imageJ功能简单解析

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1、 .1 Image Types and Formats 1.1 imagetype(此子菜单确定图像的类型或将其转换为另一种类型,所支持的转换如下)1.1.1 8-bit转换为256(28)个灰度级别的图像(只有整数)1.1.2 16-bit转换为65,536(216)灰度级别的图像(仅限整数)1.1.3 32-bit转换为4,294,967,296(232)灰度(实数)的图像,像素由浮点值表示(RGB图像转换为灰度使用灰色的公式=(红+绿+蓝)/ 3或灰色= 0.299红色+ 0.587绿色+ 0.114蓝色)1.1.4 8-bit color 用Heckberts median-cut c

2、olor quantization algorithm将图像转换为8位RGB彩色图像1.1.5 RGB color 转换为32位RGB彩色图像将一张彩色图像分解为三张不同类型的彩色:1.1.6 RGB stack 转换为3层(红、绿、蓝)堆栈1.1.7 HSB stack 转换为3层(色相、饱和度和亮度)堆栈1.1.8 Lab stack (?)1.2 imageadjust(此子菜单包含调整亮度/对比度、阈值级别和图像大小的命令)对于8位图像,通过更新图像的查找表(lookup table,LUT)来改变亮度和对比度,像素值不变。对于16位和32位的图像,通过将像素值映射到8位来显示,像素值

3、也保持不变。RGB图像通过修改像素值来改变RGB图像的亮度和对比度1.2.1 Brightness/Contrast实质是对图像直方图调节(1) minimum和maximum分别改变图像的最小值和最大值,来修改图像的像素值范围(2) brightness和contrast分别修改直线的斜率和截距来改变图像的亮度和对比度(直线意义?)1.2.2 Window/Level实质和B&C的亮度和对比度调节相同1.2.3 Color Balance对red,green,blue,cyan,magenta,yellow,all共7种颜色选项进行minimum、maximum和brightness调节1.

4、2.4 Threshold(only for grayscale images)设置较低和较高的阈值,将灰度图像分割成感兴趣的特征和背景(对灰度图像直方图进行分割)共16种阈值选取方法,3种展示方法1.2.5 Color Threshold基于色相饱和度和亮度(HSB)、红绿蓝(RGB)、Lab或YUV的24位RGB图像阈值,分割图像共16种阈值选取方法,3种展示方法1.2.6 Size缩放到指定的宽度和高度(以像素为单位)可选择保持原来的长宽比可选择在缩小图像大小时检查平均值,以获得更好的结果。方法为:双线性插值和双三次插值1.2.7 Canvas Size更改画布大小而不缩放实际图像宽度和

5、高度可以扩大或缩小选择是否零填充,选择零填充则边界将填充值为零的像素,不选,边框将被当前的背景颜色填充指定旧图像在新画布中的位置1.2.8 Line width(?)1.3 imageShow information显示图像的相关信息1.4 imageProperties(?)改变图像相关属性1.5 imageColor1.5.1 split channelsRGB图像(或堆栈)分割为红、绿、蓝三个8位灰度图像1.5.2 merge channels将2-7个图像合并为RGB图像或多通道复合图像。使用C1-C7下拉菜单选择频道顺序/颜色。选择*None*以跳过通道。1.5.3 channel

6、tool(?)1.5.4 stack to RGB将两个或三个切片堆栈转换为RGB图像,假设这些切片按R、G、B顺序排列。堆栈必须是8位或16位灰度。1.5.5 make composite(?)将RGB图像、2-7图像堆栈或2-7通道超堆栈转换为复合彩色图像1.5.6 show LUT显示lookup table(?)1.5.7 display LUT(?)1.5.8 edit LUT(?)1.5.9 Color picker选择颜色1.6 imageStacks1.6.1 add slice在当前显示的片之后插入空白片1.6.2 delete slice删除当前显示的片1.6.3 next

7、 slice1.6.4 previous slice1.6.5 set slice显示指定的片1.6.6 image to stack将两个以上的片(不同文件)合成一个堆栈(一个文件)1.6.7 stack to image将一个堆栈(一个文件)分解为不同的片(不同文件)1.6.8 make montage将堆栈中的子文件以表格图像形式显示出来1.6.9 reslice(?)通过当前堆栈或超堆栈表示的图像卷重新构造一个或多个正交切片。在对话框底部显示输出堆栈的估计大小和可用内存的数量。增加输出间隔以减少输出堆栈的大小。对话框允许您指定侦察结构片的间距。1.6.10 orthogonal vie

8、w(?)提供当前堆栈或超堆栈的正交视图显示。例如,如果堆栈显示矢状切片,则会通过数据集显示冠状(YZ投影图像)和横向(XZ投影图像)。两个额外的平面视图显示在原始图像旁边的“粘贴”面板中,可以使用Shift H进行切换。这三个视图的交点遵循鼠标点击的位置,可以通过在XY、XZ或YZ视图中单击和拖动来控制。XY和XZ坐标显示在投影面板的标题中。鼠标滚轮在所有三个视图中改变屏幕平面。1.6.11 z project(?)沿着垂直于图像平面(即所谓的z轴)的轴投影图像堆栈1.6.12 3D project(?)在平面上创建旋转体(堆栈或超堆栈)投影序列(理解:生成一个关于旋转角度3D堆栈,此堆栈是按

9、最近点(表面)、亮点点或均值投影,或最近点投影与其他两种方法(部分不透明度)的加权组合计算的)1.6.13 plot Z-axis profile(?)绘制ROI选择的平均灰度值与切片数1.6.14 label 添加标签/数字序列1.6.15 statistics stack的相关信息,如总像素点、像素均值、像素值范围等1.6.16 animation 将stack动画显示(理解类似gif)1.6.17 toolCombines:堆栈合并,W1*H1*D1与W2*H2*D2合并结果为(W1+W2)*max(H1,H2)*max(D1,D2);若启用垂直合并,则为max(W1,W2)*(H1+H

10、2)*max(D1,D2)。用背景像素值填充空白区域Concatenate(?):连接多个图像或堆栈,显示相同点Reduce:通过指定reduction factor(约数)来减少slice,eg 30slices, 2factor,reduce结果为15slicesReverse:(理解:stack序列反向)Insert:在指定的X和Y位置(像素坐标)将源图像插入目标图像。源和目标可以是单个映像或堆栈,但必须是相同的类型(理解:覆盖形插入)Montage to stack(?):montage转换为stackMake substack:从堆栈中复制提取选定的图像,将它们按照列出的顺序排列到一

11、个新的堆栈中。如果选中从原始堆栈中删除切片,则从源堆栈中删除提取的切片。Grouped z project(?):创建Stacksize/Groupsize切片的子堆栈,每个切片都是在Groupsize范围内执行Z投影的结果。Set labels:添加标签Remove slice labels:从堆栈中删除切片标签1.7 imagehyperstacks(?)1.8 imagecrop(理解:选定区域剪裁(以max长宽形式)1.9 imageduplicate(理解:复制图片或切片或选择区域)1.10 imagerename1.11 imagescale(理解:按比例调整图像或当前区域选择的大

12、小)1.12 imagetransformflip Horizontally:水平翻转(x轴)flip Vertically:垂直翻转(y轴)filp Z:绕z轴翻转rotate 90 degrees right:向右旋转90度rotate 90 degrees left:向左旋转90度rotate:对话框指定顺时针旋转角度translate:沿xy移动对应像素点rotate和translate空白处可选择用背景像素值填充bin:按xy对应收缩系数缩小图像,可选择按均值、中值、max、min、sum方式为像素点赋值image to results:显示图像像素值矩阵,RGB图像,每个像素使用公

13、式转换为灰度灰色=(红+绿+蓝)/ 3或灰色的公式= 0.299红色+ 0.587绿色+ 0.114蓝色results to image:根据矩阵显示成32-bit图像1.13 imagezoomin:放大窗口(图像像素点不变)out:缩小窗口original scale:按原始度量显示窗口view 100%:使用100%放大显示图像(1个图像像素= 1个屏幕像素)set:设置放大比例1.14 imageoverlay(?)非更改式图像覆盖1.15 imagelookup tablesinvert LUT:翻转当前LUTapply LUT:(?)some LUTs:替换LUT,以选择的LUT显

14、示图像2 Process 图像处理相关命令2.1 processsmooth:3*3 average平滑2.2 processsharpen:增加对比度和突出图像或选择的细节,3*3权重矩阵为 -1 -1 -1 -1 -12 -1 -1 -1 -12.3 processfind edges:sobel边缘检测 1 2 1 1 0 1 0 0 0 2 0 2 1 2 1 1 0 1 两个3*3的卷积核得到垂直边缘和水平边缘2.4 processfind maximal:在对应范围内找到最大值并标记2.5 processenhance contrast:通过直方图拉伸或直方图均衡化来增强图像对比度

15、2.6 processnoiseadd noise:为图像添加随机噪声,噪声高斯分布,均值为0,标准差为25add special noise:添加高斯噪声,其平均值为零,并选择一个标准差salt and pepper:在图像中添加盐和胡椒噪声,或者通过随机将2.5%的像素替换为黑色像素,2.5%替换为白色像素。这个命令只适用于8位图像despeckle:中值滤波器remove outliners:如果一个像素偏离中值超过某个值(阈值),则用周围像素的中值替换该像素。需选择区域大小,选择偏离量(阈值),选择左偏被替换还是右偏被替换remove NaNs:区域中值替换32位(浮点)图像中的NaN(非数字)像素2.7 processshandows产生阴影效果nort

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