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1、科技文献检索实习报告-核糖体结构和功能 信息存储与检索 课 程 实 习 报 告 检索课题方向：核糖体结构和功能 检索题目：核糖体结构和功能 姓 名： 学 号： 学 院： 专 业 班 级： 完 成 日 期： 信息检索与挖掘实习报告要求 1、分析检索课题。通过文献计量法、内容分析法等形式，对关键词进行检索，确定相关学科领域的研究内容和研究动态。选择该关键词的某一个研究领域，作为检索课题。 （一）第一部分。课题检索 2、结合课题，选择校园网http:/的任意1个中文期刊全文数据库做检索实习。检索结果：要求记录2条最贴近检索课题的中文文献信息。 3、结合课题，选择校园网http:/ 4、结合课题，选择
2、校园网http:/ 5、结合课题，选择校园网http:/ 6、结合课题，超星图书数据库做检索实习，要求同上。 7、利用中国专利数据库做检索实习，要求同上。 （二）第二部分。 8、对上述检索到的文献，撰写内容摘要。 9、结合课题，利用搜索引擎，在互联网的论坛社区、专业网站、学术交流博客等上进行检索，对检索结果撰写一篇简要分析，并与第8条的专业数据库检索结果做比较。 （三）第三部分。关键词的不同检索策略分析 9、针对选择的学位论文数据库，设计检索步骤，调整检索策略，对不同的检索结果进行比较，主要分析查准率、查全率等指标。记录检索出的文献数量，对检索结果截图。 10、针对选择的中文期刊数据库、外文期
3、刊数据库，设计检索步骤，调整检索策略，要求同第9条。 11、针对选择的中文期刊数据库、外文期刊数据库，设计检索步骤，要求同第9条。 12、选择两个文摘索引型的数据库，设计检索策略，要求同上。（其中一个要求做SCI或Ei的检索） 13、对上述检索出的文献，做出相关度最高文献的索引，中文、英文各10条。要求符合标准的论文参考文献格式。 （四）第四部分 14、利用上述检索出的文献，撰写一篇检索课题的文献综述。（主要学术观点） 15、根据检索结果，分析该课题的发展动态、今后的发展前沿等。 16、撰写一篇简要的学习心得，讨论在本次课程实习中的学习体会。 3 4 5 6 7 8 (第二部分) 内容摘要 （
4、专业数据库文献与互联网文献的比较） 1、专业数据库检索文献内容摘要介绍： （文献的主要观点、核心内容、研究成果、理论创新点等） 1、 中文期刊： （1）核糖体结构和功能这篇期刊主要介绍了从核糖体功能中长期存在之谜出发,阐述了关于核糖体亚基高分辨率晶体结构的研究,分析了核糖体结构与mRNA转录精确性的关系,及肽键形成机制与50S亚基结构的关系,论述了核糖体亚基结构在抗生素研制中的应用,并对核糖体功能复合物晶体结构研究的新方向进行了展望。 （2）核糖体结构和功能研究，该篇期刊主要介绍了一系列高分辨率的核糖体及其30 S、50 S亚基的晶体结构揭示了这个极其复杂的蛋白质翻译机器的重要作用机理,对在分
5、子水平上了解生命机体产生和形成的一个基本环节(蛋白质合成)具有重大意义,同时为新型抗生素的设计与研发开辟了新方向新途径,对人类健康与生命保障具有重要作用. 2、 外文期刊： （1）STRUCTURE AND FUNCTION OF ESCHERICHIA COLI RIBOSOMEThe ribosome is the large and complex enzyme responsible for translation, the synthesis of protein according to genetic instructions encoded in a messenger RNA
6、 (mRNA) template. Ribosomes make proteins by joining amino acids delivered by their substrates, the aminoacyl transfer RNAs (tRNAs). The ribosome must perform accurate substrate selection, catalysis of peptide bond formation, and movement of the substratetemplate complex through the ribosome. The de
7、termination of three-dimensional structures of this universal and uniquely complex macromolecular machine in its many different functional states and with various ligands allows greater understanding of these activities. （2）RIBOSOME STRUCTURE AND FUNCTIONAL SITESHelix 89 of the 23S rRNA connects rib
8、osomal peptidyltransferase center and elongation factor binding site. Secondary structure of helix 89 determined by X-ray structural analysis involves less base pairs then could be drawn for the helix of the same primary structure. It can be that alternative secondary structure might be realized at
9、some stage of translation. Here by means of site-directed mutagenesis we stabilized either the X-ray structure or the structure with largest number of paired nucleotides. Mutation UU2492-3C which aimed to provide maximal pairing of the helix 89 of the 23S rRNA was lethal. Mutant ribosomes were unabl
10、e to catalyze peptide transfer independently either with aminoacyl-tRNA or puromycin. 3、 学位文献： （1）核糖体RNA拓扑结构及其生物功能功能这篇文章介绍了从苦瓜(Momordica charantia)的种子中分离纯化到的一个小分子蛋白,其分子量为11,500 Da,经鉴定,它是一个具有RNA N-糖苷酶活性的核糖体失活蛋白.由于已有文献报道了苦瓜籽中另外存在两个核糖体失活蛋白,-和-momorcharin,作者把这个小分子核糖体失活蛋白命名为-momorcharin,并系统地研究了它失活核糖体的酶学机
11、制. （2)核糖体再循环因子结构和功能分析这篇文章主要采用结构域交换构建嵌合体蛋白的方法研究了RRF各结构域在核糖体再循环过程中所负责的主要功能。实验将分别来自大肠杆菌RRF(EcoRRF)和腾冲嗜热菌RRF(TteRRF)的结构域进行交换后构建了两个嵌合体：EcoDI/TteDII和TteDI/EcoDII。其中EcoDI/TteDII的结构域I来自大肠杆菌，结构域II来自腾冲嗜热菌；而TteDI/EcoDII则正好相反，由分别来自TteRRF的结构域I和来自EcoRRF结构域II构成。体内(invivo)和体外(invitro)活性分析实验结果表明：在与大肠杆菌EF-G(EcoEF-G)相
12、互作用时，TteDI/EcoDII能够同野生型EcoRRF一样表现出解聚翻译终止后复合物的完全活性；而EcoDI/TteDII则与野生型的TteRRF一样，都只有很低的活性。但是，当笔者把TteDI/EcoDII或TteRRF与腾冲嗜热菌EF-G(TteEF-G)在大肠杆菌LJ14(frrts)中共表达时，二者均能表现出较高的活性，从而在一定程度上改善大肠杆菌LJ14(frrts)的热敏感性状。核糖体 9 结合实验发现在相同条件下，四种RRF蛋白对大肠杆菌核糖体具有十分相近的亲和力，表明它们对解聚翻译终止后复合物的活性差异并不是由于对核糖体结合能力不同造成的。这些结果表明RRF的结构域II在R
13、RF的翻译后核糖体复合物的解聚过程中起着关键作用；结构域I的主要功能是与RRF对核糖体的结合有关，而且种属特异性较低。这部分工作为确定RRF两个结构域各自的主要功能，认清RRF参与翻译终止后复合物解聚的分子机制提供了必要的生物化学和遗传学证据。 4、 会议文献： （1）核糖体RNA拓扑结构及其生物功能功能主要介绍了核糖体是细胞合成蛋白质的唯一场所核糖体由RNA和蛋白质组成，蛋白质占13，而RNA占加，即RNA是主要部分。蛋白生物合成的大多数步骤，包括肽链合成的起始，延伸和终止都是在核糖体上进行的。在蛋白质生物合成中，重要的是肽键的形成核糖体的任何个别组分或局部组分都不能催化肽键的形成，而必须是
14、完整的核糖体。因此人们认为核糖体本身就是一个包括多种蛋白质和rRNA的复杂酶系(有人把核糖体看着合成多肽链的polymerase)在这个酶系中究竟是RNA还是蛋白质表现催化功能，对于这个问题，人们的看法在发生着明显的变化。目前，越来越多的人开始转向认为rRNA可能是催化蛋白质生物合成的主要物质，而核糖体蛋白质只不过起着稳定和改变rRNA构型的辅助作用因为在重组的核糖体中，删去一种或几种蛋白质并不影响它的活力，而rRNA中除去一个腺嘌呤碱基或切断一个磷酸二酯键，核糖体就完全丧失活力。目前还没有发现核糖体蛋白质在蛋白质合成中直接催化作用。通过突变手段使核糖体蛋白质变异只能导致rRNA的构型发生变化。 （2)南瓜核糖体失活蛋白的结构和功能研究主要介绍了南瓜蛋白(cucurmosin)是从葫芦科植物南瓜瓜瓢中提取的1型核糖体失活蛋白(RibosomeInactivating Proteins，RIPs)，从分子结构上，RIP一般分为3类，1型RIPs是一种单肽链蛋白，分子量在30kDa左右，一般为碱性蛋白，具有RNA N-糖苷酶或叫多核苷酸腺苷糖苷酶(EC3.2.2.22)活性的细胞毒素，例如来自葫芦科植物天花粉蛋白，苦瓜子蛋白，丝瓜蛋白，八棱丝瓜蛋白等
