《phylip软件使用及使用的详细过程》由会员分享，可在线阅读，更多相关《phylip软件使用及使用的详细过程（10页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、phylip软件使用PHYLIP是一个综合的系统发生分析软件包，由华盛顿大学的 Joseph Felsenstein开发的。现在该软件包可完成许多系统发生分析。软件包中可用的方法包括了简约法、距离矩阵和似然法，以及 bootstrap和一致 性树。可以处理的数据类型有分子序列、基因频率、限制性位点、距离矩阵（powmarker）和二进制离散字符(010101)。下载地址：http:/evolution.genetics.washington.edu/phylip.html对于 windows操作系统有三个下载文件（phylipw.exe, phylipwx.exe, phylipwy.exe）
2、，下载之后解压到一个文件夹中，里面包含了所有的程序，手册也在其中。画图程序（drawgram, drawtree）需要安装 X windows开发环境，否则会报错。用户界面：程序通过一个菜单来控制，用户设置选项。数据从一个文本文件中读入程序，这个文本文件不能是有特殊格式的文字处理器（office word）。有些序列比对程序，如 clustalX，可将数据文件写为 PHYLIP格式。而大部分的程序自动寻找在 infile文件中的数据。如果它们没有找到这个文件，它们将提示用户自己输入数据文件名。输出的内容将被写到特定的文件 中，如：outfile和 outtree。Outtree 中的树是 ne
3、wick格式的，这是一个正式的标准，由 1986年被主要系统发生软件包的作者所确 定的。Getting started注意保持记录。记录每步的实验过程是非常重要的，甚至是在计算分析时。也许你会对许多的结果文件感到头痛，那么最好的方法就是给结果文件改一个有意义的名字。序列比对。PHYLIP的输入文件是比对过的序列，并且是 PHYLIP格式的。文件的后缀名是.phy的。比对可用 clustalX:http:/www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html一定要把比对的序列保存为 phylip格式的。PHYLIP程序的运行这些程序要按照一定的顺序来运
4、行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。在 windows中，PHYLIP 程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看到一些错误提示。它启动的方是：开始-所有程序-附件-命令提示符。大部分 PHYLIP程序运行方法相同。程序把 infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在 outfile文件中。有些则写在 outfile和 outtree或 plotfile中。因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你
5、用 Dnadist得到了距离矩阵 （outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把 outfile重命名为dnadist_out_F84，或其它名称，这样你就 能区别两次的结果了。程序距离方法：顺序使用这些程序。首先，用 dandist或 protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被 fitch、kitsch 或 neighbor 程序转换为树。Dandist和 protdist程序的输出文件是 outfile。在运行 fitch、kitsch 或 neighbor 前，outfile 应该重命名为 infile或另外的名字。fitch、kitsch 和
6、 neighbor的输出文件是 outfile和 outtree。Dnadist DNA距离矩阵计算器Protdist 蛋白质距离矩阵计算器Fitch 没有分子时钟的 Fitch-Margoliash树Kitsch 有分子时钟的 Fitch-Margoliash树Neighbor Neighbor-Joining和 UPGMA树 基于字符的方法这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是 outfile和 outtree。Dnapars DNA简约法Dnapenny DNA简约法 using branch-and-boundDnaml DNA最大似然，无分子时钟Dnamlk DNA最大似然，有分子
7、时钟Protpars 蛋白质简约法Proml 蛋白质最大似然法重抽样工具该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在 outfile中。这些样本在后继的分析中作为一个序列对文件，要设置选项 M（use multiple datasets）。Seqboot 生成随机样本，用 bootstrap和 jack-knife方法。画树这些程序可画 newick格式的树。如，danml 程序生成的树。Drawgram 和drawtree生成文件为 plotfile，而 retree生成 outtree。Drawgram 画有根树Drawtree 画无根树Retree interactive tree-rear
8、rangement一致树用多重树构建一致树。如，dnapars 可生成多重树，可用 consense程序来汇总。Bootstrap的结果也由它来汇总为一棵 majority rule tree。Consense draws consensus trees from multiple trees树的距离计算多个树间的基于拓朴结构的距离。该方法可用来比较不同分析方法的结果。Treedist 计算树拓朴结构间的距离Quick start这里以 DNA序列数据为例说明。构建和画树，用 F84进化模式的 NJ方法。距离方法比对你的 DNA序列并且保存比对结果为 PHYLIP格式，如：alignment.
9、phy。启动 dnadist程序，双击图标或在命令行中输入 dnadist。Dnadist首先检查该程序所在文件夹中是否有 infile文件。如果没有找到infile，它就会提示你输入序列比对文件。Dnadist: cant find input file infilePlease enter a new file name alignment.phy注意，将程序与数据文件放在同一个文件夹中，使用起来会容易一些。如果数据文件在另外的文件夹中，你就要输入该文件的全部路径，比如文件在D:/data文件夹中，Dnadist: cant find input file infilePlease ent
10、er a new file name D:dataalignment.phy所有的 PHYLIP程序都是菜单提示的。下面就是 dnadist的菜单。每行都是以一个字母或数字开始的。通过输入每行前面的字母或数字，来修改相应的程序设置。例如，输入”D”按回车将循环得到不同的进化模式。修改完后输入“Y”，按回车，开始运行该程序。Nucleic acid sequence Distance Matrix program, version 3.66Settings for this run:D Distance (F84, Kimura, Jukes-Cantor, LogDet)? F84G Gamm
11、a distributed rates across sites? NoT Transition/transversion ratio? 2.0C One category of substitution rates? YesW Use weights for sites? NoF Use empirical base frequencies? YesL Form of distance matrix? SquareM Analyze multiple data sets? NoI Input sequences interleaved? Yes0 Terminal type (IBM PC,
12、 ANSI, none)? ANSI1 Print out the data at start of run No2 Print indications of progress of run YesY to accept these or type the letter for one to changey两两序列的距离保存在 outfile文件中。你可以将它重命名为 outfile.txt，那么以后双击它时就可自动用记事本打开了。Distances calculated for speciesRabbit .Human .Opossum .Chicken .FrogDistances wri
13、tten to file outfileDone.接着把 outfile重命名为 infile，运行 neighbor程序（输入 neighbor）。该程序从 infile文件中读取距离数据。这里不需要设置，输入 Y按回车。Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.66Settings for this run:N Neighbor-joining or UPGMA tree? Neighbor-joiningO Outgroup root? No, use as outgroup species 1L Lower-triangular data matr
14、ix? NoR Upper-triangular data matrix? NoS Subreplicates? NoJ Randomize input order of species? No. Use input orderM Analyze multiple data sets? No0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? ANSI1 Print out the data at start of run No2 Print indications of progress of run Yes3 Print out tree Yes4 Write out
15、 trees onto tree file? YesY to accept these or type the letter for one to changey运行完之后，树包含在 outfile和 outtree。可以用文本编辑器来看 outfile中的树。画树下面我们用 drawgram程序把 outtree画成一棵好看的树吧。首先，把 outtree重命名为 intree，并把 font文件的其中一个重 命名为 fontfile，启动drawgram程序。该程序首先寻找文件 fontfile，如果找不到它（如果你没有把字体文件之一改为 fontfile 的话），它会提示输入一个字体文件。接着就会出现菜单。你需要将选项 P对应的最终画图设备改为 MS-windows bitmap。它还要要求你输入树的维数，比如说 640x400。设置好后输入 Y按回车。Drawgram打开一个新的窗口，你可以看到一棵树，如果你满意这个结果，选择file菜单中的 plot。在当前文件夹中出现一个 plotfile文件。如果你将它重命名为 plotfile.bmp，就可用图形工具将它打开了。树支的
