从动物组织中提取基因组DNA

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1、从动物组织中提取基因组DNA (一)实验目的通过实践操作与实验实践掌握从动物组织中提取DNA的基本原理和基本方法。( 二) 实验原理在 EDTA和 SDS等去污剂存在下,用蛋白酶K笑话细胞,随后用酚抽提,可以得到哺乳动物基因组DNA , 用此法得到的DNA长度为 100-150kb , 适用于噬菌体构建基因组文库和DNA印迹分析。(三)试剂、材料、仪器与器材1. 试剂与材料1)Tris HCL 1mol/L PH8.0 50ml 配制方法:40ml 双蒸水, 6.057g 固体 Tris放入烧杯中溶解, 用浓盐酸调PH值到 8.0 , 转移到 50ml容量瓶中,加入双蒸水定容,摇匀后,转到准备

2、好的输液瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温, 4保存备用。2)生理盐水 : 0.85%NaCL 100ml 配制方法:在 20ml 双蒸水中溶解0.85g 固体 NaCL ,加水定容至100ml,摇匀后,转到准备好的输液瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温,4保存备用。3)EDTA 0.5mol/L PH8.0 50ml 配制方法:将 9.08g 的 EDTA Na22H2O溶解于 40ml 双蒸水, 用 1g 的 NaOH 颗粒(慢慢逐步加入)调 PH 值到8.0 ,用50ml 容量瓶定容,如果EDTA难溶,先加NaOH溶解,然后逐步加EDTA Na2 2H2O 。4)TES缓冲液(释放D

3、NA ) 100ml 配制方法:将 0.5844g 的 5 mol/lNaCl溶解于 80ml 双蒸水,在分别加入1ml 的 0.5 mol/l EDTA、0.2ml的 Tris-HCl (pH=8.0),加定容至100ml, 摇匀后,转到准备好的输液瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温,4保存备用。5)10% SDS (变性剂破细胞壁) 100ml 配制方法:将 10g 的十二烷基硫酸钠(SDS )溶解于80ml 双蒸水于68加热溶解,用浓HCl 调至PH=7.2,定容至100ml,摇匀后,转到准备好的输液瓶中,贴上标签,4保存备用。6)蛋白酶 K(降解蛋白质) :20mg/mL 无菌三蒸水

4、溶解。7)RNA酶 (降解 RNA ) (选配)配制方法:将胰 RNA酶( RNA酶 A)溶于 10mmol/L 的 Tris CL (PH7.5) 、15mmol/LNaCL中,配成10mg/ml 的浓度,于100加热 15min,缓慢冷却至室温,分装成小份存于20。8)氯仿:异戊醇 =24:1 100ml 按 24:1 的比例加入氯仿、异戊醇, 摇匀, 转到准备好的瓶中,贴上标签, 4保存备用。9)TE缓冲液(溶解DNA ) PH8.0 50ml 配制方法:将 0.5ml 的 10mmol Tris-HCl(PH8.0) 、0.1ml 的 0.5mol/l EDTA(PH8.0) 加入到

5、50ml的容量瓶中,调PH8.0 定容至 50ml 摇匀后,转到准备好的瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温, 4保存备用。2. 仪器与器材移液管、高速冷冻离心机、台式离心机、恒温水浴箱。(四)操作步骤1.组织块解冻, 取适量组织于PBS溶液中清洗干净后放入装有500 微升 PBS的离心管中( 1.5ml ) ,用剪刀剪碎;12000rpm 离心 8min,取出弃上清;2.加入 0.45ml TES 混匀,再加入50ul SDS(10% ) , 20ul 蛋白酶 K(20mg/ml) ,充分混匀后,于56保温 4-6h ,每 2h 摇 1次 , 至体系透亮为好。3.放置到室温,加入等体积饱和酚

6、(500ul ) ,上下温柔翻转5min,12000r/m ,离心10min,分离水相和有机相,小心吸取上层含核酸的水相,到一个新的1.5ml 离心管。4.加入等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24: 1) ,上下温柔翻转5min,12000r/m ,离心 10 分钟,取上层转移到新的1.5ml 离心管中。5.加入等体积氯仿:异戊醇 (24:1) ,上下温柔翻转5min,10000r/m ,离心 10 分钟,取上层清液到一个新的1.5ml 离心管。6.加入 1/10 体积的 NaAc (4保存), 加入 2 倍体积的 -20 预冷的无水乙醇沉淀DNA ,置于 -20 中保存30min 或更久;观察

7、现象。7.12000 r/m ,离心 10 分钟,弃乙醇。8.-20 保存的 75% 乙醇洗涤, 12000 r/m ,离心 5 分钟,去乙醇,55干燥 DNA 。9.加入适量TE溶解 DNA (具体依DNA的多少而定) (一般 50L) ,-20 保存备用。如果除去其中的RNA ,可加 5l RNaseA(10g/ l),37保温 30min,用苯酚抽提后,按步骤9 和 10 重沉淀 DNA 。(五)注意事项1.要充分除去DNA提取液中的苯酚,否则会影响以后的操作。2.用酚 - 氯仿 - 异戊醇(体积比为25:24:1)抽提后取上清是不能将中间的蛋白质扰动,以防蛋白质污染。3.酚- 氯仿 - 异戊醇中的异戊醇是用来消除实验中可能产生的泡沫。4.抽提每一步用力要柔和,防止机械剪切力对DNA的损伤。5.取上层清液时,注意不要吸起中间的蛋白质层。6.乙醇漂洗去乙醇时,不要荡起DNA 。7.离心后,不要晃动离心管,拿管要稳,斜面朝外。

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