《ntsys-pc2.02图解使用说明》由会员分享，可在线阅读，更多相关《ntsys-pc2.02图解使用说明（7页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、NTsys-pc2.02 图解使用说明Edit by mycobio2004.111 数据的录入方法：1.1 利用 Ntedit 直接录入数据0、1 二元数据中的数据缺失记为 2。其中列标可以写为样品编号，在 No.rows 栏中写入0、1 数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts 格式。1.2 从 excel 表中直接读入数据Excel 表中输入数据格式如下图。 A1 必须为 1，B1 为 0、1 数据总数，C1 为样品总数。打开 Ntedit 程序，选择从 Excel 表输入，结果见上图。文件另存为*.Nts 格式1.3 Ntsys-pc 可以直接运行 *.phy
2、格式的文件（由 phylip 和 phytool 产生）1.4 DNA 序列数据 Ntsys-PC 也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用 phylip 或者其他的软件。DNA 序列数据在 Excel 中输入格式如下：1.5 其他数据的 Excel 输入如下2 聚类分析Ntsys-pc2.02 界面如下以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1 首先用 similarity 程序组中的 SimQual 计算形似系数矩阵。Coefficient 通常选用 SM 或DICE，结果输出到另一文件。2.2 以上步的结果作为 input file 利用 Clustering 程序组中的 SHAN 或者
3、Njoin 进行计算，聚类分法选用 UPGMA，ties 选用 FIND，Maximum no. tied trees 至少大于样品数。Njoin 程序组界面如下，rooting method 可以选用 Outgroup，但需输入外元。2.3 将 SHAN 或 NJoin 方法得到的 tree file 文件输入到 Graphics 程序组中的 tree plot 程序中计算得到树图如下利用 options 可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4 一致性分析：可以用 Clustering 中的 consens 程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到 i
4、nput tree1 file 即可。通常多选用 MAJRUL 方法2.5 其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。这是很久以前整理的，最早贴在这里，有兴趣的可以看看。http:/ 软件的使用：(1) 利用 NTSYS 软件计算品种间遗传距离1将已赋值好的 Excel 文件放于桌面，假设命名为 A.xls，保存为Microsoft office 5.0/95 工作薄形式。Excel 文件格式设成软件识别的模式，即 A1=1，表示出现等位基因；B1=132 ，表示等位基因数，C1=189 表示品种数；D1=0 表示不出现等位基因。从 A3 开始，在第一列标上所有的 SSR 引物，从 B2 开始
5、，第二行标上所有的品种名，由此得到一个数据矩阵。2双击 NTSYS 软件，选择 fileedit file，选择 A.xls 文件，将出现NTedit1.2 编辑器，点击 filesale file as 选项，将导入的 Excel 文件转换为软件识别的格式，命名为 A-1.NTS 文件。3点击 Ntsyspc2.1 界面的“Similarity”，点击“Genetic distance”；在 Input data file 中输入 A-1.NTS；在 Output file 中输入 A-2.NTS，点击 Compute；则计算好的遗传距离放在 A-2.NTS 文件中。4点击 Ntsyspc2
6、.1 界面的 output&transfoutputInput file，选择 A-2.NTS，即可查看到品种间的遗传距离。(2) 利用 NTSYS 软件构建树状图1双击 NTSYS-PC，点击 similarityQualitative dataInput data file,选择 A-1.NTS 文件，在 Output file 中输入 B-2 文件，点击Compute；2点击 clusteringSHANinput file，选择 B-2Output file 中输入 B-2 文件In case of ties 改为 Findcompute 计算完成。3点击 Graphicstree p
7、lotinput file，选择 B-3compute ，即可出现聚类图。4点击 Tree Plot 界面上的 Optionsplot Options；会出现一个对话框，里面可对聚类图进行页面显示等相关操作。点击 Tree Plot 界面上的 Edit 项，可进行复制等操作楼主的结果正是我想要的，我的问题就在于 最开始的 excel 数据怎么 input 的问题，总是提示我格式不对什么的 我不知你是怎么做的,你按照以下的方法试试,DDE 和 OLE 格式可能与 microsoft office 的版本有关,使用 OLE 方式应该就没有什么问题了.如果还不行那就是软件的问题了.56782.5 其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。应楼主的要求,将前些天的帖子按标准格式发表.http:/
