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1、环状环状 RNARNA 芯片定制检测服务芯片定制检测服务实验技术简介:环状 RNA(circRNA)是区别于传统线性 RNA 的一类新型 RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。大部分的环状 RNA 是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表 达特异性。由于环状 RNA 对核酸酶不敏感, 所以比线性 RNA 更为稳定,这使得环状 RNA 在作为新型诊断标记物的开发应用上具有明显优势。近来研究显示,环状 RNA 在不同物种中起到 miRNA 海绵的 作用,称之为竞争性內源RNA(ceRNA) ,能竞争性结合 miRNA。而与疾病关联性 miRNA 的相
2、互作用说明环状 RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。 【晶莱生物】实验操作流程:1、样品 RNA 抽提2、RNA 质量检测使用 Nanodrop 测定 RNA 在分光光度计 260nm、280nm 和 230nm 的吸收值,以计算浓度并评估纯度。用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测 RNA 纯度及完整性。提供 RNA QC 报告。3、RNase R 处理4、cDNA/aRNA 样品合成和标记5、标记效率质量检测使用 Nanodrop 检测荧光标记效率,标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。6、芯片杂交在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。7、图像采集和数据分析使用
3、 GenePix 4000B 芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。8、提供实验报告:Scanning Image: Cy3 荧光扫描图像;Scatter Plot: 散点图,X 轴为 Control 信号值,Y 轴为 Experiment 信号值,表示信号数据总体分布趋势;Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据;Normalized Data: 经过统计学方法标准化后数值;Pvalue: T-test 统计分析显著差异表达的基因,p-value 越小,该 circRNA 在两组样本间差异表达越显著;Significan
4、t Up & Down Regulated CircRNA List: 显著差异表达的 circRNA 列表包含 Fold Change, p-value 以及 circRNA 的详细注释信息(相应的线性 mRNA 和 miRNA 结合位点) 。客户提供:1、实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,使用 BioPulverizerTM 冰冻粉碎组织,加 1ml 的 RNA 抽提试剂 TRIzol(Invitrogen) ,使用 Mini-Bead-Beater-16 匀浆后抽提 RNA。2、实验对象为细胞样品,每份样品取 11061107 细胞,加 1ml 的 RNA 抽提试剂TRIzol(样品为贴壁细胞,每 10cm2 培养皿 TRIzol 使用量为 1ml) ,裂解后抽提 RNA。