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1、化学软件分子模型化3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)( 免费) AMBER ( 分子力学力场模拟程序 ) autodock ( 分子对接软件 )( 免费) GROMACS (分子动力学软件 )( 免费) GULP (General Utility Lattice Program)(免费) NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子 X光晶体衍射、核磁共振NMR 的 3D结构解析 )( 免费) 高通量筛选软件 PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索等)( 免费) 化合物活性预测程序
2、PASS( 部分免费 ) 计算材料科学 Mathub C4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费) Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment (三维蛋白质结构对比 )( 免费) Democritus (分子动力学原理演示软件 ) DPD 应用软件 cerius2( 免费) EMSL Computational Results DataBase (CRDB) MARVINS PROGRAM (表面与界面模拟 )( 免费) XLOGP( 计算有机小分子的脂水分配系数)( 免费) 量子
3、化学软件中文网美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费) http:/folding.stanford.edu/(免费) 3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术) 3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接 )( 免费) AMSOL ( 半经验量子化学计算 )( 免费) Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算 ) Bilbao 晶体学服务器 (免费) BOSS (蒙特卡罗模拟软件 ) CADPAC
4、( 剑桥量子化学计算软件 )( 免费) Car-Parrinello分子动力学 (CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)( 免费) CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)( 部分免费 ) Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费) ChemTK Lite (QSAR软件)( 免费) Chemweb 计算化学在线工具： GAMESS(免费) Clebsch-O-Matic (在线计算器 )( 免费) Collaborative Computational Projects (协同计算计划 ) COLUM
5、BUS (量化从头计算分子电子结构程序集)( 免费) CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件 ) DL_POLY ( 分子动力学模拟软件 )( 免费) DockVision (分子对接程序 )( 部分免费 ) DPMTA ( 分子动力学并行模拟软件 )( 免费) Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件( 免费) eHiTS: Electronic High Throughput Screening EMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费) GAMESS-UK ( 分子电子结构计算软件 ) GAMESS: The
6、 General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费) Genebrowser ( 生物技术、基因治疗资源导航) Glide (分子对接程序 ) GROMOS (通用分子动力学软件包 )( 部分免费 ) HyperChem (分子模拟 ) Interprobe Chemical Services (分子模型化软件 ) Jmol ( 分子可视化软件 )( 免费) List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法 ) MacroModel ( 分子力学计算程序
7、) MARDIGRAS和 CORMA ( 弛豫矩阵分析 )( 免费) MCPRO ( 用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件) MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费 ) MDynaMix (分子动力学计算软件 )( 免费) MidasPlus ( 分子建模软件 , 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发 ) MOE( 分子模拟应用环境、方法开发平台) MOLMOL ( 生物大分子 3D结构分析和显示、 NMR 结构解析 )( 免费) MolPOV 2.0.8 ( 一个将 PDB文件转为 POV-Ray文件的软件 )( 免费) MOLPRO 量子化学软件包 ( 用量
8、化从头方法计算分子电子结构)( 免费) Mopac 2002 ( 通用半经验量子力学程序 ) NAMD ( 并行分子动力学计算软件)( 免费) Norgwyn Montgomery ( 化学软件公司 ) NWChem ( 计算化学软件包 ) OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状) ORAC ( 用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学 )( 免费) ORTEP-III ( 美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化- 热椭圆体绘图程序)( 免费) OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测 )( 免费) PAPA (计算粒状
9、物料的三维并行分子动力学计算程序)( 免费) PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)( 部分免费 ) PharmTree (3D 药效团生成和化合物分类 ) Pipeline Pilot (药物发现集成平台 ) PMDS ( 并行分子动力学模板库 )( 免费) PreADMET (ADMET预测) Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom （蛋白质分析软件） (免费) ProtoMol ( 分子动力学并行计算软件)( 免费) PSI3 量子化学软件包 (量化从头计算 )( 免费) Q-Chem (量子化学计算软件包 ) SG
10、I应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品SIGMA (分子动力学相关软件 ) SimBioSys ( 药物设计软件 SPROUT) SMILECAS 数据库 ( 描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统) SURFNET ( 量子化学计算程序 )( 免费) Sweet ( 依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型) Swiss PDB Viewer (PDB 蛋白质结构可视化软件 ) SYBYL/Base( 分子模拟和药物发现平台) TINKER (分子设计软件 )( 免费) UCSF Chimera (可扩展的 , 交互式分子图形程序 )( 免费) VAMP/VASP ( 采用从头计算
11、量子力学的分子力学)( 免费) VHMPT ( 螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)( 免费) Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件 )( 免费) voidoo( 空腔探测软件 )( 免费) WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建 )( 部分免费 ) WebMO ( 基于 3W界面的计算化学软件包 )( 免费) 并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD( 免费) 大分子对接程序 Hex(免费) 大规模原子 (分子) 并行模拟器 LAMMPS( 免费) 单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)
12、 蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD(免费) 蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL 分子的物理化学性质在线计算 ( 用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA, 等)( 免费) 化合物 3D结构 VRML 文件的自动生成 (免费) 化学中的常用计算机软件与资源(免费) 化学资源工具箱 (免费) 计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)( 免费) 可下载的教学软件 (伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)( 免费) 量子化学网美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件 ( 化学反应计算、分子建模和可视化 ) 美国康奈尔大学理论中心计算生
13、物服务单元提供的免费软件 ( 计算生物与化学方面 )( 免费) 美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson 研究小组美国能源部 Ames实验室：经典分子动力学软件AL_CMD( 免费) 免费远程计算：贵州大学GHPCC 量子化学从头计算系统 (免费) 模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO( 免费) 牛津大学：抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver 欧洲科学基金资助项目：分子模拟所面临的挑战 (Simu: Challenges in Molecular Simulations) 生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)
14、( 免费) 牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件( 免费) 应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序( 免费) 原子轨道 3 维模拟演示海域对流层气溶胶化学箱状模型(MOCCA, 源代码) 化工过程相关软件材料模拟计算算法库MAP Engineeringtalk (产品新闻 )( 免费) GULP (General Utility Lattice Program)(免费) 过程(工程) 相关的单位换算在线工具(免费) 化学工程进展 CEP的化工软件目录 (免费) 计算材料科学 Mathub 绿色化学专家系统The Green Chemistry Expert Syste
15、m (GCES) 统计学数据集、软件 StatLib (archive of statistical datasets and software at Carnegie Mellon University) 制造业相关的软件目录 (免费) FEATFLOW 软件( 有限元方法计算和计算流体力学)( 免费) MARVINS PROGRAM (表面与界面模拟 )( 免费) 从 Chemical Online查找最新发布的化工软件(免费) 3E Company (在线 MSDS 管理和信息服务商 ) Actio Corporation (在线化学品管理解决方案提供商) ANSYS CFD FLOTR
16、AN使用指南 (免费) ANSYS Inc. Corporate (工程模拟软件 ) ANSYS 使用手册AspenTech Autodesk, Inc. (中国) Autoplant plant design software BARON ( 非凸性函数全局最优化问题求解)( 免费) CCSE Applications Suite(免费) CFD( 计算流体力学 )的软件 , 数据, 视频和文字资料 ( 美国爱荷华大学 IIHR- 水利科学与工程研究中心发布)( 部分免费 ) CFDTutor and CFDExpert (CFD 学习与模拟软件 ) ChemiSoft ( 化学工程相关软件目录 ) ChemSage ( 无机物相图计算 ) ChemSep ( 多组分分离过程计算软件)
