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荧光原位杂交（FISH）的优劣优点：1、应用广泛，不仅可用于已知基因或序列的染色体定位，也可用于未克隆基因或遗传标记，染色体变异，基因突变，基因拷贝数变化的检测。既可用于DNA检测也可用于RNA检测，一定程度上即可反应基因水平变化，也可间接反应蛋白水平变化。2、荧光试剂和探针经济、安全，探针稳定，一次标记后可在两年内使用；3、实验周期短、能迅速得到结果、特异性好、定位准确；4、FISH可定位长度在1kb的DNA序列，其灵敏度与放射性探针相当；5、多色FISH通过在同一个核中显示不同的颜色可同时检测多种序列；6、既可以在玻片上显示中期染色体数量或结构的变化，也可以在悬液中显示间期染色体DNA的结构。缺点：1、 步骤繁多，容易造成信号丢失，造成假阴性结果；2、 只能定性检测，不能定量；3、 RNA检测只能间接反应检测基因的表达情况，会与蛋白质水平检测结果不一致；4、不能达到100%杂交，特别是在应用较短的cDNA探针时效率明显下降。
