l 模板 DNA，34lddHlt;,2gt;O；PCR 反应参数为：95预变性 5 min；9440s

7、，5240 s，721min，共 35 次循环；最后 1 次循环后 72再 延伸 10min；检测灵敏度为 5.510lt;#39;3gt;拷贝/l，具 有良好的稳定性。 本文利用已有的微生物基因组全序列信息资源，采用比较基因组学和生物信息 学相结合的方法，发掘到 S. aureus 的新特异性检测标记，在此基础上建立了 S.aureus PcR 检测技术。其主要内容如下： 利用微生物基因组资源和比较 基因组学的研究方法，采用 perl 编程语言编写了序列格式转化软件、基因组序 列分割软件以及自动调用序列比对 BLASTN 的软件。通过 S.aureus 种内序列的 比对分析，总共获得 S.

8、aureus 种内保守的序列片段 4009 个，再将这些种内保 守片段与其他微生物基因组序列进行比对分析，剔除其中相同的序列片段，保 留下来 1371 个种间特异性片段，即为 S. aureus 分子检测标记。 对 S.aureus 检测标记序列进行基因注释和生物学原理的分析，筛选获得了 3 个 S. aureus 分子检测标记，sarA、permease 和 vicK 三个基因序列。通过引物设计 和 PCR 扩增，20 株细菌验证表明：sarA、permease 不具有金黄色葡萄球菌种的 特异性；119 株细菌验证表明：vick 基因扩增得到预期的 289bp 特异性片段， 显示 vicK

9、具有良好的种特异性，是 S.aureus 分子检测标记。 以 vicK 基因 序列为 S.aureus 特异性检测标记，经过优化 PCR 反应体系的众多参数，建立了 S.aureus PCR 检测方法。该反应体系为：1l Taq DNAPolymerase(2.5U/l)， 5l10PCR Buffer，3l MgCllt;,2gt;(25 mmol/L)，4l dNTPMixture(各 2.5 mmol/L)，1l vicKl，1l vicK2，1l 模板 DNA，34lddHlt;,2gt;O；PCR 反应参数为：95预变性 5 min；9440s，5240 s，721min，共 35

10、次循环；最后 1 次循环后 72再 延伸 10min；检测灵敏度为 5.510lt;#39;3gt;拷贝/l，具 有良好的稳定性。本文利用已有的微生物基因组全序列信息资源，采用比较基因组学和生物信息 学相结合的方法，发掘到 S. aureus 的新特异性检测标记，在此基础上建立了 S.aureus PcR 检测技术。其主要内容如下： 利用微生物基因组资源和比较 基因组学的研究方法，采用 perl 编程语言编写了序列格式转化软件、基因组序 列分割软件以及自动调用序列比对 BLASTN 的软件。通过 S.aureus 种内序列的 比对分析，总共获得 S. aureus 种内保守的序列片段 4009

11、 个，再将这些种内保 守片段与其他微生物基因组序列进行比对分析，剔除其中相同的序列片段，保 留下来 1371 个种间特异性片段，即为 S. aureus 分子检测标记。 对 S.aureus 检测标记序列进行基因注释和生物学原理的分析，筛选获得了 3 个 S. aureus 分子检测标记，sarA、permease 和 vicK 三个基因序列。通过引物设计 和 PCR 扩增，20 株细菌验证表明：sarA、permease 不具有金黄色葡萄球菌种的 特异性；119 株细菌验证表明：vick 基因扩增得到预期的 289bp 特异性片段， 显示 vicK 具有良好的种特异性，是 S.aureus

12、分子检测标记。 以 vicK 基因 序列为 S.aureus 特异性检测标记，经过优化 PCR 反应体系的众多参数，建立了 S.aureus PCR 检测方法。该反应体系为：1l Taq DNAPolymerase(2.5U/l)， 5l10PCR Buffer，3l MgCllt;,2gt;(25 mmol/L)，4l dNTPMixture(各 2.5 mmol/L)，1l vicKl，1l vicK2，1l 模板 DNA，34lddHlt;,2gt;O；PCR 反应参数为：95预变性 5 min；9440s，5240 s，721min，共 35 次循环；最后 1 次循环后 72再 延伸

13、10min；检测灵敏度为 5.510lt;#39;3gt;拷贝/l，具 有良好的稳定性。 本文利用已有的微生物基因组全序列信息资源，采用比较基因组学和生物信息 学相结合的方法，发掘到 S. aureus 的新特异性检测标记，在此基础上建立了 S.aureus PcR 检测技术。其主要内容如下： 利用微生物基因组资源和比较 基因组学的研究方法，采用 perl 编程语言编写了序列格式转化软件、基因组序 列分割软件以及自动调用序列比对 BLASTN 的软件。通过 S.aureus 种内序列的 比对分析，总共获得 S. aureus 种内保守的序列片段 4009 个，再将这些种内保 守片段与其他微生物

14、基因组序列进行比对分析，剔除其中相同的序列片段，保 留下来 1371 个种间特异性片段，即为 S. aureus 分子检测标记。 对 S.aureus 检测标记序列进行基因注释和生物学原理的分析，筛选获得了 3 个 S. aureus 分子检测标记，sarA、permease 和 vicK 三个基因序列。通过引物设计 和 PCR 扩增，20 株细菌验证表明：sarA、permease 不具有金黄色葡萄球菌种的 特异性；119 株细菌验证表明：vick 基因扩增得到预期的 289bp 特异性片段， 显示 vicK 具有良好的种特异性，是 S.aureus 分子检测标记。 以 vicK 基因 序列

15、为 S.aureus 特异性检测标记，经过优化 PCR 反应体系的众多参数，建立了 S.aureus PCR 检测方法。该反应体系为：1l Taq DNAPolymerase(2.5U/l)， 5l10PCR Buffer，3l MgCllt;,2gt;(25 mmol/L)，4l dNTPMixture(各 2.5 mmol/L)，1l vicKl，1l vicK2，1l 模板 DNA，34lddHlt;,2gt;O；PCR 反应参数为：95预变性 5 min；9440s，5240 s，721min，共 35 次循环；最后 1 次循环后 72再 延伸 10min；检测灵敏度为 5.510lt

16、;#39;3gt;拷贝/l，具 有良好的稳定性。 本文利用已有的微生物基因组全序列信息资源，采用比较基因组学和生物信息 学相结合的方法，发掘到 S. aureus 的新特异性检测标记，在此基础上建立了S.aureus PcR 检测技术。其主要内容如下： 利用微生物基因组资源和比较 基因组学的研究方法，采用 perl 编程语言编写了序列格式转化软件、基因组序 列分割软件以及自动调用序列比对 BLASTN 的软件。通过 S.aureus 种内序列的 比对分析，总共获得 S. aureus 种内保守的序列片段 4009 个，再将这些种内保 守片段与其他微生物基因组序列进行比对分析，剔除其中相同的序列片段，保 留下来 1371 个种间特异性片段，即为 S. aureus 分子检测标记。 对 S.aureus 检测标记序