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1、.三维分子类三维分子类RASMOL：观看生物分子 3D 微观立体结构RasTop：为 RasMol 2.7.1 的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看 3D 分子MolMol：将 pdb 等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol 新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体 3D 结构PDViewer：PDB 格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，
2、有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D 分子结构观察软件WPDB：PDB 文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将 PDB 文件转化为 POV 格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将 PDB 文件转化为 POV 格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示 Kinemage 格式文件
3、的专用软件Prekin ：将 PDB 格式文件转换为 Kinemage 格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB 文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看 PDB 格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用 JAVA 技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析 XYZ 格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与 Moilin 配套的 DOS 下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软
4、件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA 语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的 ISISDraw 三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C+OpenGLAPI 三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件 2.DNA 分析分析DNAClub：DNA 处理软件JaMBW：分子生物
5、学软件包DNATool：功能很全面的 DNA 序列分析工具包pDRAW：DNA 分析与绘图软件，可绘制线性或环形 DNA 图ANNHYB：用来帮助进行 PCR 引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI 格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI 格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从 GSDB 获取的 DNA 序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA 序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA 序列种群遗传学分析软件DFW：DNA 分析软件Artemis R4：以
6、Java 语言写成的序列查看工具 ACT R1：以 Java 语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配 DNA 小片段为大的连续序列或毗连(序列)群“Contig“软件MehCalc：自动计算 DNA 序列热力学数据的 Excel 电子表格宏软件基因探索者基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA 蛋白结合位点预测识别软件MatInd 与与 Matlnspector：快速匹配 DNA 序列与已知共有序列的软件工具GBuilde
7、r：JAVA 语言编制的用来分析与显示 DNA 序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理 GenBank 序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件 3.RNA 分析分析RNAdraw：RNA 二级结构分析软件RNAstructure：预测 RNA 级结构图RnaViz：RNA 二级结构图绘制程序 4.蛋白质分析蛋白质分析ANTHEP
8、ROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包 5.生化教学生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序 6.生化工程生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat
9、：BioStatB 发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件 7.序列格式转换序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA 与 BLAST 查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件 8.引物分析引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBApPR-
10、IBA 表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计 DNA 和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR 定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于 WEB 界面的引物设计程序 9.序列综合分析序列综合分析pcgene：分子生物应用软件MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows 界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST 与 Blastcl3：数据库中查找类似序列的软
11、件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器Jalview：用 Java 语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个 DNA 与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 databas
12、e viewer：Gap4 基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA 与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java 脚本语言写成的 BLAST 服务器客户端程序ISYS：NCGR 开发的用 JAVA 语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA 与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的
13、软件 10.进化树分析进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑 NEXUS 格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JAVA 语言编写的显示“New Hampshire“与 NHX 格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys 比较表现型分类法数据和分析计
14、算核酸序列数据距离值的软件 11.质粒绘图质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与 Plasmid Processor 是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA 分析与绘图软件，可绘制线性或环形 DNA 图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图 Redasoft Plasmid 1.1 软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件 12.图像处理图像处理Image Tool：科学用途的处理
15、图像软件Image J：用 Java 语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费 Melanie 图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件 30 天全
16、功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个 2D 凝胶图像的不同之处的 JAVA 软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的 JAVA 软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析 2 维凝胶并生成数据库的标准软件 13.数据处理数据处理CurveExpert：用于 ELISA 标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包 30 天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器 30 天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件 30 天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软
