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1、 生物信息学实用技术系列丛书- 生物信息学实用技术系列丛书- 常用生物数据分析软件V2.0 常用生物数据分析软件V2.0 北京华大基因研究中心北京华大基因研究中心 目录目录 第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍.1 1.1 远程登陆 .1 1.2 文件的复制、删除和移动命令.7 1.3 目录的创建、删除及更改目录命令.9 1.4 文本查看命令 .11 1.5 文本处理命令 .13 1.6 改变文件或目录的权限命令.16 1.7 备份与压缩命令 .18 1.8 磁盘及系统管理 .20 1.9 软件安装简介 .22 1.10 其他.23 第 2
2、章 数据的基本处理第 2 章 数据的基本处理 .25 2.1 测序原理介绍 .25 2.2 峰图转化 Phred .27 2.3 Phd2Fasta .32 2.4 载体屏蔽 cross_match .36 2.5 序列聚类拼接 .43 2.5.1 Phrap.43 2.5.2 Cap3.50 2.6 Consed.54 2.7 Primer3 .68 第 3 章 序列的比对第 3 章 序列的比对 .73 3.1 全局比对 .76 3.1.1 Clustalw.76 3.1.2 MUSCLE.93 3.1.3 HMMER.99 3.2 局部比对 .103 3.2.1 Blast.103 3.2.2 blat.117 3.2.3 blastz.123 3.2.4 GeneWise.130 3.2.5 Fasta.138 3.2.6 Exonerate.147 3.2.7 Sim4.152 第 4 章 基因组/基因的注释第 4 章 基因组/基因的注释 .160 4.1 重复序列分析 .160 4.1.1
