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1、从DNA 序列预测RFLP 和TRFLP seqRFLP使用说明Version 1.0.0版权所有. 丁琼 张金龙2010 丁 琼张金龙中国科学院植物研究所生态中心生物多样性与生物安全研究组http:/ 使用seqRFLP 软件意味着用户认同该协议。2 本软件符合GPL-2 协议，用户可以免费下载和使用该软件，可以对源代码进行修改。如需使用本软件，请按照如下方式引用:Qiong Ding and Jinlong Zhang (2010). seqRFLP: Simulation and visualization ofrestriction enzyme cutting pattern fro
2、m DNA sequences. R package version 1.0.0.http:/CRAN.R-project.org/package=seqRFLP3 如有问题，请发邮件至 或 我们将尽量解答遇到的各种问题，但并不保证每封邮件都能及时回复。4 由于使用本软件造成的法律问题，软件作者不承担任何责任。丁 琼张金龙2010 年7 月3 日于北京香山关于作者:丁琼女，博士，2009年毕业于中国科学院植物研究所。主要兴趣是土壤菌物/微生物多样性的数据分析，目前从事土壤微生物分子生物学领域的研究。张金龙男， 中国科学院植物研究所博士研究生。主要兴趣是大尺度生物多样性数据挖掘，将系统进化信息整
3、合到生物多样性分析中。 目录1. seqRFLP 简介.12. seqRFLP 的下载和安装.13.查询seqRFLP的帮助.14.主要函数及用法.3file.cat() .3read.fasta() .3read.phy() .4read.nxs() .4as.fasta() .4gnames.fas().4rename.fas().5frag.dat() .5plotenz() .6clipprobe() .75 分析实例: .8致谢.9参考文献.9SeqRFLP使用指南-1- 1. seqRFLP 简介RFLP 和TRFLP 等技术在生物多样性研究中十分广泛。随着测序技术的日趋普及，在进
4、行RFLP或TRFLP之前，用户很可能已经获得了DNA 序列。为了对RFLP和TRFLP的结果进行更好的分析，特别是选择合适的内切酶，对模糊的电泳条带进行确认，基于RFLP/TRFLP及序列分别对物种进行鉴定等显得日趋重要，但是目前还缺乏这样一种已知序列就能获得RFLP/TRFLP的分析平台。为此我们编写了seqRFLP软件。seqRFLP 是用来对DNA序列进行模拟酶切、模拟PCR 引物筛选的软件包，目前版本是1.0.0。用开源的R 语言 (http:/www.r-project.org/ )写成，可以在Linux, Windows， MacOS等多种计算机平台上运行。seqRFLP 已经被
5、RCRAN 接收，用户可以在R 的任何一个镜像下载。本说明假设用户使用Windows，其他平台用户的使用方法与之类似，均需先安装R软件。 2. seqRFLP 的下载和安装首先下载和安装R 软件。建议选择较新的版本，如Windows: R-2.11.1，其下载地址之一_为:http:/ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/windows/base/R-2.11.1-win32.exe下载到本地后，双击R-2.11.1-win32.exe开始安装，各选项默认即可。安装完成后双击开始所有程序RR 2.11.1输入命令: install.packages(“seqRFLP“)R
6、 将提示选择CRAN,选择距离较近的CRAN镜像，将软件包自动下载和安装好。导入 seqRFLP程序包： library(seqRFLP) 3.查询seqRFLP 的帮助seqRFLP 的每个函数都有详细的帮助文件，要查询帮助可输入:?seqRFLP 查看详尽的帮助手册:用户也可以在CRAN上下载pdf版本的帮助手册。seqRFLP 符合GPL-2协议，用户可以免费使用并拷贝该软件，也可以更改其源代码。运行seqRFLP实例: example(seqRFLP)SeqRFLP使用指南图 1 seqRFLP软件的下载和安装图 2 用“EcoRI”, “Acc65I”, “HinfI”进行模拟酶切的
7、结果100 bp200 bp300 bp400 bp500 bp670000 bbpp 800 bp1500 bp3000 bp353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368RFLP HinfI_Acc65I_EcoRI100 bp200 bp300 bp400 bp500 bp670000 bbpp 800 bp1500 bp3000 bp369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384RFLP HinfI_Acc65I_EcoRISe
8、qRFLP使用指南-3- 4.主要函数及用法当前版本(1.0.0)的seqRFLP共有22 个函数，用户可以通过查询其R 帮助文档，这里介绍的是数据导入导出与分析的主要函数。file.cat()描述: 将一个目录下任何纯文本格式的文件拷贝到新生成的目标文件中。 参数: file.cat(dir = NULL, appendix = “.fas“, file = NULL) 参数说明: dir 文件夹appendix 文件后缀file 要生成的文件 实例:在 D:/direct/文件夹下下有 100 个fasta 文件，扩展名为.fas，需要将该100个fasta 文件拷贝到result.fas
9、ta 文件中输入命令： file.cat( “D:/direct“, “.fas“, file = “result.fasta“)就可将该目录下的扩展名为.fas 的所有序列文件的内容拷贝到result.fasta 文件中。read.fasta()描述:读取fasta 格式的文件 参数:read.fasta(fil = NULL) 参数说明: fil 要读取的文件路径 例如DNA 序列信息保存在D:/data/sequences.fasta读取的方法是 read.fasta(“D:/data/sequences.fasta“)SeqRFLP使用指南read.phy()描述：读取phylip 格式的文件 参数：read.phy(fil = NULL) 参数说明：fil 要读取的文件路径 实例例如DNA 序列信息保存在D:/data/sequences.phy读取的方法是 read.phy(“D:/data/sequences.phy“)read.
