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1、微基生物您自己的微生态研究团队 微基生物科技（上海）有限公司 1 / 19 微生物多样性分析方案 宏基因组测序 微基生物科技（上海）有限公司 微基生物您自己的微生态研究团队 微基生物科技（上海）有限公司 2 / 19 目 录 一、 微基生物公司简介 . 3 二、微基生物代表客户及项目列表 . 4 三、宏基因组学简介 . 5 四、宏基因组分析流程 . 5 4.1 技术路线 . 5 4.2 样品采集和保存 . 5 4.3 送样要求 . 5 4.3.1 环境样本 . 5 4.3.2 环境样本 DNA . 5 五、文库构建 . 6 六、 生物信息学分析 . 6 6.1 生物信息分析流程 . 6 6
2、.2 基础生物信息学分析 . 8 6.2.1 原始数据的处理和质控 .8 6.2.2 优化数据的统计.8 6.2.3 序列拼接组装 . 8 6.2.4 基因预测 . 9 6.2.5 非冗余基因集的构建 .9 6.2.6 物种分类学注释 . 10 6.2.7 COG 功能注释 . 10 6.2.8 KEGG 功能注释 . 11 6.3 常规生物信息学分析 . 12 6.3.1 Specaccum 物种/功能累积曲线 . 12 6.3.2 多样品比较 venn 图 . 12 6.3.3 物种（或基因、功能）Heatmap 图 . 13 6.3.4 物种（或基因、功能）PCA 分析 . 13 6.3.5 相关性 Heatmap 图 . 14 6.3.6 Wilcoxon 秩和检验分析 . 14 6.3.7 LEfSe 分析 . 15 6.3.8 碳水化合物活性酶注释 . 15 6.3.9 Hcluster 层次聚类树 . 16 6.3.10 菌群分型分析.
